但是他无法找到这种精神本能的载体和存在方式，无法说明它的来源和实在性。然而他也无法否认人的生物本能对于人的行为的制约和自我意识的影响。当他把无意识现象再向前推导时，实际已经抵达人的生物本能的层次。而他的“灵魂就是生命本身”的说法，就是对此的一种注脚。他为了证明集体无意识观点，特别论证了人有不为物质决定和不在后天获得的精神现象：“我们最好还是承认，把灵魂看成客观实在，看成某种独立自足、变化多端、凶吉难测的东西，这种古老观念确实有某些正当的理由。更进一步说，这种如此神秘、如此令人恐惧的东西，同时又是生命的源泉，这种假设从心理学角度是不难理解的。经验告诉我们，我的感觉即自我意识是从无意识生命中成长起来的……原始人在他的灵魂深处感觉到生命的跳跃，他因此而相信一切对生命发生影响的东西，相信各种各样的巫术实践。对他来说，这正是灵魂就是生命本身的缘故。”荣格的许多论述，无法把生物本能反应与所谓集体无意识区分开来！比如，他说：“我们知道了威胁着我们的最大的危险来自于精神反应的不可预测性。”“对生活在象征的时代和文化中的人们来说，希望去体验与探索无意识无疑是一件愚蠢的、毫无意义的事情，因为无意识中除了自然本性的、沉默的、未受打扰的摇曳不宁外，便空无一物了。”“所有的观念最终都是建立在原始的原型模式之上的，这些原型模式的具体性可以上溯到一个意识还没有开始思考，而只有知觉的时代。”荣格这种对于精神的不可预测性的正视，对于无意识本性的正视，对于把原型模式上溯到只有“知觉”的时代的方法，都说明对于集体无意识的深层探究，已不能不越过精神的界线而触及生物本能。于是，荣格在实际的探索中使无意识与本能有了某种关联。荣格说：现代有关动物本能（例如昆虫本能）的研究，已经捜集积累了大量的经验材料。这些经验材料表明：如果有一天人也像昆虫那样，他将具有比现在更高的智慧。当然，不可能证明昆虫掌握着自觉的知识，然而常识却不容我们怀疑它们的无意识行为模式也是它们的心理功能。人的无意识同样容纳着所有从祖先遗传下来的生活和行为的模式，所以每一个婴儿一生下来就潜在地具有一整套能够适应环境的心理机制。这种本能的无意识心理机制始终存在和活跃于成人的意识生活中。
在这个论证过程中，荣格触及了人的生物本能的问题，而又力图回避用生物本能理论来说明自主精神和集体无意识的存在。但是，其结果却适得其反，他的论述，正好表明，他的集体无意识在相当程度上就是指人的生物本能及心理反应。荣格不但把本能与无意识概念并列同时使用，而且，从他的阐述来看，动物的无意识行为模式与婴儿的本能的无意识心理机制是一致的，实际上集体无意识就是人的生物本能反应，他没有证明他所说的那种作为精神遗留物的原型即集体无意识的独立存在。而基于他要创造一种“自主精神原则基础上的心理学”的动机，他在尽力寻找这种“精神本能”存在的依据，证明精神的“客观性”，而避免用生物本能的观点，以表明集体无意识确实作为精神的本能存在着！然而，荣格从生物医学和分析心理学的角度对集体无意识的进一步描述，同样没有与生物本能划清界限，而是一种关于生物本能反应的另一种表述！比如他说：无意识是深入到长期被称为“交感性”神经系统中的精神，它从理智与道德之明晰意识的曰光下脱离了出来……它是一个极具集体性的系统，是一切神秘参与”的功能基础！
在这里荣格明确地把无意识与人的生物机能联系起来，甚至明确地视二者为同一事物。而在进一步试图通过论证集体无意识来建立自主精神基础上的心理学的时候，更显出了回避生物本能而坚持自主精神的困难。这种困难和复杂性把荣格关于原型来源的思路导向了“先天”与“远古”，但却没有找到联系当下与远古）后天与先天的桥梁。他的“先天”性和“远古”性是为了建立“自主”性和不依赖于“物质”性的需要而提出的假设。荣格关于本能的概念定义更为明确地说明了本能与心理的关系，他说：“当我谈及本能时，我以此表示这个词所普遍表现的东西：即一种导致某些活动的冲动。”
荣格这种试图分清生物本能与集体无意识的区别而恰恰未能分清的现象，也表现在他对具体原型的分析中。在荣格原型理论中，他认为有一些最重要的心理原型，如“阴影”）个人面具”）阿尼玛”和“阿尼姆斯”（智慧老人”等，对此他进行了具体分析。但是也正是在对这些最重要的原型的论述过程中，荣格同样难以分清集体无意识原型与人的本能反应的界限。比如，“个人面具”原型，实际所显现的是人抑制某些本能以对社会环境和文化模式的适应，这在莫里斯的《裸猿》，威尔逊的《论人的天性》等论着也中有过论述，它与人的生物本能有着不可分割的联系，它是人在生物基础上的社会化过程的必然表现“阴影”原型，也是人的动物性和本能的表现，是类似原始冲动的东西“阿尼玛”和“阿尼姆斯”原型，是男人身上的女人性与女人身上的男人性在各自身上的表现，它也与人的本能相关“智慧老人”原型包含的主要是人性中的善恶）情理的对立和冲突，这也与人的生物本能方面相关荣格的目的是想证明一种不同于生物本能的精神本能或心理本能的存在，但是他无法找到这种精神本能的载体和存在方式，无法说明它的来源和实在性，其结果，把本属于两个范畴和层次上的问题作为一个问题来解释。
原型（作为心理原型）是与人的生物本能相关的对情境反应能力的确定形式，就是说，第一层，原型在功能意义上，它有确定心理反应向度的能力，使人对外界事物的反应带有预定的模式，或者类似于模式的特性，这是原型的生物学基础和维度；第二层，原型在结构意义上，它是人面对“环境”而产生的特定心理体验与生物本能的确定形式的契合，这是人的生物本能性与社会适应性(先天生理反应与后天心理反应共同作用而形成的一种类似本能的精神现象。它类似本能又不是本能。类似本能是因为它确与生物本能相关，带有预定的属于先天的性质，具有集体”的特点；它不是本能，因为它是一种在生物本能基础上产生的心理反应，是一种精神现象。生物本能在一定意义上决定了原型的“型”，之所以说“在一定意义”，是指在“人一环境”（广义的）系统中，人面临相同的情境时有着基本的相同的体验（如对蛇的恐惧，对于光的向往等等），并必然地做出本能的反应。而这种本能的反应，才是荣格所谓的世代相传的、人人共有的集体的“无意识”的表现。之所以无意识是因为它是一种生物本能的反应，是人类作为宇宙中的一种生物类属，在与环境的适应中积累的千百万年祖先的经验，这些经验随着人类进化过程而成为一种本能。荣格这种理论的形成，受到进化生物学家海克尔理论的直接影响，“尤其是海克尔生物发生律一·个体发生重演种系发生——最终对进化生物学、精神病学和精神分析，特别是对荣格的分析心理学产生了深远影响”。“个体发展（个体发生）的阶段可以被看作是对人类发展阶段（种系发生）的对应性重复……这样每一个成人都在发展阶段及生理结构上成为人类全部历史的活生生的博物馆。”
这些现象从分析心理学的理论和实践两方面似乎都在证明，荣格的集体无意识假设中，实际就包括了关于人的生物本能在后天的反应和表现的意味。而荣格之所以回避用生物本能的概念术语，主要是为自主精神原则找到依据，他要说明的是：是自主精神或精神本能在人的后天行为中发挥作用和制约着人的心理模式，而不是人的生物本能。但纠缠于这种思路！他的这种假设难以被证明一方面他在试图沟通生理性与心理性联系方面混淆了生物反应与心理体验、先天本能与后天经验的关系；另一方面是在试图打通远古与现代的关系中抽掉历史过程和实践性而倒向了精神遗传说综上所述，关于荣格的集体无意识概念，我们可以初步得出以下结论一是荣格的集体无意识概念，是指一种超越物质决定论又反对灵魂假定说而重新假设的“自主精神”，是一种不脱离人的肉体但先天存在的“精神本能”。它不是心理功能而是人性结构它以两种主要的外现方式证明着它的存在，一是通过本能所体现的“典型的行为模式”，一是通过原型所呈现的“典型的领悟模式”，换句话说，集体无意识关联着本能与原型。本能和原型的共同特征是它的重复发生性与普遍一致性，在这一点上，本能类似于原型，而原型也类似于本能。而不同的是，原型指的主要是心理内容，而本能是生理功能。它们的深层关系是，本能依赖于一定的生理功能而体现为“行为模式”，心理原型则要通过一定的表象集体表象）得到显现。同时，人的本能行为要有一定的心理能量驱动并与心灵原型相关联，而心灵原型不同于哲学原型的重要区别是它不单是一种理论假设，而且从人的行为模式、特别是领悟模式中体现出来。“在最深的深处，本能和原型是彼此决定的。”
二是现在一般意义上的集体无意识，已不同于荣格概念的内涵。这种集体无意识实际是指人类对于某种事物或特定情景下所表现出的普遍的心理倾向、情感态度等精神现象，它以类似无意识的方式表现，却有着综合的复杂内容，实际超越了无意识的范畴。它带有“集体”的性质和“远古”的色彩，但是，它是一种后天的精神现象，是一种文化心理结构的表现而不是先天的精神遗传。其“集体”性源于人类生物本能反应和情感需要的共同性，其“远古”性则是源于人类同样基础上的古今相通性。原型是一种精神的共通“现象”，它的本质就是寻求反映在历时性中的共时性原则瞬间中包藏着性质），探求个别事物中的共同性，研究不同个体之间、不同民族之间的相通性，揭示作为表层的有意识现象背后的深层的无意识心灵。这是一种集体性质的精神现象。这种精神现象，既有属于无意识领域的内容，包括集体的压抑的心灵欲望，乃至由本能决定的共同的生理冲动！也包括了人类的一些集体方式的“意识”，即隐形的群体心理，只是这种意识似乎以无意识的方式表现出来。
三是需要特别指出，我并不否认无意识现象，无意识是存在的，个体无意识现象是被证明了的，但是，把无意识说成是一种先天存在的心理模式和精神遗传，这种观点，不管是用在个体上或是“集体”上都是难以证明的，荣格的贡献是他提出了无意识的“集体”性质，这是对弗洛伊德的无意识理论的发展，但是他企图改变无意识的性质和重新解释其来源的努力却很难说是一种成功的理论。这可能因此动摇集体无意识理论的根基。集体无意识或者作为其主要内容的原型，既不是单纯的生理本能，也不是纯粹的心理结构，而是具有生理基础的维度、心理体验的维度和文化模式维度的多维联系的精神文化现象。原型既显现着集体无意识，也显现着集体意识既是心理情感模式，也是文化模式既有不可见的一面，又有通过特殊方式瞬间再现的一面。
