就在这年12月，中共中央副主席周恩来率领中共代表团来重庆参加政治协商会议。胡其芬作为中共代表团的工作人员，随团来到重庆，在邓颖超直接领导下从事相关的妇女工作。
重新回到一别4年的山城重庆，胡其芬已经有了很大的变化，因工作需要，她的服饰和打扮也不一样了，烫了发，常穿着绸缎旗袍，一副上流社会的时髦妇女形象。
胡其芬的突然回来，令她家人惊诧和不安，埋怨道：“你怎么又回到这个老虎窝里来？特务整天都在抓共产党，你回来不是送死吗？”
“怕什么，我额头上没有刻字。”胡其芬淡然一笑，又平静地再三叮咛家人：“我改名启芬了，记住，以后叫我胡启芬。”
党组织根据重庆地下斗争的需要，又因胡其芬学历高、英语好的条件，决定让她以一个基督教徒的身份参加基督教女青年会，以求通过这个有宗教色彩的合法机构，广泛联系各界妇女群众。在这个女青年会下有个妇女联谊会，地下党员李玉钿任理事长，这样胡其芬就和李玉钿以合法身份开展公开的和隐蔽的双重工作。胡其芬很快适应了变化的环境。她以一个基督教徒的面貌出现在女青年会中。每星期一主持各部工作会议，会前领读《圣经》，然后讨论工作。牧师不在时，她带领工作人员作祈祷。人们以为她是教会大学出来的虔诚教徒，谁能想到她是无神论者，是共产党员呢。她代表女青年会出席重庆市政府召开的一些会议，从中获取有用的情报；她拜访女青年会的董事们，和一些上层妇女、社会名流们交往，显得练达、稳重而又高雅；她密切联系群众，深深植根于群体之中。她联系的妇女联合会理事长饶国模，还是红岩村的主人，曾经热情地支持过八路军办事处，对办事处派回重庆做地下工作的胡其芬，她也予以积极帮助。后来胡其芬还成了这位“红色女主人”的入党介绍人。
胡其芬回到重庆工作不久，中共四川省委和《新华日报》便被国民党强迫撤出重庆。我党在重庆的工作一下陷入极端困难的复杂局面。面对严酷的斗争形势，胡其芬没有畏缩，而是更加团结同志，以顽强的战斗毅力坚守在浓雾笼罩的山城。为了听到党中央的声音，她和李玉钿等商议，以基督教女青年会的名义，集资筹款买了一部收音机，悄悄放在济民妇产科医院楼上的院长朱宝粹（地下党员）的寝室里。从那时起，胡其芬在每天夜深人静时，独自守着收音机，聚精会神地收听和抄录新华社广播的各种新闻和文章。第二天天一亮，便分送出去。除了供妇女联席会各个小组学习之用外，还通过秘密渠道送给党的地下刊物《反攻》和《挺进报》使用。这也就有了后来的《挺进报》事件等故事……在与敌人的周旋和斗争中，胡其芬还巧妙地利用合法的新闻工作进行公开的宣传工作。当时重庆的《新民报》和《新民晚报》是颇有影响的两张民办报纸，有地下党员和一些进步的新闻工作者在里面工作。为了冲破国民党的新闻封锁，只有直接抄收外国通讯社的英文电讯，才有可能向民众透露一点国民党中央社不肯报道的消息。于是外文很棒的胡其芬还每天都要挤出些时间为这两张报纸翻译一些英文电讯稿，一直坚持到她被捕为止。胡其芬利用一切可以利用的机会和条件，坚持不懈地进行着战斗，她的革命热情与斗争精神，如火焰一般浓烈。
1947年10月，根据中共南方局指示，中共川东临时工作委员会成立，同时改组了中共重庆市委。市委委员李维嘉与胡其芬接上了组织关系。3个月后，重庆市委决定成立妇委，由胡其芬、李玉钿、林琼3人组成，胡其芬为书记。这时，基督教女青年会任用了一位外籍干事，借故裁员，胡其芬不得不另谋一份公开职业。经市委同意，胡其芬由刘国介绍到他的亲戚、四川省建设厅长何北衡的公馆作英语家庭教师。叛徒出卖了刘国，也造成了胡其芬的意外被捕。
女共产党员胡其芬就这样掉入了杀人魔窟里，开始了她人生中最后的一年零七个月的特殊战斗生涯……又一个“共匪”重犯落到自己手里，徐远举当时很是兴奋了一阵，因为他掰了一下手指：中共重庆市委的几位负责人除了许建业和几个没有抓到的以外，差不多该“投诚”的和该抓到的都在他手里。一个“装斯文”“装教徒”的小女子就这么“不听话”？跟共产党打交道多年了，徐远举知道了一些“规律”：凡在共产党内职务越高的人越容易“做交易”，那些没什么职务的、家庭普通的或者是穷人出身的反倒都是些“死党”。因此，像胡其芬这样见过大世面又懂西洋文化的人一定是“识时务者”。
“软硬兼施，以软为主，该硬则硬，一硬到底”，这是徐远举对付有文化的共产党人的一套手段。胡其芬被押来审讯时，徐远举采取的便是这一套做法。但胡其芬的表现让徐远举还是很意外和吃惊。软的根本不行，于是就对她来硬的。所谓硬的，就是上刑，上毒刑。
“已经到这个份儿上了，你还有什么可扛着的？”特务们使出种种刑具，却仍撬不开她嘴里的一个“共党”的词来。“刘国是共党分子，你是他介绍到何家的，你就跟他没有一点关系？”
无论特务们如何反反复复责问上面这类问题，胡其芬还是那句话：“他是共产党，我就一定是共产党了？笑话，你爹是贼，你就一定也是贼？”
特务们气得不知如何是好，能发泄的只能是将胡其芬又一顿毒打。徐远举亲自上阵了，他冷笑着问：“何公馆有人告发，你和刘国经常密谈到深夜，两个人在屋子里嘀嘀咕咕的，你敢说没关系？”不想，胡其芬毫无顾忌地反问他：“这青年男女的私事，难道也犯法吗？你没有讨过老婆？那你肯定断子绝孙了！”徐远举碰了一鼻子灰，又找不到合理的茬，只好丢下一句狠话：“那就让她跟刘国享受一样的待遇吧！”
特务们便把手铐脚镣给胡其芬戴上……这样胡其芬和差不多同一时间被捕的曾紫霞、李惠明等女同志作为刘国的“同案犯”，被转押到渣滓洞监狱，关在楼上第六室。这时的刘国被关在楼下第七室。狱中，她才正式用了“胡其芬”这个名字。入狱后，具有丰富地下斗争经验的胡其芬，立即设法与刘国取得联系，并将在敌人面前制造他俩是恋人的假象告诉了刘国，好让刘国这位“花花公子”作掩护。用假象麻痹敌人，这是革命斗争的手段之一。
到渣滓洞监狱后，特务们并没有放弃对胡其芬的继续审讯。第一次，难友们见她从容不迫地去了，又若无其事地回来，俨然像个虔诚的基督教徒，特务们只能对她摇头。第二次，特务头子徐远举又亲自出马。这次他手头拿到一张署名“刘仲逸”（叛徒刘国定）证明胡其芬是共产党员的字条。可胡其芬还是一副清教徒式的一问三不知，就是不承认自己是共产党员。徐远举觉得如此一个文弱的女子，怎么会在老虎凳、狼牙棒等刑具面前面不改色、心不多跳？他觉得这是对他这位特务头子权威的挑衅，于是就疯狂地吼道：“你的上级把你交出来了，他是市委书记，你在他手下工作，他说你是共党，你还有什么不承认自己是共党的理由？”任凭大小特务怎样的狂叫恶打，胡其芬始终不紧不慢地回答他们：“我没有什么上级，只是何公馆的家庭教师……”
“你承认了有什么不好？你们的市委书记刘国定承认了，当了官，过上了好日子。你痛痛快快承认了也有好处，你愿意干什么都可以，我们马上放你出去。”徐远举换了一个口气道。
胡其芬依然冷冷地：“我不知道什么刘国定，只知道自己不是共产党。”“啪！啪！”徐远举勃然大怒，重重地打了胡其芬两个耳光。旁边的特务们兴奋地助威着、嚎叫着。
胡其芬嘴角流血，昏倒在地。特务又趁机踢她、打她，用冷水浇醒她，再让她招供。“我就是家庭教师胡其芬，其他什么都不是。”胡其芬愤怒地面对敌人，镇静地回答。
徐远举和特务们在这样的女共产党员面前只能泄气。胡其芬所在的渣滓洞监狱内的“囚犯”，大都是因1947年“六一”事件和1948年4月中共重庆市委主要负责人刘国定和冉益智叛变事件而被捕的共产党员和革命人士，敌人视为要犯，看管特别严密。然而，革命者自有对付敌人的办法，他们在被禁锢的牢房里依然能通过秘密渠道暗中联系，互相通气。胡其芬入狱后，很快就同难友们联系上了，特别是和早先入狱的许建业等人建立了联系。同时她以基督教徒的灰色面貌为掩护，积极开展另一种更加特殊的革命活动。
原豫丰纱厂的工人党员牛小吾回忆说：“我于1948年4月初被捕，关在渣滓洞监狱，不久胡其芬就来了，我们同一牢室。隔壁关着许建业同志一人，重镣重铐，专门有一个特务班长看守，不准他放风，也不准我们接近。一天放风，特务班长离开了，我没走，找许建业同志讲几句话。许坐在门口，我靠在门边，他告诉我任达哉带人在茶馆里抓了他，又说他已告诉胡其芬让她把难友们组织起来。这是许建业同志亲口对我说的，所以我一直认为胡其芬是渣滓洞活动的组织者和领导者之一。”事实上，胡其芬确实也照许建业的嘱咐在监狱内进行了各种地下组织活动。她是事实上的监狱地下党组织负责人。
张坤璧（狱中名张秀真）回忆说：“我在雅安被捕后于5月底或6月初转押到渣滓洞监狱。当天下午，胡其芬给我介绍了周围环境、情况，还传给我一张字条。这是胡春浦同志给我的，主要问我被捕的情况，叫回条，她传给男牢室转交胡春浦……在放风时，胡春浦告诉我，胡其芬是可以信赖的，有事都可以和她商量。我从进狱到1949年1月出狱，从始至终，她给我很多帮助。”
胡其芬入狱后，注意观察环境，分析周围的人，包括监狱的看守人员。好像一个有经验的老兵，在陷入敌人重围的情况下寻找冲出包围圈的突破口。她要打通一条与外面联系的秘密通道。她看见被捕入狱的同志天天增加，知道党组织遭受了严重的破坏，但是她相信党的组织一定还在山城坚持战斗，必须找到可靠的关系同党组织取得联系。反动派倒行逆施，不得人心，不满的人到处都有，敌人的营垒不可能是铁板一块，因此总可以找到一条缝隙。她很快了解到同室难友周香泉通过监狱的医官刘石仁找到堂兄的事。
周香泉来女牢最早，她怀孕在身，入狱后呕吐厉害，不思饮食。刘石仁从医学观点考虑到孕妇的需要，又考虑到将来分娩怎么办，就利用看病拿药的机会在药包内包了一节铅笔，问她重庆有无亲人。周香泉第二次看病时写了回条，说她丈夫有个堂兄在南岸内二警工作，未见过面，希望帮她联系。第二天，刘石仁到南岸找到了她的堂兄。不久，周香泉便收到了她堂兄送来的营养食品。胡其芬根据这个情况分析：刘石仁敢于违反特务的禁令，冒着极大的风险为政治犯带信出狱，至少是个富有同情心的善良人，于是她决心进行试探。
刘石仁是天津人，作过童工，曾在冯玉祥的西北军军医班学习，受过抗日反蒋思想的熏陶，是一个有爱国心的军医。因为受排挤一度失业，抗战胜利后随着失业军官登记，编入军官总队，分配到西南行辕检诊所工作。渣滓洞监狱成立分诊所，他被派来当医官。他没有参加特务组织，所以他对待“政治犯”的态度与其他特务明显不同。
胡其芬在看病的时候，塞给刘石仁一张字条，上面写着：“医官，听难友说你是好人，难友们需要你帮助的地方很多，尤其我这病人，请接受我代表难友向你表示感谢！”刘石仁悄悄将字条收了起来。看完病发药时，她又塞给刘石仁第二张字条：“医官，不要怕！”刘石仁迅速收起字条，没有声张。
几天后，胡其芬又进一步进行试探。看病时，请刘石仁带一张字条到陆军医院交给大姐胡永芬，要家里带点日用品和药物。刘石仁把信带给了胡其芬的大姐胡永芬，刘石仁本人也见到了胡其芬的父母。胡家对刘石仁十分感激，拜托他多加关照监狱中的胡其芬。刘石仁把胡永芬写的回条和托带的物品带进狱中，借看病的机会悄悄给了胡其芬。这条和狱外联系的秘密渠道就是这样打通的，胡其芬写给狱外地下党的信，其中有一些就是通过这个刘石仁传出去的。
监狱的情况非常复杂，当时外面给监狱里的政治犯送日用品是受限制的，带信和书报更是绝对不准许的。刘石仁这条渠道打通后，男女牢房找他带信的人逐渐多了起来。胡其芬发现这个情况后十分重视，经与狱中党员骨干研究后，她又给刘石仁写了一张字条：“医官，大家的条子太多了，你穿着军装，不当去的地方你去了，这样对你太不利，对我们也很危险，因为我们只有你这一条路子向外联系，今后我们由几个可靠的人与你联系，集中转交来往的条子，你说好吗？”事后刘石仁也确实这样做了。
胡其芬是个具有丰富的对敌斗争经验的同志，为了避免暴露，她在一段时间后，改由张坤璧代替她与刘石仁联系。张坤璧患肺结核病，看病拿药的机会多，即使同医官刘石仁接触多一些也不易被敌人怀疑。因此，这条秘密联络渠道一直隐蔽得很好，直到最后时刻也未被特务发觉。
