包拯连续弹劾掉两任三司使，使仁宗皇帝颇为恼火。而仁宗皇帝也实在找不到合适的人选继任三司使，而由于包拯长期担任过州郡知州和转运使，还曾任过户部副使，有经验有能力。于是，仁宗皇帝便任命包拯继任三司使的职务，包拯也没有推辞，就准备上任了。
这也使得包拯遭到朝廷大臣们的非议。当时的士大夫们都极其讲究避嫌。所谓“君子防未然，不处嫌疑间，瓜田不纳履，李下不整冠”，避嫌是当时士大夫的信条之一。
于是，就在包拯的任命刚刚下达的时候，翰林学士欧阳修便立即上疏《论包拯除三司使上书》向仁宗皇帝弹劾包拯。欧阳修在奏疏中说：“包拯弹劾掉前两任三司使，自己取而代之，是很不妥当的。就像有人牵着牛糟蹋了你家地里的庄稼，这固然是不应该的，可如果你趁机就把别人的牛牵到自己家去，这就更不妥了。包拯这样做了，就算他很自信，这不是自己的意愿，可是别人又怎么会相信呢？所以，包拯应该避嫌。”欧阳修在肯定了包拯性情刚直、为人正道的同时，也批评了包拯赴任三司使的考虑不周之处。他还指出：“北宋言官们敢于谏言、批评，正是因为仁宗皇帝‘至圣至明’，能够看出言官们谏言不是为了一己私利而是为了国家，而包拯也应该作为表率，不能让别人误会。”
虽然有的人认为，这是欧阳修太过注重形式，过于严厉了。但遭到弹劾的包拯没有对此做任何争辩，而是坦然接受了欧阳修的批评，回到家中静候仁宗皇帝的处置。可是，此时的仁宗皇帝正在为三司使一职究竟由谁继任而焦头烂额，因而并没有采纳欧阳修的意见。还是选择让包拯出任三司使之职。
嘉祐四年三月（1059年4月），作为一种妥协，仁宗皇帝将包拯由御史中丞提升为枢密直学士、权（暂任）三司使，包拯开始掌管全国的财政大权。
包拯任三司使后做出了许多政绩，他通过各种方法“开源节流”，增加国库收入，同时减免不必要的支出，减轻百姓的负担。
淮南转运使张可久利用职权，贩卖私盐达一万多斤。案情揭发后，张可久被送到大理寺审理。按照当时的法律，贩卖私盐的罪行轻重，是依照查获私盐的数量多少来定刑的。而张可久作为转运使，熟知律法，他每次贩卖私盐，虽然数量虽多，但是都立马转手，所以被查获的私盐数量并不多。大理寺在判刑时，也无计可施。包拯就主张，张可久身为转运使，竟然目无法纪，公然贩卖私盐，如果按照所查私盐的多少判刑，肯定获刑不重。所以，包拯要求大理寺对张可久严厉处罚，将他流放到荒蛮之地去。
当时开封西面的唐、邓两州，连年干旱，人烟稀少。就有官员提议将两州改为县制。时任唐州知府的赵尚宽则认为，只要大力开垦，这里的潜力还是很大的。包拯对此十分认同。于是，赵尚宽大力开挖渠道，并吸引流民，答应为其分配耕地，购买耕牛。三年后，曾经的荒芜之地就变成了良田千亩。赵尚宽也因此得以留任知州，为民谋福。
还有一次，河北都转运使李参下令裁减军中年老体弱者一万余人。被裁员的士兵都十分愤恨。被裁掉的骁骑士兵张玉就怀疑是三司使包拯为了节省国家财政开支，支持李参裁减士兵。愤恨之下，张玉直接闯到了三司衙门，当众破口大骂。张玉便被擒送到了殿前司。皇城司查明事实真相后上报朝廷，宋仁宗下令开封府审理此案。言官们都上疏指责张玉目中无人，当众辱骂大臣，不得不杀。开封府依律判处了张玉死刑。
包拯在三司使任上，整顿税收、裁减冗员、选贤任能、发展生产，为北宋的发展做了很大的贡献。仁宗皇帝就曾赞扬他“使官员都谨守自己的职位，百姓都能够安居乐业，没有加重百姓的负担，而国库收入却得以大大增加”。
嘉祐六年四月八日（1061年5月8日），仁宗皇帝将包拯升任为正三司使，去掉了之前的“权”字。
而欧阳修却因为其耿直上疏，被贬滁州。欧阳修在此依然保持着其“完美主义”的性格，逍遥其间，在醉翁亭写下了流传千古的《醉翁亭记》。
