达.伽马船队来到马林迪港口抛锚停泊，当地马林迪酋长想与葡萄牙人结盟以对付宿敌蒙巴萨酋长，为达.伽马率领的船队提供了一名最好的航海家，这个阿拉伯航海家即伊本.马吉德。达.伽马船队依靠着马吉德的帮助，凭着印度洋季风，沿非洲商人熟知的航线，横渡了辽阔的印度洋，最终来到棕榈婆娑、风情万种的印度卡利卡特港。这个港口正好是半个多世纪以前，明朝郑和舰队经过和停泊的地方。一年之后，达.伽马回到里斯本，出发的170人中，生还者只有54人。达.伽马新辟的航路把欧、亚、非三大洲联系起来，跨越大西洋、印度洋和西太平洋，这条航路，后来在西方被称为“海角航路”。
1502年2月，达.伽马再次率领船队开始了第二次印度探险，这次来的目的与以往完全不同，船上满载枪炮弹药。
达.伽马船队途经基尔瓦时，达.伽马使计把基尔瓦（现坦桑尼亚南部港口）国王诱到船上，借机扣押，威胁国王向葡萄牙国王进贡。船队在坎纳诺尔（印度喀拉拉邦一带）附近海面上，达.边马抢掠了一艘阿拉伯商船，将船上几百名乘客，包括妇女儿童全部烧死。为了驱赶阿拉伯商人在印度半岛上的利益，达.迦马不断抢掠和袭击阿拉伯船队。1503年2月，达.伽马满载着从印度西南海岸抢来的大量价值昂贵的香料，乘着印度洋的东北季风，率领13艘船只向葡萄牙返回，八个月后回到里斯本。达.伽马这次航行掠夺而来的香料、丝绸、宝石等，所得纯利超过其第二次航行远征队总费用的60倍以上。达.伽马得到了葡萄牙国王额外赏赐，1519年受封为伯爵。1524年又被任命为印度副王。同年4月以葡属印度总督身份第三次赴印度，12月死于印度。
大约五万年前，东马砂劳越州的古老尼亚洞里，已经开始有人类居住了。在西马，内陆山区的原住民比马来人更早就在这里居住了。
到了第七世纪，苏门答腊的室里弗逊王朝则在南中国海的区域崛起成为最大的王朝。第十三世纪后半期，满者伯夷王朝取代室里弗逊王朝，马来半岛也跟着落入满者伯夷王朝的掌控中。
马六甲国王拜里米苏拉原为室利佛逝王朝巨港（今印尼苏门答腊）东南区域的一位王子。因当时室里弗逊国被满者伯夷国攻占，王子由巨港逃到淡马锡(今新加坡)，之后又因故刺杀当地酋长，后被追捕而逃往北方，最终落脚在马来半岛的马六甲，并在这里建立了历史上闻名的马六甲王朝。也是在这个时候，大约于十五世纪初，回教被引进马六甲王朝。
此时的马六甲王国，被明朝称为满剌加。开国之初的马六甲王国，强敌四绕，国王拜里迷苏剌以柔软的身段，争取生存的空间。一面与左边的暹罗王国搞好关系换取暂时和平，一面与南面印度尼西亚群岛上的王国结亲联盟。1406年，马六甲国王拜里迷苏剌率妻子及陪臣540余人，随郑和船队来中国朝贡，这是明朝以来到访中国的最庞大外国使团。这次访问，拜里迷苏剌正式向大明国进贡，当年明成祖正式封拜里迷苏剌为满剌加国王，并赠予诏书和浩印。1411年，马六甲国王拜里迷苏剌第二次访华。1414年，也就是郑和第四次率团远航的返程的时候，拜里迷苏剌又第三度访问明王朝。1431年农历二月，马六甲国王向明廷申诉暹罗谋侵马六甲，并派出使节随郑和船队到北京，第二年郑和下西洋时，亲往暹罗，阻止暹罗攻打马六甲。由于郑和船队每次出使，人数均有近3万，历时一年半以上，需大量物资，因此，要在航程中途设一个转运站，存放不急需的物品，缓和舰队运输压力。马六甲正是舰队中转的理想地点，通过马六甲，明帝国的影响范围可达整个东南亚。
中国台湾历史学家张存武曾说过，葡人之东来才是中国数千年来未有之变局。16世纪初，盛极一时的马六甲海峡，很快引起了西方新兴海权国家的觊觎，这时的葡萄牙人当时被明朝称为“佛郎机”，葡萄牙在印度洋留下一支永久性的舰队，用尽各种武力去掠夺民地，包括将兜售海鲜的卡利卡特渔民吊死在桅杆上。第一任葡属印度总督阿尔梅达将葡萄牙人的活动局限于印度洋沿岸。之后，接替阿尔梅达的驻印度总督的阿尔布克尔，经过考察发现，印度洋通向外边世界的几个海峡，控制了海峡就能控制贸易。他赶紧向国王报告，要实现葡萄牙把穆斯林从香料运输中完全排挤出去、控制3500英里印度洋的宏伟计划。攻占马六甲，控制东部入口；占领亚丁，控制红海入口；夺取霍尔木兹，控制波斯湾入口。而当时马六甲的重要性又在亚丁与霍尔木兹之上，在东边可以控制通往南中国海和香料群岛的航线，牢牢把握东西方贸易的主导权。葡萄牙人此时已经领悟到：要统治海洋，关键是占据海上那些重要隘口。
1511年，阿尔布克尔借口两年前他的军队攻击马六甲国，曾有士兵被杀和被俘，他用强盗逻辑发出一道最后通牒，马六甲必须释放该国被俘士兵，死者必须进行经济赔偿，并割让一块土地供葡萄牙国修建要塞，被马六甲国王回绝。阿尔布克尔立即率一支由18艘舰船和近1500人组成的舰队发起攻击。当时的马六甲城大约有10万人口，拥有一批战船、火炮及近由3万马来人和爪哇人士兵。7月24日，葡萄牙人发动了第一次攻击，由于没掌握潮水的关系，葡舰船无法进入河道，只好等待潮水的涨起。而马六甲国王组织了强大的抵抗，迫使阿尔布克尔克下令撤退。8月10日阿尔布克尔克又组织了进行了第二次攻击，成功占领了大桥，接下来他们又占领面向马六甲河、依山建立的马六甲城与清真寺。国王及其王子派出20头战象企图阻挡葡人的攻势。
由于葡萄牙人皆海盗本性，剽悍又狡猾，加上欧洲火炮威力甚猛，马六甲弹丸之地无法招架。黑夜时分，葡人终于占领了大桥两侧的制高点。8月24日，沿着街道，葡兵并排清除来自各方的零星抵抗。马六甲国王见大势远去，黯然丢下富甲一方的马六甲城。率残余退到巴莪从事复国的运动，他的后裔偏安柔佛，建立了柔佛王国，继续马六甲的王统。此时阿尔布克尔克的军队开始血洗马六甲，葡萄牙殖民者冲进马六甲城随意猎劫，行动持续了一整天，珍宝数以万计，几乎是马六甲王国三分之二的财富。攻占了马六甲的葡人重点屠杀反抗最激烈的马六甲人，有意留下居住此地却与当地人有积怨的暹罗人和印度人，很快在马六甲站稳了脚跟。由此，立国110多年的马六甲国灭亡了。马六甲城的陷落，对明朝来说有着更大历史意义——扼守南中国海的门户彻底暴露。
阿尔布克尔霸占了马六甲后，迅速在海峡两岸修筑要塞，布下重兵把守，紧紧扼住东西两洋贸易的咽喉。接着出台税收，所有来往船只无不课以重税，或者连船带货物扣押、没收，或出动舰船直接进行抢劫。1512年，葡萄牙人占领了他们梦寐以求的盛产香料的马鲁古群岛。自此，葡萄牙人兵分南北两路向亚洲地区扩张。在南路，他们的目标集中在印度尼西亚。在北路，葡萄牙人的主要目标是中国。
这时，郑和船队虽然消失了，但明朝一些船只，包括例行的朝贡贸易的官船，仍要通过马六甲海峡，所有经过这里的明朝船只不是被课以重税，就是遭遇葡萄牙人的抢劫和杀戮，人财两空。从此，中国船只再也不敢冒险去闯马六甲这道鬼门关，印度洋成了谈虎色变的畏途。阿尔布克尔以马六甲为中心，宣布对四周岛屿的占领，抢掠大量的金银珠玉和珍贵香料，运回欧洲高价出售。马六甲因此成了“葡萄牙王冠上的珍珠”。
