1938年又有战时幕僚团的建立。战争开打了，对方来者不善，海陆空大打出手。范围逐渐扩大，我方对军政幕僚的需求顿然增加。陈布雷回忆说，涉及战争的各个专门问题需要搜集资料，分类研究，交由中枢甄别取舍；各方所上条陈以及请示之文件，由于量大，须有专人签拟，然后交由统帅审查决定。当时国中各方有志之士，自愿投效者很多，亦应有专门机关从事延揽。遂由陈布雷出面，请示蒋介石，获准在军委会内设置参事室。早期以朱家骅为参事主任。
不过对此参谋团，陈布雷也有他自己的看法。
早在抗战前三四年，熊式辉等人就力劝蒋介石，要在蒋介石的周围组织类似智囊团的机构，而陈布雷主张慎重从事。他认为，智囊团本身的延揽，就需要有高人主持，假如见闻不广、心思欠周之人得任幕僚职位，就纯粹是多一累赘。他以为，先前不久的南昌行营的设计委员会，作用就不大。
陈布雷直言，智囊团这种名称，他始终以为不适合用于中国。
但是参谋问题怎么解决呢？他以为，可以延揽具有专门学问者、通晓政理者若干名，以备咨询，而战时已有各种专门军事参谋机构，已经足够。
抗战期间的幕僚考选
抗战期间，对于军政首长的青年幕僚的考选，当时任何应钦参谋的陈桂华曾谈道：“何敬公要求参谋的条件是要学校成绩好，会写文章。何敬公是参谋总长，有很多讲演和讲话，参谋要会帮他写稿子。我陆军大学毕业考前几名，我还参加军事论文比赛得过第一名，所以，他选了我去。”那时候，他和汪敬煦都是何应钦的侍从参谋。他本人是黄埔军校十一期毕业生，1940年考取陆军大学，1943年毕业，8月开始给何应钦将军做侍从参谋，前后有六年的时间。
抗日战争时，蒋介石是军事委员会委员长，下有参谋本部，参谋总长先是何应钦。另外中国战区最高统帅也是蒋介石，参谋长是美国的魏德迈，底下有中国战区陆军总司令，由何应钦兼任。
幕僚文化素养，显然是考选的重要一环。抗战一开始的时候，有的部队害怕面对记者，害怕负责任，于是干脆就说，打仗都来不及，哪有闲工夫来招待记者啊。
前线将领对新闻记者的工作是逐渐认识到其重要性的，有一次曹聚仁在开封访问孙殿英，他就不懂得新闻记者为何要采访，后来经过他的幕僚解释才和新闻界谈起了战场上的掌故。有一天晚上，他在会场上作朴素的演说，他说道，别人没做过汉奸，不知道汉奸的滋味，“我孙老殿做过汉奸，尝过这味，以后孙子王八蛋才做汉奸”。曹聚仁说这是英雄本色，脱口而出，是很好的新闻材料。
孙殿英这样的人，如果遇到好一些的幕僚为之策划，会少干一些坏事，并可善用其勇，否则只是一味的莽撞。
当时中高级将领中的文化素养较高，但是军队的下层和底层就很成问题了。曹先生举例说，有的哨兵检查记者的通行证，倒持着那张证纸，乱看一阵，糊里糊涂就扣住了，糊里糊涂就放行了，中央社记者曾在湘西被扣，真使人哭笑不得。
稳健而工于心计的林蔚
侍从室整体兼有参谋功能，但其中相当一部分是事务官，如钱大钧，虽然文章清通，颇谙丹青，古文根基也不错，各种新式兵器均能掌握，但他主要是做好交办的事情，主动地出谋划策则说不上。而且，因不善动脑筋，在西安事变前夕，他负责的蒋介石专列的车头，也被他的朋友张学良以诈术调去“修理”，使蒋介石陷于插翅难逃的绝境，事后曾被严厉责问。
侍从室里的一流幕僚，要数1938年初接替钱大钧、调为一处主任的林蔚（字蔚文）。
林蔚在辛亥革命后考入北洋陆军大学第四期，毕业后曾做过工兵营长，1924年在孙传芳手下的浙军一师（师长陈仪）当参谋长。反正为北伐军后，被征调到国民革命军总司令部担任南京警备第一师参谋长。陈布雷的助手张令澳说，林蔚出身书香门第，旧学基础牢固，多谋善断但藏而不露。
蒋、冯、阎之间的中原大战爆发，蒋介石的军政前途危在旦夕。他驻节柳河，亲自督战，林蔚全程跟随，辅佐蒋氏指挥作战，“有条不紊地昼夜谋划，以其细致周全、谨慎稳重的幕僚作风，更为蒋所信任”。1934年他即任军委会铨叙厅中将厅长。
抗战初期，日军攻势凶厉，战场形势瞬息万变。蒋介石为了掌握全局，身边急需高级军事幕僚，林蔚便成了第一人选。他的长处是熟悉军事地理，对各战区战力、人事关系了如指掌，大型作战规划可以迅速草拟完毕。蒋氏往往据其策略，调整战力结构，遏制日军攻势。
当时，山东军阀韩复榘拥兵自重，抗命自行撤退，致使日军长驱直入。蒋介石为了防止其他军阀效尤，和军政巨头们紧急商议，欲加严厉制裁。而韩氏决不轻易就范，且出狂言反唇相讥，一时陷入难解之焦虑。此时，林蔚策划一万全之策，即以请君入瓮法将其收拾，蒋介石然之。其法为，蒋介石往开封主持军事会议，召集前线将领与会，并亲自致电韩氏，温语劝诱。韩氏不疑有他，随即前往，甫入会场即被解除武器，其所带一团警卫也被隔离控制，最后束手就擒，押往武汉军法审判，旋即枪决。事件引发社会轰动，军界震悚。林蔚用心深细，于此可见一斑。
另外1938年夏天徐州会战失利后，花园口决堤事件，也是林蔚一手策划。
当时国军情绪低落。为了阻止日军南下武汉的企图，当局在武汉召开最高军事会议，与会将领莫衷一是，久无良策。正在一筹莫展中，林蔚又设想一个黄河炸堤水阻日军的方案。蒋介石由此看到一线希望，当即提交会议审议通过。任务交给32军军长商震下辖的第八师执行。该师经过艰苦作业，在郑州东北的花园口炸决大堤，河水迸涌漫延，致数十县百姓流离失所，成为灾害不断的黄泛区。而日军攻势只是稍受阻碍，仍在当年10月攻陷武汉。总体来看，这是一个看似高明，实为仓皇失措的幕僚作业。
当年12月，林蔚调为委员长桂林行营参谋长（行营主任白崇禧），襄助白氏，协调战区各部队配合作战。其间经昆仑关等多次重要战役，西南战区还算稳定。
太平洋战争爆发，组建远征军赴缅作战，林蔚受命随蒋介石两次飞往腊戍视察防务。随后成立滇缅战区参谋考察团，商震为团长，林蔚副之，参谋团会同史迪威参与机要、商议协调作战部署。抗战末期，美军对国军军政部机构庞杂、效率低下、营私舞弊种种现象提出质疑，建议改组并仿照美国体制，建立国防部，蒋介石然之。遂向此方向过渡，将军政部长何应钦调往昆明担任陆军总司令，由陈诚接管军政部。陈诚亲自点将，将林蔚调为他的次长。抗战胜利后，军委会改组为国防部，陈诚出任参谋总长，又以林蔚做参谋次长。
远征军入缅作战，参谋人员王楚英在腊戍听见杜聿明向林蔚抱怨说道：“美国人只是科学技术比较发达，经济实力比较强大，他们军队的战斗能量、军官的战术素养和指挥艺术，并不比我们高明……”而林蔚不以为然，他向杜聿明剀切说明事情的原委和蒋介石的深远意图后，杜聿明方默然无语，点首认可。（参见王楚英《史迪威同杜聿明在缅甸的一段纠葛》）
远征军第一期阶段，蒋介石造访缅甸战场，视察担任曼德勒卫戍任务的新38师，均由林蔚陪同。此前，已电令驻缅参谋团林蔚和代长官杜聿明要绝对服从史迪威的指挥。在缅甸战场出现了盟军四巨头，即史迪威、亚历山大、林蔚、杜聿明指挥约12万中英联军抗击6万日军的局面。其间，杜聿明和史迪威的关系时好时坏，国府为了抗战大局，改由抗日名将罗卓英上将取代卫立煌担任中国远征军司令长官，统帅驻缅中国军队，受史迪威指挥，并以在缅甸的参谋团团长林蔚作为史迪威的慕僚长，协助史迪威策划缅战。林蔚手下的参谋还向史迪威讲述《将相和》故事，他们能以英文确凿复述廉颇、蔺相如之间弯弯绕的故事，还真令人钦佩。
涉外高参
杜建时曾任战区副参谋长、陆军大学教务处处长、国防研究室主任、军委会委员长侍从室高级参谋、天津市市长。
