经学，是研究和注解儒家经典的学术。自武帝采纳董仲舒的“罢黜百家，表章六经”的建议以来，太学的兴建、郡国学官的设立，使得儒学之士成为国家着力培养的政治官僚人才，也使得儒学逐渐在学校教育中取代先秦诸子之学和汉初黄老之学，取得独尊的官学地位，成为正统的文化学术形式和帝制时代的正统思想。在西汉甘露三年（前51）“石渠阁”会议上，宣帝曾同诸儒讨论五经异同，亲自称制临决，更表现出统治者对儒学的重视。
随着西汉王朝的衰落，谶纬神学大肆泛滥，并取代今文经学在政治思想领域中的支配地位。与之同时，经学中的今、古文之争，也更为激烈地进行。东汉以来，古文经学、今文经学和谶纬神学三足鼎立，并存纷争。章帝建初四年（79），召开“白虎观会议”，就是寻求“统一经义”的又一次尝试。虽然未能如愿，但经学统一、融合的趋势不可遏抑。“熹平石经”的刊刻和郑玄遍注群经，兼采今、古经文之说，之后二者趋于统一。
今古文经学之争
西汉京师太学主要教授五经（《易》、《诗》、《书》、《礼》、《春秋》），郡国所立学校，也设置经师，甚至乡聚也置有经师。为了讲授方便，经书都用当时通行的文字—隶书统一书写，所以叫“今文经”。后来西汉又有一批亡佚的儒家经典出现，与今文经有很多不同。因为这些经书是用战国时期的篆文书写，故称为“古文经”。“古文经”虽然发现很久，但并没有设立学官，只是在民间私人传授。今、古文经学的区别，并非仅仅是书写文字和读法的不同，随着经师传授的源流不同，家法与师法逐渐显现，而对文字的训诂和内容解释也就有很大的差异，表现的政治观念和历史观念也就有所不同。一般而言，今文经学喜讲义理，阐明“微言大义”，视孔子为托古改制的“素王”，是政治家、哲学家、教育家；古文经学侧重训诂，考证典章制度，尊孔子为“先师”，是古代文化的保存者。经学今、古文之争，有义理和训诂的学术分歧，也有狭隘的门户之见，但核心则是经学正统之争和如何统一经学思想。究其实质而言，是争立学官的权利、利禄之争。西汉末年，古文经学派兴起，向今文经学的官方垄断地位公开挑战。王莽当政后，古文经学被立为博士，成为官学；而古文经书《周礼》更成为王莽托古改制的工具。但随着王莽新朝的败亡，古文经学的官学地位也被废除。但是，古文经学在士人中间广泛传播开来。至东汉初年，古文经学、今文经学和谶纬神学形成鼎足而立的状态。
谶纬之学
“新儒学”中所宣扬的“天人感应”的神学思想，使得儒学自身讲究阴阳灾异和符瑞之说的迷信色彩更浓重，也使得今文经学的《易》和《春秋》等儒家经典成为附会灾异迷信的渊薮，谶纬的泛滥和儒学的神学化，成为东汉前期经学的显著特点。“谶”是以神秘预言对人间吉凶祸福的启示，或附有图，故又称图谶；“纬”是假托孔子之言，以经学作神学的解释与比附。谶纬内容相当复杂，或解经，或述史，或说天文、地理、历数等，更多的是将经学与神学迷信融合于一体，使之更加神秘化，但其中也或多或少蕴含有一些科学意义。汉代儒生为了迎合上意，追求利禄，大都兼习谶纬。
光武帝刘秀格外崇信谶纬，甚至正式“宣布图谶于天下”，确定图谶的法定经典地位。谶纬的地位，从某种意义而言，甚至超过了经书。“白虎观会议”对董仲舒以来儒学神秘主义哲学的总结，使得阴阳五行思想和谶纬之学的系统内容与今文经学融合为一体。
王充与《论衡》
当谶纬神学泛滥之时，也有少数学者对之进行批判，反对神学迷信，反对虚妄邪说。其中最著名的学者，莫过于王充。王充（27～约97），字仲任，会稽上虞（今浙江上虞）人。他自幼聪颖好学，后到太学学习，师从著名学者班彪。据说他经常到书肆中阅读所卖之书，得以博通百家之言。他曾做过几任小官，后来离职还家，闭门潜思，著书立说，写作《论衡》一书。王充以批判的眼光对汉代及此前的学说、观点加以衡量，评论是非，铨定轻重，批判谶纬神学。他自称其思想违背儒家学说，符合黄老之义。他对自然作了唯物论的解释：他吸收道家“自然无为”的思想，在继承前人“元气”的基础上提出了元气自然论。他认为天与地都是客观存在的物质实体，元气是构成天地实体和自然界万物的最初物质元素。他指斥新儒学家“天人感应”学说是虚妄的，因为天道自然无为，如果谴责人，则是有为，显然是非自然的了。他认为精神依存于形体，鬼神迷信是愚妄的欺骗。他在书中，甚至对儒家经典也敢于大胆提出质疑。他反对迷信圣人，反对崇拜偶像，在当时被斥为“妖变”。他的思想在当时没有什么影响，《论衡》到了东汉中后期才渐渐地流传开来。
郑玄遍注群经
郑玄（127～200），字康成，北海高密（今山东高密）人。经学家们称之为“后郑”，以与“先郑”—即东汉前期经学大师郑众相区别。郑玄刻苦向学，曾到太学学习。他师从今文经学家，学习《公羊春秋》等；又跟从古文经学家学习古文《周官》、《礼记》等。后来他又拜古文经学大师马融为师，勤奋治学不已。游学十余年后，他返归故里讲学，学徒达数百人。党锢祸起，郑玄也被禁锢。兼通今、古文经的郑玄，对当时传经中的门户之见、相互排斥的风气大为不满，因而想要打破壁垒，各取所长，融会贯通，自成一家之言。他闭门不出，遍注群经。郑玄注经，多博采众长，如笺证《诗经》时，以《毛诗》为主，兼采其他三家；注《尚书》用古文经，但又不同于马融；注《仪礼》时则并存今、古文经。他以比较方法注释儒家经典中所记述的典章制度，少有“微言大义”。而且，他从整体上把握经书源流，整理篇帙，辨析学术，确定编排。郑玄注经，集汉代经学之大成，促进了今、古文经学的融合与统一，影响深远，以至被后世称为“郑学”。他的著作号称“百万余言”，在整理古代历史文献上贡献很大。
黄巾起义之后，东汉王朝已经日薄西山，气息奄奄；诸侯割据混战不止，烽火相连。社会的动荡与不安，使得儒学的社会功能大大减弱；而佛教的传入及传播，道教的创立及兴盛，也对儒学形成前所未有的挑战，经学的衰落成为历史大势所趋。儒学的统治地位日渐瓦解和士大夫个人自觉意识的进一步发展，直接推动了魏晋“玄学”的兴起。
