在秀吉死后，往日与三成为首的文官奉行派有过许多不愉快的福岛、加藤为首贱岳七本枪等人，冲突爆发前都是被利家挡住，现在他过世了，可就没人当防波堤了。站在三成阵营的小西行长想起朝鲜时与清正的恩怨：向来看不起小西出身商人背景的他，竟在战利品问题上爆发口角冲击（其实清正也不是传统武家出身），还一怒之下用随身佩刀砍碎小西极为重视的天主圣像（他是虔诚天主教徒），这下可就严重了。虽然说之后两人第二次征韩也有合作，但是这个不合的种子已然种下。
三成与福岛等人的冲突扩大也是在征韩时爆发。第一次征韩初期时，战事意外顺利，让许多将领满怀信心，认为可以一鼓作气而下，甚至在小西攻下平壤之际，清正等人还表示要在这年扫平朝鲜、进军明国，这个言论传到身为船奉行的三成那边，对于这般没有深思考虑就莽撞放言扩大战线，除了表示忧虑外，更对众人提出缩小战线巩固战果的方案。得知这个要求的将领以小西行长、加藤清正为首主战派众人不仅听不进去，还加速将战线延长。次年一月，渡过冰封鸭绿江的四万明国援军抵达，在小西与大友义统接连遭受挫败后退之后，一如先前预料一般的，前线阵形惨遭溃散。
前线情况当然很快三成知道后赶紧提议：放弃前线中补给不便的据点，集中兵力在汉城周边对明军迎击。甫一得知这个提案的诸将当然反对，如果执行就等于是放弃战功，日后想要在秀吉面前争取封赏就没有本钱。
对此反应最大的五大老之一、也是毛利两川之一的小早川隆景很不客气的开骂：「明军势大，奉行就胆怯怕死吗？」与清正同姓但没有亲戚关系的加藤光泰得知后也破口大骂：「没有粮食，那我们就吃砂土！」由此可见当时征朝鲜军中对于三成的意见有多么不满！甚至隆景直接放话坚决不愿退兵，理由是这样一来等于放弃攻打整个朝鲜北部。
知道众将顾虑的三成解释：「位于临津江对面的开城，万一我方的补给线被明国切断，剩下的粮食和兵力绝对无法坚持长期笼城。」身为毛利支柱，向来有智将之名的隆景，终于听出他话中的含意，勉强接受意见，在他的支持下才将部队后撤，即使如此，得罪众人的事实还是改变不了。
不可能只是这样的事情就能惹恼众人，还有两件事彻底影响与加藤清正、小早川秀秋（秀吉的外甥、隆景的养子）之间的关系。其一是第二次征韩过程中，担当统计众将功勋的人就是三成，把关系好的小西行长军功向上据实以报，相反地却减低加藤清正等人的战功，这种行为当然就会让人极度不爽。他当然知道这些武将知道后的反应，那么为什么要坚持这么做？其实一部分是由于清正为首的诸多武将在朝鲜战场杀人放火、无恶不作的残暴表现，在一定程度上激起朝鲜军民强烈的反抗，消息经由名护屋传回大坂后，这情况对一心忠于秀吉、更想在占领朝鲜后取代腐朽无能的李朝，实行自己心目中完美的良善政治，相比自己的理想，诸将的行为无疑是残暴无道，与三成心目中侵朝目标大相径庭，冲突自然也就无法避免。
小早川呢？在战场上身为总大将却披甲上阵追杀已经溃逃的明军士兵，被以行为不当的理由上参给秀吉，是谁报告的呢？没错就是三成。后果就是召回国进行训斥，还减少他的领地。从事实上来看，三成的作法只是据实报告，没有像是对清正等人贬低战功的举动，当然在秀秋心中就不是这么想的，这两个事件也引发武断派对他的怨怼。
之前的秀次事件，也有不少人把罪责归到三成头上，认为在太阁面前进馋言，才下令杀死自己的亲外甥，还让秀次的妻妾包括菊亭晴季的女儿等名门之后三十多人惨遭斩首，最无辜的无非是羽州最上义光最疼爱的闺女，也是当地有名的美女驹姬；让与秀吉同样性好渔色的秀次听到这个东国第一美女的名号，以关白的名义屡次强迫之下，终于让义光屈服答应让她年满十五的时候前往京都，这事件发生时她才刚刚到京都没多久，甚至还没正式成为侧室前惨遭牵连。
爱女甚切的最上义光为此开始对丰臣家心怀怨怼，转而开始接触家康，也对谣传中与此事有极大关系的三成不谅解也就不意外。对此事世间还有谣传说三成为了获得佐和山城十九万四千石封地，到处收集对秀次不利的证据，事件发生后浅野长政等大名对他怀恨不已。平心而论，佐和山城是之前秀吉就已经打算封赏，与此事毫无关系，至于收集证据一起前往聚乐第追查关白秀次的行为并寻求誓文，除了三成外还有增田长盛、前田玄以、富田知信、宫部继润等人，从这可以知道是秀吉命令三成等人就谋反可能进行调查（不是三成主动请命要去调查），何况参与调查也不只三成一人，全部怪罪于他显然不尽事实，或许有人在后面煽动、意图陷害也说不定。
三成是否有在报告中添加自己意见呢？从事后看来没有丝毫隐瞒汇报调查结果：正亲町上皇刚驾崩仅一个月之时，秀次带着大批全副武装的武士和火枪展开鹰狩。狩猎的地点居然把选在比叡山，期间更对平民百姓滥用武力，遭到百姓称之为『杀生关白』。得知此事的太阁不用说当然是非常愤怒。
为了调解冲突，三成提议：让秀次的女儿嫁给秀赖，日后就能顺理成章退位关白让秀赖接位，一举解决秀吉亟欲心中让幼子接位的想法，更能保住秀次的地位与性命，不失为两全其美的办法，但是这一切的苦心却在一句漫不经心说女儿太小之类的话予以拒绝后灰飞湮灭。秀次的近臣木村常陆介建议他阴谋先发制人起兵打倒太阁夺权，让他吓的赶紧把耳朵摀住。没多久他奸污菊亭大纳言的女儿和外孙女两母女的事爆发传到秀吉耳中。从开始调查后只有短短二十天内，秀吉亲自命令他自裁，迫不及待想除去儿子秀赖成为关白最大绊脚石用心，只要是明眼人都不难看出，不过所谓人言可畏，当越来越多人都这样谈论的时候，事实是如何就没人关心。可以说秀次死亡是自己不识时务造成，明知表弟秀赖出生后，这个关白必定会属于他，依然死心占着不放，加上行为举止不加以检点。相反地三成是要缓和秀吉与他之间的矛盾，因他不领情与迟疑不决才导致失败，这种颠倒是非的言论，或许尾张武将派、甚至是五大老之首家康都有嫌疑。
