1.知识体系的特点
在钱恂的新的知识体系中有以下几个方面值得注意的特点：
一是对新的语言与表述方式的全面引入。新的知识体系是建立在新的辞汇与表述模式之上的，这既是客观的历史过程的必然，也为钱恂这样的历史主体所充分认识。钱恂的常年出洋经历使他对中西语言差异在知识传达上的所带来的扭曲效应非常敏锐。在戊戌之前，他在给上海的汪康年评论其《时务报》的信中就说：“近两三期贵报译件，文话太多，大失西文本意，亟宜痛戒。
要知西文不解中国词头也，如十报谏俄皇书，全用中国下腴上字面，如圣躬、如宸衷、如天威、如陈奏、如普天同度、如贡物、如祝嘏、种种可恶字面，愚不取也。”而这些词汇实际上是传统秩序认同的重要载体，新的词汇与表述模式所带来的是一个新的秩序观，这将最终剖离普遍王权的合法性基础。这也许非钱恂类人物当初的本意，但其效果却是实实在在的。学界对于以日本为中介的现代汉语新语汇的形成已多有注意，但大部分的研究所关注的焦点都是梁启超式的“舆论巨子”所起的作用，而忽视了和梁启超们的输入与重造新词汇相伴随的是，自洋务运动以来官方对于西书的大量翻译，外交官们的奏疏报告中对于新词汇的大量运用，而实际上正是官方和准官方的渠道的推动使这些词汇很快的取得了合法性。钱恂的《财政四纲》中就首次使用了“金融”、“经济危机”等词汇，可以视为那个造词时代的一个例子。
二是由一体化的知识向学科化的知识转化。在传统的“修身、治国、平天下”的路向中，“漕运”、“河工”之类的技术类学问是儒家伦理在实践中的具体化，半部论语即可治天下反映的是传统知识内外同构的一体化特征。而近代西方知识体系的一大特征就是学科化，“于知识无不分类讲求”，19世纪末正是西方知识学科化过程基本完成的时期。钱恂对于知识学科化与由此带来的人才的专门化有着非常明显的认识，无论他在日本时期的译纂还是出使欧洲时的奏疏都着意于讲求专门之知识，其中所特别加意的有财政、法律、宗教、教育、军事等诸方面。以前两项为例，在日本时钱恂着《财政四纲》、《日本法规大全解字》，对日本的财政、法律详细考陈，特别强调其为中国所无的专门学问。驻意大利后，连上《义预算疏》、《义财政困纾片》、《义国国税疏》、《加税免厘利弊片》、《义税中国货进口疏》，对意的财政收支结构、预决算情况、国债发行利弊以及我国裁厘增税等问题详加介绍。在接到驻意的任命后，就表示，意大利为法律学之故乡，要“与其政府及士大夫悉心讲求法学”，任内对意大利的宪法、民法多有陈疏。1907年，在荷兰海牙召开第二次保和会议，钱恂以保和会会议大臣身份与专使陆征祥一同出席，他对于“各国所派议员大率以国际法律学为首选，而海陆军学辅之”的以专门人才与会非常艳羡，在他在驻荷、意任上几次关于保和会的奏折中都提到中国培养专门人才的重要性。钱恂本身的百科式知识结构所代表的正是一体化的知识与科举体制下的官僚向学科化知识与专门化人才的过渡形态。今日看来，钱恂和他的同辈中人，对于西方学科化知识的理解多少有些浅薄甚至不无谬误，但却多属开创性的，且他们学习西方，介绍西方的意识是非常明显的。他们对西方的介绍已经从早期猎奇式的浮光掠影的游记描述变成较全面系统和大规模的学科化引进。
三是在引进西方知识体系中坚持文化的民族本位。这突出体现在钱恂对于教育问题的中西因素的考量上。钱恂对自己一生颇为满意而反复提及的功绩就是首倡赴日留学之议，而“刘忠诚张文襄采予说，相继选派高材生东渡”。1906年初，钱恂的朋友宋恕在山东推荐国文学堂监督人选时，钱恂是被荐人之一，其被荐的理由就有“于古今中外之故，了然于胸。倡议派遣留日学生，且有送合门子女入彼学校之创举”。但钱恂在引进西方知识体系时，却又颇为重视中国本土知识的延续以及对教育权力的掌控。还在其在湖北办武备学堂时，钱恂就屡与德国教习冲突，并“裁抑之，使不得如赫大人（赫德）之猖獗”，在他给汪康年的信中说：“弟办武备学堂已七个月，未得丝毫益处，未取丝毫钱文，见恶于洋人，见慢于学生，而坚守不去者，为此数千年中国兵权不肯暗移于外人耳。”钱恂在意大利期间，美国石油巨商洛克菲勒曾托人，向其探询在中国投资设立大学的可能性，被钱恂“词婉意严”地拒绝，还津津自得地以密片向朝廷表功。并且对教会学校在中国势力的扩张非常担忧。“比年以来，士习厌故，心醉欧风，视此种学校不但不以为越俎，并且转生其向慕，循此以往，渐推渐广，名为助我造成人才，实为彼教增势力。”钱恂主张引进西方词汇来更精确地传达新的知识体系，但以本国语言文字为根本却又是他一以贯之的底线，他认为“教育所以培养国民专崇本国文字，而外国文字不过为学术辅助之端”。
1903年，缪荃孙奉命到日本考察，钱恂与缪谈“中国教育现在宜专重国文，宜广开学塾，宜编定课书，不宜修广厦，不宜延外人，不宜重洋文”。这一洋务人才说出的教育观点竟然和所谓的顽固派有相像的地方，这颇反映了近代面向西方的士人思想的矛盾和复杂。钱恂的文化民族主义本位的动机，一在于对民族国家现实权益的保护，二是在于对本民族语言文化传统的保存。这实际上是中国第一、二代对西方知识体系大规模介绍者的共同的特征，一方面是坚定地介绍西学，另一方面又坚定地以中学为立身立国之根本。这在他们本人的知识体系中就表现为，在庞大的学科化西学体系下包裹着中学的内核，在对中学的扬弃与保守，对西学的迎与拒中体现着过渡中的传承与开新。
2.改革与排满
钱恂的知识体系和角色内涵相当程度上决定了他的政治观和人生态度。在一体化和知识结构和秩序观被打破后，钱恂这类人物的政治认同表现了从关乎体制内官僚仕途与命运的王权为核心向民族国家为核心的转移。他们是改革的坚定倡导者，当王权对民族国家危机应对乏术，而对大规模的改革又抱有敌意时，他们对王权的离心倾向就会明显增加。实际上从戊戌政变以后，钱恂和他周围的求新群体对清政府就有相当的离心抵制之意。
戊戌政变发生后三日，钱恂的父亲钱振常在苏州去世，钱恂接讯后，回苏州奔丧。在苏期间给汪康年写信，打算将“五月以来百日中谕旨及要紧章奏，属日本人编成一书，名曰《支那百日兴盛记》。自八月以后又编一书，名曰《支那衰亡记》。又康案颇有在弟胸中者，亦欲乘此一编，备他日史料。书成，寄日本一刊，此必传之作，兄以为何如？能稍稍助我否？”钱恂打算自己纂初稿，再让张元济和汪康年参订。虽然由于此后的政治气氛，编书的事情后来未见下文，但已可见当时钱恂的心情。本来这一年的六月，钱恂受到了光绪的召见，属于戊戌年新进的政治力量之一员。政变既使政治理想覆灭，也使仕途升迁大展宏图的机会破产，钱恂听到政变消息后捶胸扼腕的心态是完全可以理解的。在随后一封给汪康年的信中钱恂说，“恂所窃祷者八月以后之恶氛不久当扫，以后重睹天日，痛先严之不见矣”。又一信说，“此百日新政，中国将来必仍举行，此时遏之愈甚，再举行之期愈速耳。”虽然戊戌前后，钱恂对康有为始终未赞一词，在政变之前钱恂还发过“变虽宜变，然不得人，无纲领，心有乱”的议论，但这种意见主要是针对所谓“康党”而来的，而支持改革与维新实际是当时他及周围的一批中下层官员、学者共同的政治态度。而戊戌政变也确实是体制内的新派人物对清廷离心离德的一关键。
1900年接连发生义和团运动、八国联军入北京、张之洞镇压自立军诸事件，此一系列的事情使钱恂的思想及对清廷的认同又有了很大的变化。庚子之变，又再次触动了钱恂编史存志的冲动。不同于戊戌的是，这一次，书编成了。就是我们今日所见之《金盖樵话》。钱恂认为义和团事件是中国招辱受压之根源，且对慈禧揽权私欲极为不满，“庚子拳乱，不但清召亡大源于此，即中国各族永受东西愚压而不复克振者亦源于此，此孝钦处心积虑废德宗所造成也”。
钱恂认为，庚子之乱实源于戊戌之变所造成的清王朝中央权力的变动。慈禧屡欲废光绪，而端亲王载漪为实现个人野心，急欲其子大阿哥得以立储，又恐此举难获朝野及列强支持，故铤而走险，欲利用义和团力量以反对洋人，达成废帝及压制改良派势力之目的。其实，类似的认识在当时官僚知识界中有一定代表性，恽毓鼎就曾说：“甲午之丧师，戊戌之政变，已亥之建储，庚子之义和团，名为四事，实一贯相生，必知此而后可论十年之朝局。”钱恂的此种认识在当时就不加掩饰，还在庚子年年初，张之洞就对钱恂听信“康党”对立储事“造谣煽乱”向他发出警告，“鄙人既承诸公不以为谬，似不当听逆党之言信口诋诬，事关大局，切祷”。随后唐才常等因自立军被张之洞捕杀，钱恂的离心倾向已更强，向张之洞提出辞职，在给汪康年的信中说，“鄂省下半年昏昏，往岁声名坏于一举，可惜！言之难尽。弟之辞差，亦半因不愿与之共败也。在彼意亦深恐受弟之累，然又不敢竟许我辞。”对张之洞这样清廷内尚算开明的掌权派，钱恂都已不愿与之继续合作下去。庚子年岁末，身在东瀛的钱恂与夫人单士厘做诗迎新年，钱恂诗中有“天陆将沉天黑黝，强敌压境拉枯朽”与“专制共和难为偶，白熊黑鹰雄雌守。共和政体古昔有，华盛重兴约克纽”之句，足见其对这一多灾多难之年诸多事件之失望不满及期望改革，期待共和政体的心情。
3.性情与思想变化
就性情上说，钱振常影响了钱恂，钱恂也影响了钱玄同。钱恂在性情上时常表现出偏激的特点。《朝野新谭》中作者说钱恂在京尚未出道时就是“骄倨诡异，有父风，殆出天性。屡试不售，益傲谩自恣，乡邻目为怪物”。虽说此文是专意诋钱恂而褒陆征祥，但说钱恂性情偏激、怪异实际上并不错。
一方面是对清廷颟顸误国的不满，另一方面是对救国乏术的担忧，偏激的言论与消极失望的情绪是非常容易互相沟通的两极，在钱恂身上交互体现。早在1895年钱恂就曾在私下对宋恕发过“黑发者种类不佳”的议论，搞得宋恕只好以“不敢苛同”相答。类似的言论在张之洞幕内的不少人都领教过。陈庆年听了钱恂的“国危至此，恐此后百年，但有消磨，华种其将绝乎？！”的议论，深受感染“为之大痛”。1898年郑孝胥听说钱恂曾在京师一朝士宅中，昌言“中国必决分裂，如江浙吴楚得为日本所割，为日本臣妾，此大幸也”。这条消息传到张之洞耳朵里，张之洞大为惊恐，“此何等语，钱守乃妄发耶！”以德国的胶州案为开始，列强汹汹，瓜分危机日益严重，钱恂和同僚们每日言之“心悸气结”，身处“焚屋之下”又无计可施，钱恂的激愤也代表了相当的同辈人的心理倾向。1900年，钱恂在给汪康年的信中说，“近今中国人声声言白种必奴隶黄种，几几有不甘奴隶之心。然试问，我国人以前能自伸黄种之权乎？以前既自甘为奴隶，以后何必不甘？窃恐白种究胜满洲也”。此年八国联军入北京，慈禧在西狩途中一面张罗议和，一面发布新政上谕，钱恂又发高论：“和议必难速成，长江不免小警，然无论种种变态，总比承平好。故弟近发论，谓海内诸君子，咸欣欣于新政之将行，虽新政必不能行，然此行新政之机谁实启之，不得不归功于载漪、刚毅诸大勋臣。”不塞不流，不止不行，对于清廷一再耽误改革时机，钱恂求诸于周易之道，其中激进的指向非常明显。事实上他对慈禧姗姗来迟的改革表态也十分不满，大骂“目下所谓上谕者，仍是狗屁大话”。
1901年初，汪康年等为拒俄事，在张园开会，钱恂又说：“张园大会为补救国会之要点，敬佩敬佩。无此举，则真四万万人无一有脑气者矣。”不过他并不认为此举会有什么大的作用，“然弟有一言，度兄亦不能不憬然，今果争得满洲不让俄人矣（姑勿论是空话）。以此数千里之地，数百万蠢悍之民，委之于数十百满洲极贪虐之官之手，试问，能三年无事乎？此三年后，俄力愈增，我力愈微（必每年输数十百万金于满洲地）。彼时，俄再索地，将何以处之？总之，新政必无望，要此东三省何用？”“然自立之义，非昌言二三十年，老者尽死，少者成立，恐不易观。”钱恂的这些言论中包含着不少激进的因素，大有打破一切，重新来过的意思。在同年的另一封信里，钱又说：“若庚子有数刚毅，则今日新政其行矣。
若戊戌秋冬尽用刚毅办法，尽去行省汉人督抚而易以满人，则庚子新政早行矣。兄试思之，当以弟言为然。去年汉口止杀二三十人，故士气不振。若尽杀容闳、严复、张通典、陶森甲辈，今日士气必大胜。欧洲维新，死者数万人，日本亦不少。中国区区死数十人，焉足言新。”钱恂的态度颇可以代表当时一部分接受较多新知识的中层官僚群体的激进化倾向。
