佛教发生、发展于印度，传到中国后，必然存在如何融入到中国人的社会生活和理论活动中去的问题。佛教与中国本土文化之间有一种张力：后者要用固有的文化观念同化前者，前者又要用它的独特元素改变后者。两者的交互作用塑造了佛教在中国的发展形态。根据中国人对佛教的理解以及接受程度的高低，冯友兰把佛教在中国的发展分成三个历史阶段：第一阶段称为格义，第二阶段称为教门，第三阶段称为宗门。格义是指用中国人的原有的哲学概念去解释佛教哲学的阶段；教门是指中国僧人根据自己对佛教经典的理解而创教的阶段；而宗门则是指禅宗，它不信一切佛经，认为人的心就是佛。
格义
在魏晋时期的思想界中，一般人都认为玄学与佛学基本上是一致的，所以它们的概念可以互相换用，它们的语言可以互相翻译。
佛教大约在两汉之际传入中国，最初它的深奥教义或理论是不为人知的。我们知道，后来基督教打动东方异教徒的，不是圣奥古斯丁或托马斯·阿奎那的神学巨著，也不是蓝眼睛红头发鹰钩鼻子的上帝的召唤，而是那些曾受到宗教裁判威吓的人发展起来的科学技术或曰“奇技淫巧”。佛教借不了科技的光，却借了迷信的空气存活下来，传播开去。那时人们完全是用看待方术的眼光来看待佛教的。也就是说，当时人们对佛教的看法，大体上还停留在“灵异”和“遥感”的混沌水平上。佛祖也好，菩萨也好，如同方术宣扬的神仙一样，在人们心目中，仍然是一个祈福禳灾的幽灵。西汉末年的大学问家刘向，把佛经所载的佛子视为“仙者”。光武帝刘秀的儿子楚王英，是中国历史上第一个信佛的王爷，不过信仰并不专一，他同时也念诵黄老之言，还有余力消化符瑞图谶。在他看来，但凡能降福消灾，不妨各方神圣都拜一拜，宁可错拜一千，不可漏过一个，说不定佛教这种“方术”有什么中土未闻的偏方呢！传佛的高僧，是不可能无视这些大施主的需求的，所以像安世高这样的高人，也不得不玩弄“奇门遁甲、医方异术”的把戏，作为宏法的“方便”法门。
冯友兰认为，推动佛教的中国化进程的，并非高高在上的皇权，也非民间，而是中国的知识分子。是他们将佛教引进文化领域并深化为佛文化人格。佛教也正是通过他们的身体力行，才在汉地得到传播、伸展和日趋中国化。这其中有三国时期的朱士行，他是第一个去西域取经学法的中国僧人；还有东晋的法显，他历尽千辛万苦，去印度取回真经。但是，中国知识分子普遍地接受佛教的契机，则是在魏晋时代老庄玄学兴起与流行的时候。
魏晋的知识分子多有傲然独得、胸襟洒脱、超然物外的生命情调与宇宙情怀。他们尤好老庄的任诞、自适与无拘无束，对《周易》、《老子》、《庄子》品之不绝，谈之不厌。在这时期，佛家的般若学已被名僧竺兰等以道家哲学术语译成汉文，这极富玄学意味的空宗经典，无疑受到了魏晋知识分子的青睐和认同，乃至很快形成了佛道互补的格义之学。
所谓的“格义”，也就是用中国原有的哲学术语来翻译或讲解外来的佛教著作。冯友兰指出，佛教正是通过格义的方式被中国知识分子所理解和接受的。魏晋时期宣讲佛教的人发现，《般若经》的谈空说法与老庄道家的谈玄论道非常相似，于是就用道家的空、有、无、道这些术语来译《般若经》，从而形成魏晋时期所特有的“格义”之学。《高僧传》说，佛学大家慧远向听众讲佛学“实相义”，说得唇焦舌躁，听众也焦头烂额，不但不曾开悟，反倒转增迷惑。慧远料想众人熟读《庄子》，就引庄子的义理做说明，果然，众人闻言大悟（或装做大悟）。在当时的思想界，一般都认为老庄道家与佛学基本上是一致的，所以它们的概念可以互相通用，它们的语言可以互相翻译。冯友兰指出，在中国近代史中也有类似的情况，严复就是用格义的方法翻译了西方文化书籍，这为西方文化在中国的广泛传播做出了开拓性的尝试。
历来讲“格义”的哲学史家，只把它视作社会、历史现象，未能深究其心理认知根源。格义的现象，之所以一再重现，实是由我们人类的思维认知结构造成的。瑞士心理学家皮亚杰认为，儿童认知结构的发展，是由“同化”和“顺应”两种过程和机制推动的。一个刚学会叫“妈妈”的婴孩，脑袋瓜里会形成一种观念：“所有的女人都是妈妈”（他当然不会这么清楚地表述出来，否则未免太早熟了）。他见到女人就叫“妈妈”的时候，那是在把新经验“同化”到旧观念中去。这样做，他的爸爸未必很不乐意，他的妈妈却可能感到不大公平，于是在别的女人面前，教小孩叫“阿姨”。日子久了，孩子就能顺应这种新经验，形成新的观念：“所有的女人都是妈妈或者阿姨。”成人正是用他当年学习“妈妈”或“阿姨”这种观念的一模一样的方式，来维护他的既有观念或接受新鲜观念的。每一套观念都构成他坐以观天的“井”，或者丈量世界的尺子。在通常情况下，他宁愿把天装进他的井口里，而不是改造或者打破水井。可见所谓的“格义”，无非是认知的“同化”过程，没一点神秘意味，如果当初佛教不这样与中国本土文化接枝，那才是见鬼的怪事。人们对佛教浸润越久，体会越深，越能认识到其中概念的意蕴非玄学所能穷尽，而是自成体系的。格义的办法，不过是像孟子所说的“嫂溺叔可援之以手”那种权宜之计，根本上佛学和玄学是有义理的隔阂的。一旦佛教羽翼丰满，“格义”的假肢就被弃而不用了。
佛教般若宗的核心问题是空有问题，当时的人认为这和玄学的有无问题是一回事。他们或用佛理来解释老庄，或用老庄来解释佛理，形成了佛教史上的六家七宗。支遁就属于其中的一派，他提出“色无自性，即色是空”的命题。“色”就是物质世界，这个世界迁流不息，成毁万变，没有长住不坏的东西，因而它的本性是空。然而现象界的存在是可触可感的，怎么能够“空诸所有”呢？支遁一派认为，现象界之能够被感知，是通过人为的名相，比如先有贵贱之名，才有贵贱之实。假若不生起感知活动，那么名言和现象就“空”了。支遁认为，佛家之“空”就是道家之“无”，他用佛家“空”、“有”观念去注解《庄子》，与名士向秀、郭象的《庄子注》一道，名重一时。据说，支遁在洛阳的白马寺不仅讲《般若经》，而且也常常宣讲《庄子》，听众中既有和尚也有名士，名士们起初瞧不起他，后来听他宣讲《庄子·逍遥游》，卓然标新理、立异义，言诸贤之所未尽，这才倾倒折服。谢安、王羲之等江左名流，都对支遁的妙才叹赏不置。
不过像支遁这类名僧，大概由于禀赋和性格倾向的缘故，对佛学的兴趣实高于佛教，因之虽然义理精熟，辩才无碍，在宗教修行上却未曾下过苦工夫。支遁有一次打算买下一座山作为隐居之所，这和地主的买田置地有什么两样呢？别人奉劝说：“未闻巢由买山而隐。”巢父、许由这样的大隐士，但求避人避世，随处而安，何尝“买山而隐”！支遁听了也觉得不妥，方才打消了这个念头。与支遁同时的竺法深，也混迹于名士群中。有人含讥带讽地问他：“道人何故游朱门？”竺法深大言不惭地说：“君自见朱门，贫道如游蓬户。”这话只能搪塞一时罢了，“如游蓬户”究竟“未游蓬户”。竺法深“朝扣富儿门，暮随肥马尘”，仰食于豪门大宅，佛家周贫济穷的慈悲心肠，到底体现在何方呢？倘若“游蓬户如游朱门”，那才见得真精神呢。
僧肇和支遁一样，是天分奇高的哲学家型僧人，其早慧、善辩和思想倾向，都有王弼之风，二十岁上下即名振关辅。他是山西人，原来家里很穷，靠给别人抄书维持生活。在抄书之中，他看了很多书。他早年喜欢老庄，可是他认为，总有些根本问题，老庄没有讲透。后来他看见《维摩诘所说经》的译本，非常高兴，他跟随当时的大翻译家鸠摩罗什学佛，成为鸠摩罗什的大弟子之一，也是中国佛学史上第一个倾向于独立思考的人物。他写了几篇论文，后人辑成一集，称为《肇论》。其中有一篇叫《不真空论》，认为一切事物都是缘会而生，缘离而灭。缘就是条件，是事物生成需要的各种条件。需要的条件都完备了，那个事物才生出来；如果条件不完备，那个东西就灭了。所以，一切事物都虚幻不实，所以是空。僧肇认为，不真故空，这是佛家哲学的空之本来意思，与道家讲的无含义不同。因为道家并不否认物质世界的真实存在，他们讲的无侧重于人的主观的心灵境界，并不就现实的事物而言。空是“非有非无”的，譬如电影人物，不能执为实有，也不可化为虚无。僧肇认为这个空是“诸法实相”，是一切事物的真实情况，佛学所讲的就是一切事物的真实情况。
僧肇又作《物不迁论》，进一步说明事物变化之为假象。这篇论文开头说：一般人都认为，人和事物都经常在流动变化之中，但是他不以之为然，他认为一切事物既不流动也不变化。何以见得？僧肇有一句话说：“然则旋岚偃岳而常静，江河竞注而不流，野马飘鼓而不动，日月历天而不周。复何怪哉？”就是说，山间的烟岚锁住了峰腰而常静，江河里的波涛竞注而不流，田野里的烟尘翻飞飘舞而不动，日月在天空随时间变迁而不周行。事物既不流动也不变，又有什么奇怪的呢？照僧肇的这个说法，一切事物，无论在时间上还是在空间上，都好像是一部没有放映的电影片子。在没有放映的时候，一个大动作都分成许多小动作，开始都是不动的。这就叫“物不迁”。
僧肇《不真空论》说，任何事物都是生灭，缘会则生，缘离则灭。一个大生灭中有无数个小生灭，前一个小生灭并不来到现在，现在的小生灭和以前的小生灭，貌似而实异。《物不迁论》说：“是以梵志出家，白首而归。邻人见之，曰‘昔人尚存乎？’梵志曰：‘吾犹昔人，非昔人也。’”白首的梵志业已蝉蜕过无数次了，虽然黑发梵志的身量外形还依稀可辨，终究此梵志非彼梵志也。僧肇用这个故事说明，人和事物时时刻刻都在生灭之中，可见人和事物都不是真实的。
僧肇所讲的“不真空论”，反映的是以《金刚经》为主的部分佛教经典所宣扬的般若思想。从《金刚经》的二十七个主题来看，般若思想不外说明诸法“性空幻有”的道理。所谓“性空”，即佛所说的“诸法无我”：一切现象都没有实在的自性；但空不同于虚无，法虽然自性空，假有的现象仍是有，即所谓的“幻有”。“幻有”含有双重意思：（一）幻有并非无有，只是相对于实有来说，它是非实在的；（二）幻有并非凭空而现，它的产生是有条件（因缘）的。所以般若思想是由一对范畴即性空与幻有构成的，不能片面地执其一端。《金刚经》将这个道理总结为一句话：“一切有为法，如梦幻泡影；如露亦如电，应作如是观。”
冯友兰认为，僧肇讲“不真故空”（或者说“性空幻有”），其根本目的还在于求得人生的解脱。佛教认为现象是“幻有”，不是真实的存在，但是普通人由于“无明”而不懂得这个道理，常常把现象世界执著为实有。正是由于这个“执”，众生才产生迷妄颠倒的想法，对这个世界形成虚妄的认识，种种痛苦和烦恼亦随之而生。不过谈“空”容易，行“空”实难。从生存条件来看，太监应该是最方便潇然出尘的：色欲断除了，子孙断绝了，生前身后名抹杀不了大质有亏的耻辱了，然而他（她？它？）们争权夺利之心竟然变本加厉了。那么和尚尼姑躲进庙里庵里，肉身尚存，虽然号称“遁入空门”，可是见“空”行“空”究竟有几分胜算呢？几十百号人群居杂处，恐怕权力规则的作用，尤猛于世途。佛教毕竟不是单纯的哲学，只求义理的圆融就够了；它必须抬出几位高僧大德，作为其教义的“见证人”，表明它的救心救世之方，并非龙涎凤卵一类东西。在这方面，佛教的业绩并不让人满意，范文澜在《中国通史简编》中，狠揭一些“高僧”的疮疤，也是不为无据的。但在格义时期，道安、慧远师徒，无论如何不能不许之为真正入了“空”门的高僧。慧远隐居庐山，三十年不下山半步，岂是“如游蓬户”者流所可望其项背？
教门
南北朝以后，佛教中分成许多宗派。每一派中都有它的祖师，各立山头，互相批评。每一个宗派都信奉佛教的一种经典作为他的教义，这表示中国的佛教和佛学已经脱离了“格义”的阶段，进入了独立自主的阶段。
在南北朝时期，与政治上的南北分裂相应，佛教也形成南北不同的学风。大体上说，北方倾向于修持、实践，这种修习禅观，是汉以来的一贯传统；南方则倾向于教义的思辨，这当然与晋室东迁、玄风南移有关。所以汤用彤先生说：“三玄兴于晋代，而般若之学盛行；清谈盛于梁陈，而三论再起。”三论宗可以说是对晋代般若学的一个总结。隋唐南北统一之后，佛教也要求南北会通。第一个应运而生、统会南北佛学特色的宗派，是智頠创立的天台宗。随后，玄奘创唯识宗，法藏立华严宗。这一时期，大师代出，新论滋盛，冯友兰称之为中国佛教的“教门”时期。
