孙中山与张作霖这次会晤的详情，流传着许多版本。不过，有一点应该是明确而可信的，张作霖并没有与孙中山讨论如何促成国家统一这类大问题，更不打算和孙中山分享权力。或许在他看来，孙中山根本就不配和他讨论这类问题。由于他过去曾经对孙中山多有资助，无论是双方实力对比，还是人情往来，他都觉得自己占据着绝对优势，因此便更显得“熟不拘礼”，甚至有些轻慢。而孙中山对他所说的话，好像也主要是以感谢为主。
孙中山回到张园行馆后，便觉身体不适，发冷发热，肝部隐隐作痛。经德国医生施密特诊断，认为连日旅途劳顿，外感风寒，需要静养。孙中山因此决定在天津休息数日，待病情好转后再择日进京。
段祺瑞到北京主政后，首先公布了《临时政府组织条例》，根据这个条例，临时执政实际上把总统和总理两个要职一肩挑了。11月25日，段祺瑞任命外交、内务、财政、陆军等各部总长。获得任命的外交总长唐绍仪拒绝就任，后来不得不提升次长沈瑞麟顶替。
代表着北洋势力的段棋瑞为抵制国共两党一致主张的国民会议，提出了另一种方案：首先召开全国“善后会议”，然后再召开国民会议。12月25日，段祺瑞让自己的“盟兄弟”许世英主持善后会议筹备事宜，并将《善后会议条例》公诸于世。根据这个条例，参加会议的人员分为四类：大有勋劳于国家者二人（即孙中山和黎元洪）；讨伐贿选及制止内乱之军事领袖（指冯玉祥、张作霖等人）；各省区及蒙、藏、青海军民长官；有特殊学识、资望、经验者，由临时执政聘请或委派，其人数不得超过三十名。会议的议题也分为四项：国民代表会议组织法、军事改革、整理财政、临时执政交议事宜。
从表面上看，段祺瑞似乎同意召集国民会议了。但是，国民会议组织法由把持善后会议的军阀、官僚及其代理人包办拟定，显然是想将广大民众的代表继续排斥在国家决策层之外。更为重要的是，段祺瑞由此掌握了会议的主导权，使率先提出召集国民会议主张的孙中山失去了领导位置。面对段祺瑞先开善后会议，后开国民会议的这套方案，国民党内部分别产生了坚决反对、置之不理和主张参加三种不同的意见，而孙中山则明确表示：“除主持国民会议外，决不参加任何会议。”
由于孙中山只愿“主持”国民会议，所以在《善后会议条例》出台的第二天，国民党方面发出通电表示反对，并在共产党的大力帮助下在全国掀起了推动召开国民会议的热潮，各地还纷纷成立了“国民会议促进会”。
12月27日，段祺瑞致电孙中山，“促驾”入京。30日，段祺瑞不顾各界人民反对，通电宣布次年2月1日召开善后会议。
孙中山自月初发病以来，经德国、日本医生多次诊治，情况始终未见好转。这时他已经在天津耽搁将近一个月了，继续下去大概会贻误治疗良机，医生与随行人员劝孙中山早日进京就医。
1924年12月31日下午4时许，在昼短夜长的北方冬季里，差不多就是日薄西山的黄昏时分了，一列从天津开来的专列在万众瞩目中驶进北京前门火车站。在寒风中伫立已久的欢迎人群立刻沸腾了，乐曲伴着此起彼伏的欢呼猛然高亢起来，一时竟掩盖了凛冽的风声。
孙中山与夫人宋庆龄及汪清卫等随行人员缓步走下列车。北京政府全体阁员、警察总监、警备司令、国民军驻京官兵、各大学校长、各团体约十万人列队相迎。一位当时身在现场的大学生这样回忆道：
尽管那天天气不好，大约有十万人聚集到前门火车站欢迎孙博士。当孙博士走出专车时，国立北京艺术学院的乐队奏起了中国乐曲。成千上万的人为即将看到他的风采和听到他的教诲而纵情欢呼。可是孙博士重病在身，他只是向欢呼的人群点头示意，就乘上小汽车径直驶向北京饭店。
只是“向欢呼的人群点头示意”，显然让热情的群众感到有些失望。当时，大概没有任何人会想到，已经漂泊了一生的孙中山，今天所来到的竟是他生命的终点站。
孙中山到北京之后，寓居北京饭店，经德、美两国医生精心诊治再加上数日静养，体温略趋稳定。不过，北京的政局变化却让他心焦如焚，无法释怀。段祺瑞虽然对他殷勤有礼，看上去推崇备至，可在善后会议问题上依然态度强硬，毫不退让。眼见距离善后会议召开的日期越来越近，孙中山决定改变斗争策略，适当妥协。
1925年1月17日，孙中山致电段祺瑞，提出国民党参加善后会议的两个条件：一是要求增加现代实业团体、商会、教育会、大学、学生联合会、工会、农会的代表；二是此次会议所讨论的军制、财政等诸项议题，其最后决定权应该交给国民会议。孙中山的主张，得到了共产党的理解和支持，并向全国人民发出紧急呼吁，鼓励大家行动起来，要求在善后会议中增加各阶层国民代表，进而推动国民会议早日召开。
1月29日，段祺瑞给孙中山回电，认为可以在善后会议所设的专门委员会里聘请各省议会议长、教育会长、农会会长、商会会长作为专门委员。这在表面上看似乎是个让步，可是事实上善后会议的专门委员只能列席会议，没有表决权。这个答复，让孙中山感到很不满意。
1月30日，根据孙中山的意见，国民党中央执行委员会发表声明，表示国民党已经做出了最大让步，“然犹未得段执政之容纳。兹秉本党总理之意，特布宣言不入以善后会议”。
善后会议原计划2月1日开幕，由于各省代表还没有到齐，推迟到13日才召开第一次会议。在此期间，国民党中央委员会发表《反对善后会议制定国民会议组织法宣言》，号召各“人民团体自行制定国民会议组织法”。从此，孙中山代表的广州革命政府与段祺瑞代表的皖系、张作霖代表的奉系曾经结成的所谓“反直三角同盟”彻底解体。南北分立的局面，仍然未见改观。
在善后会议筹备及举行期间，孙中山的病情起伏变化，时好时坏。1月21日，病势突然加剧，体温升降失常，脉搏加快。23日，医生发现孙中山眼球呈现黄晕，建议实行手术，并由中、美、德三国医生拟定手术方案。26日，孙中山在夫人宋庆龄劝说下，同意入住协和医院接受手术。
整个手术只用了二十分钟就结束了。主刀的协和医院外科主任邵乐尔将孙中山的腹壁切开后，在场的专家们仅凭肉眼便可确定孙中山已经到了肝癌晚期，再无法割除了。
2月初，医疗专家组经过反复考虑，向孙中山如实通报了诊断结果，并提出使用镭锭照射的治疗方案。孙中山“决计与病魔抵抗，继续接受镭治”。经过两个疗程之后，仍然不见效果。2月17日，协和医院再次以实情相告，医生已经竭尽全力，孙中山的疾病实在已经无法医治。第二天，孙中山离开协和医院，移住段祺瑞为他安排好的铁狮子胡同23号行辕（原外交总长顾维钧宅）。
孙中山入住协和医院期间，心里仍然牵挂着时局，让汪精卫、陈友仁在北京设立国民党中央政治委员会，并委派汪精卫、于右任、李大钊、李石曾、吴稚晖、邵元冲、陈友仁为政治委员会委员。2月24日，医生提醒家属，“如问孙中山遗言，可及早行事”。经宋庆龄同意，众人推荐宋子文、孔祥熙、孙科、汪精卫四人进入病房，将事先拟好的“国事遗嘱”和“家事遗嘱”，逐字逐句读给孙中山听，他均表示赞同。
3月11日，医生宣告病危，汪精卫当即召集家属及在京国民党中央政治委员会委员，一同来到孙中山病榻前。这一天，孙中山似乎格外清醒，在宋庆龄的帮助下，他在两份遗嘱上都写上了“孙文三月十一日补签”这几个字，当时在场的政治委员和遗嘱起草人汪精卫也都一一签字作证。随后，孙中山的英文秘书陈友仁送上一份由他和鲍罗廷起草的致苏俄遗书英文稿，由宋子文读给孙中山听。遗书首先表达了对苏联的敬意，愿国民党在民族革命运动中与苏联“合力共作”，同时希望苏联政府“继续前此予我国之援助”，“两国在争世界被压迫民族自由之大战中，携手共进，以取得胜利”。这份体现了孙中山联俄思想的文件，最终也由孙中山签字。
1925年3月12日上午9时30分，孙中山，一生执著于中国革命事业的伟人永远离开了中国，离开了这个世界。他用四十年的革命经历，为中国留下了《革命方略》、《建国方略》、《建国大纲》和《三民主义》。直至临终之前，他还谆谆告诫同志：“希望诸同志努力奋斗，使国民会议早日成立，达到三民、五权之主张！”
作为一代革命领袖，无论是他活着还是故去，都是一笔丰富而多元的遗产。人们总会根据各自的需要，选择某一部分加以弘扬。关于他的临终遗言，除了我们在上面看到的那个主流版本外，也有不同的说法：
人们认为他临终还有许多遗言。鲍罗廷向莫斯科报告，孙中山重申：“只要俄国人继续帮助……”；其他人则宣称，孙中山弥留之际连续叫蒋介石的名字；还有人说，他要恢复青年时代的信仰，并指示一位左派追随者“不要打扰基督徒”；也有人记得他反复说，“和平，奋斗，救中国”。
无论怎样，孙中山都不容置疑地改写了中国历史，并且为它的未来拟定了前进的方向，那就是一条又一条的“中山路”！
孙中山的一生是成功的，也是壮志未酬的。他在经历了一系列挫折与磨难之后，终于推翻满清专制王朝，创立中华民国，实践了“孙文学说”。用他自己的话说，这是“有志竟成”。可是，他希望“实行国际共同开发中国之丰富资源，发展中国之实业”的“实业计划”，也就是《建国方略》的第二步，却作为一个未能实现的愿望留给了后人。历史没有给他足够的时间，也没有给他实现这个一连串雄伟“计划”的机会和条件。尽管如此，他仍然以其超前性的行为与思想，描绘了中国全面走向现代化的最初蓝图。
闻一多先生在他那首激情澎湃的长诗《南海之神——中山先生颂》里这样写道：
百尺的朱门关闭了五千年，黑色的苔藓侵蚀了雕梁画栋，野蜂在兽环的口里作了巢，屋脊上的飞鱼、鸱吻、铜雀、宝瓶……
狼藉在臭秽的壕沟里。
宇宙乘除了五千个春秋，积尘瘗没了浮沤钉，百尺的朱门依然没有人来开启。
风雨如晦鸡呜不已的时候，忽然来了一个愁容满面的巨人，掌着一只熊熊的火把，走上门前拍一拍门环，叫一声：
“开门呀！”
……他的前面是一个半球，他的后面又是一个半球，他是中华文化的枢纽，他转斡了四万万生灵的命运。
2008年，当我徜徉在北京街头，那条铁狮子胡同，已经改名叫做张自忠路。在这条绿树成荫的旧式街道上，除了23号这个门牌之外，再也找不到孙中山行辕的任何痕迹。那两扇紧闭的朱漆大门前，两尊灰白色的石狮子静默而立，仿佛在守护着不愿被人惊扰的历史。
这条街道的另一头，就是当年的段祺瑞执政府。我站在孙中山行辕门口，向不远处的段祺瑞执政府旧址放眼望去，心里忍不住在想，在1925年的那些日子里，距离如此接近的两个人，却又是那样水火不容。他们都想主导中国的未来走向，却又是那样南辕北辙。
就在孙中山逝世一周年之后，就在这条街上，段祺瑞执政府卫队制造了震惊中外的“三·一八”惨案。他们竟然向和平请愿的学生开枪，制造了死亡四十七人，伤二百多人的惊天惨剧。
“三·一八”惨案发生后，中国的知识分子再一次表现出他们应有的社会良知，周作人、林语堂、朱自清、蒋梦麟、王世杰、闻一多、梁启超、许士谦、高一涵、杨振声、凌叔华等纷纷谴责段祺瑞执政府。《语丝》、《国民新报》、《世界日报》、《清华周刊》、《晨报》、《现代评论》等报刊也加人声讨暴行的行列。邵飘萍主持的《京报》，大篇幅地连续发表消息和评论，广泛而深入地揭露惨案真相。由刘半农作词，赵元任谱曲的哀歌响遍京城。鲁迅满怀悲愤地称这一天为“民国以来最黑暗的一天”，他那篇著名的悼文《纪念刘和珍君》，更是作为控诉专制暴政的经典文字，影响了一代又一代中国青年。
