二十五年（1686）五月上旬，萨布素率所部两千人从瑷珲出发，月底逼近雅克萨城。罗刹侵略军负隅顽抗，清军于六月初从南北两个方向发起猛攻。经过多次激战，清军毙敌百余人，其中包括督军托尔布津，迫使罗刹侵略军撤回城内固守。因为重新修筑的城墙比较坚固，一时难以攻克，萨布素便于城周围筑垒挖壕，长期围困。清军长期围困的策略取得显著成效，到年底，八百多罗刹侵略军大部分死亡，仅剩一百五十余人，因为粮食、弹药严重缺乏，危城指日可下。
沙皇对康熙帝的多次和平倡议都漠然置之，当他得知己方部队在雅克萨失利，而且援救不成，才大吃一惊，转而接受停战谈判。
康熙皇帝向来不愿意用战争解决问题，而是尽可能通过谈判等非战争手段平息争端，而当战争不可避免时，他就毅然迎战，决不畏缩和屈服，不达目的不罢休。
康熙帝主动撤军，本意是促成两国早日实现和谈，哪知道对方使团竟因清军解除了对雅克萨罗刹侵略军的包围，反而对和谈采取了消极拖延的态度。
当时的使者费多尔？阿列克谢耶维奇？戈洛文率庞大使团及2000余人的军队，于康熙二十五年（1686）正月从莫斯科出发，次年春天，得到清政府主动停战撤军的消息后，便不再急于到北京谈判，于八月到达贝加尔湖东岸的乌的柏兴（今苏联乌兰乌德）之后，就在贝加尔湖以东地区停留了将近两年之久，主要忙于镇压蒙古各族人民的抗击罗刹斗争，而不与清政府联系和谈事宜。
康熙帝从喀尔喀蒙古土谢图汗的奏报中得知，罗刹使已到外蒙地区，便一再派人敦促。康熙二十七年（1688）二月二十三日，戈洛文派遣的斯捷潘？科罗文到京，安排谈判事宜。
俄国使团为了显示武力，以加强在谈判中的地位，建议谈判地点放在色棱额地方。康熙帝表示同意，并且仅用数日就组成了清政府谈判使团。五月二日，清政府谈判使团出发，行前康熙帝向首席谈判代表索额图等发布谕旨，回顾两国冲突，系罗刹侵我边境、收纳我逃人所致，因此责任在对方。
皇帝谕毕，索额图率领使团起程，行到喀尔喀蒙古地区，正值噶尔丹进攻喀尔喀土谢图汗，路途受阻。康熙帝闻报立即遣人召回使团，另与其使者商定会谈地点。
康熙二十八年（1689）四月五日，信使洛吉诺夫到达北京，索额图与之谈判，双方商定了新的会谈地点，尼布楚。
清政府立即组成新的谈判使团。同年四月二十六日，使团出发。康熙帝根据噶尔丹攻占喀尔喀的新形势，预见到与噶尔丹的战争将在所难免，为了避免将来两面作战的不利局面，决定对罗刹国作出重大让步，争取早日达成协议。因此，他向索额图等宣布了新的谈判方针。
谈判地点就在尼布楚城与河岸之间，临时搭设帐篷为会场。双方商定，两国使臣“应在每一件事上平等”，“任何一方不凌驾于双方之上”。 双方各带三百名卫士赴会，士兵“除佩刀剑外，不带任何武器”。还商定在会场外各置五百人的卫队。
第一次谈判开始，罗刹国方代表戈洛文采取恶人先告状的办法抢先发言，颠倒黑白地说康熙“未经宣布，突然派兵侵犯沙皇陛下国界 ”，首先挑起战争。沙皇为此派出“无数精兵，携带大批弹药”，前来“讨平敌人 ”，中国应赔偿其“损失”。并强迫中国政府接受“两国以黑龙江至海为界”的条件，企图割据黑龙江以北的中国广大领土。
中国代表索额图针锋相对地严正指出“鄂嫩河、尼布楚系我国所属茂明安诸部落旧址，雅克萨系我国人阿尔巴西等故居，后为所窃据”。由于罗刹国人入侵中国雅克萨等地，给当地居民造成严重危害，因此中国才被迫进行自卫反击战争。
索额图根据事实揭露了当时沙俄侵略中国的过程，“细述其原委”，力“斥其侵犯之非”，并宣称：康熙“并未谕令他们向沙皇陛下方面割让一寸领土，同时没有令他们去侵占对方领土”。戈洛文理屈辞穷，竟蛮不讲理地说：“没有时间来讨论历史事实。”
结果，第一次谈判没有取得任何结果。
第二天，双方代表举行第二次会议。戈洛文仍顽固坚持罗刹国的侵略方针，胡说什么黑龙江这条河流“久已属沙皇所有”。
索额图对罗刹国的方案表示坚决拒绝。戈洛文见第一个方案难以实现，又假装让步，抛出以牛满河为界的第二个方案，企图使中国作出更大的让步。索额图根据康熙帝早日缔约划界的指示，一方面拒绝戈洛文提出的第二个方案，同时声明可以把原属于中国的尼布楚让给罗刹，即在石勒喀河北岸，两国以尼布楚为界，石勒喀河南岸以音果达河为界。
清政府的重大领土让步，仍不能满足当时沙俄的侵略胃口。由于戈洛文的蛮横无理和恶劣的态度，使谈判陷入僵局。
更为卑鄙的是，在谈判过程中，戈洛文通过贿赂手段，收买随中国代表任译员的耶稣会传教士徐日升（葡萄牙人）、张诚（法国人）等。戈洛文派人秘密同徐日升和张诚联系，“允诺给予大君主的恩典和赏赐”，“耶稣会教士欣然同意为了贿赂而为罗刹效劳 ”，表示“将在传递信件时报告必要的消息”。
甚至，在谈判基本达成协议后，戈洛文秘密向传教士贿赂貂皮、黑狐皮和银鼠皮等，要求他们在交换文本中写上中国不得在雅克萨建筑任何房舍，而“不必通知（中国）使团，因为谁也不会知道他们在条约文本中用拉丁文写些什么。”
双方代表经过长时间的往返交涉，中国代表坚决拒绝罗刹代表的无理要求。同时，生活在尼布楚一带的各族人民，继续掀起英勇的抗俄斗争，使罗刹侵占的这一带地方“到处都出现动摇”，这使戈洛文手忙脚乱，惊恐万分，这也有效地促进了中俄双方谈判的进程。
到了康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日），中俄举行仪式，签订了《中俄尼布楚条约》。《尼布楚条约》是中俄两国之间签订的第一个条约，共六项条款，包括了中俄东段边界的划分、越界人员的处理、中俄贸易等内容。其中明确规定，以格尔必齐河、外兴安岭、额尔古纳河为两国分界线。俄国撤出雅克萨及所有它在中国境内的军队和据点。外兴安岭与乌第河之间的地区，暂行存放，待议定。
《尼布楚条约》的缔结，使俄国取得了尼布楚周围及其以西原属于中国的领土，巩固了其在这一地区的殖民统治，并打开了与中国通商的门户，在以后的对华贸易中获取了重大利益。清政府在领土方面作了很大的让步，但收复了雅克萨等长期被俄霸占的领土，并以法律形式明确了中俄东部国界。
条约签订之后，康熙帝进一步建立和健全了管理机构，充实防卫力量，加强边界与边境管理，对《尼布楚条约》规定的边界线和黑龙江下游、乌苏里江以东广大边境地区进行了认真管理。
根据条约规定，康熙帝令在额尔古纳河和格尔必齐河诸地建立了两国边界界碑，碑上用汉、俄、拉丁诸文镌刻了尼布楚条约的条款，作为标记，并定期派人巡视界碑情况。在黑龙江流域，额尔古纳河东岸及吉林的一些地方设立了许多哨所，负责巡逻，防止俄国人越境窜扰。此外，还实行了定期巡边制度。康熙帝在抗俄、保卫与巩固东北边疆事业上的贡献，不仅博得当代人的称颂，而且流芳久远，受到后世的好评。
曾经日本人西本白川就以旁观者的立场论及《尼布楚条约》，认为它是康熙独立自主外交政策的胜利，而且这种政策一直延续到170余年后的《瑷珲条约》签订前。
因此，康熙保卫和巩固东北边疆，堪称是一项伟大的事业。同时，《尼布楚条约》是中国与外国签订的第一个平等条约。经国内外学者研究证明，该条约完全符合世界公认的国际法准则。
【康熙晚年废嗣的原因】
康熙十四年（1675年）十二月十三日，下令册立刚满周岁的皇二子、嫡长子胤礽为皇太子。这意味着胤礽长大以后，将肩负着大清朝兴旺的使命。但是，康熙晚年，就在胤礽即将实现父皇所托的时候，康熙竟然下令废掉这位皇太子。然而不久，又复立胤礽为太子，旋即又废。这二立二废，就如天上行云，变化莫测。这到底是什么原因导致的呢？
其实，胤礽是一位十分聪明的皇太子，自幼学习四书五经，骑射、言词、文学都很出色。康熙对皇太子的表现相当满意，但与此同时，由立太子而产生的皇储矛盾，也一天天尖锐起来。
问题初始于太子不孝。康熙二十年（1690）七月，乌兰布通之战前夕，康熙在出塞途中生病，想要返回京城，便令皇太子与皇三子到驿站前迎驾。胤礽到行宫看见康熙身体不适，容颜消减，竟然没有半点担忧之心。这使得康熙大为不满，他认为这位太子对自己没有忠爱之情，于是就让太子先回京师。后来康熙废太子时说对他已经包容了二十年，就是将这件事作为起点来说的。
后来，康熙又发现皇太子暴戾不仁，对诸王、贝勒、大臣、官员以至兵丁，任意凌辱，恣行捶挞，对检举他行为不端的人更是横加迫害。这些不孝不仁的行为，都是康熙一向深恶痛绝的。于是，康熙对太子逐渐产生不满。索额图系太子生母诚孝仁皇后的叔父、太子的外叔祖父，是竭力拥护太子的一股强劲势力。他帮助台资集结了一批大臣，私怀倡议，凡是皇太子使用的衣服饰物，都采用黄色；一切礼仪，都与皇帝相似；连太子的被褥也与皇帝一样放在门槛里面。后来康熙知道了，便命尚书沙穆哈将被褥移到门外，可沙穆哈惧怕皇太子党派，请求康熙颁旨，被康熙怒斥后革职。不久，康熙又发现内务府所属膳房人、茶房人在皇太子处出入，这是宫中所禁止的，便下令将这些人处死。索额图也因为多次违背皇帝的旨意屡遭申饬，这意味着皇太子已经失宠。
康熙四十一年十月，御驾南巡，行至德州时，太子胤礽病重。康熙决定先行回京，留太子在德州调养，并召来索额图前往侍奉。胤礽在德州与索额图朝夕相处，亲密无间，散布了许多怨尤之言。第二年，康熙便以“议论国事，结党妄行”为由，将索额图交由宗人府拘禁，不久死在幽所。在处理了索额图之后，问题不但没有解决，皇帝与太子之间的隔阂却日渐加深。康熙甚至怀疑太子要替索额图报仇而谋害于他，于是，废太子之事已经势在必行。
康熙四十七年五月十一日，康熙一行人来到承德避暑山庄围猎避暑。随行的有皇太子和皇十八子等。围猎期间，白天炎热，夜间气温又较低，皇十八子胤衸突然患病。胤衸的生母是康熙宠爱的汉族妇女王氏，即有名的密妃。爱屋及乌，康熙对其所生的幼子，也较其他诸子倍加喜爱。胤衸的病情一天天严重，导致并发肺炎。康熙为此十分担忧，随从官员恐皇上年事已高而病倒，劝康熙不要太着急。只有皇太子无动于衷，康熙因此大为生气，责备皇太子不念兄弟之情，但太子反而愤然发怒。这件事使康熙看到了太子的冷漠无情，他既伤心、又担心。做太子时尚且如此，他日登上皇位、一手遮天，诸皇子又该如何？
除此之外，康熙还发现太子每到夜晚便贴近他的帐篷，从缝隙里窥视。他怀疑太子将有异动，因而将计划提前，决心立即废掉太子。在外巡视期间，一心争夺储位的皇长子胤缇跟在康熙身边，说尽太子坏话，极力撺掇康熙废掉太子，某种程度对废太子一事起了推波助澜的作用。
九月十六日，康熙回到北京，下令在上驷院旁设毡帏囚禁胤礽，并命四皇子胤禛与皇长子胤缇共同看守。当天，召见诸王、贝勒等副统以上大臣、九卿等在午门内集会，宣谕拘执太子胤礽之事。二十四日，正式下令废太子，并将其幽禁在咸安宫，与此同时，心爱的皇十八子病逝。这两件事，使康熙悲愤交加，心力交瘁。他多么希望诸皇子能够和睦相处，不再有伤心事发生。但是，事与愿违，皇宫里的政治斗争正是由于皇太子被废，而正式拉开序幕。
康熙在封建帝王中，是比较开明的人物。他在统一国家、捍卫主权、发展生产、提倡文化等方面都作出了重要贡献。但是，他毕竟不能超越历史、阶级的局限，也不能摆脱民族偏见。他一面重视科学，一面又以更大的精力去提倡束缚人们思想的宋明理学，作为自己统治的思想支柱；他提倡文化，又用文字狱打击士大夫。所以，康熙一朝在经济、文化、科学等方面虽然有可观的成绩，却依然不能越出封建的雷池，致使中国不能进入一个新的时代。
