欲壑难填的希特勒在攫取到捷克斯洛伐克以后，继续向波兰燃起战火。人们本能地预感到，丹麦和北欧的其他国家也在劫难逃。此时的墨索里尼也粉墨登场，出兵占领了阿尔巴尼亚。
眼见欧洲一步步陷入灾难的深渊，玻尔忧心如焚。他焦急地在房间里踱着步子，不停地思索着一个问题：“我该为灾难的欧洲做点什么？”此时，他已来普林斯顿大学讲学3个月了，恰逢风云突变。
桌上摆满了美国各名牌大学的邀请信，信中邀请玻尔长期留居美国，甚至要他把家也搬到美国来，不要再回到危险的丹麦去了。玻尔不为所动，他一一地回绝了这些盛情邀请。
玻尔认为，要他离开祖国，离开他的研究所，置同胞的灾难于不顾，在异国他乡享受所谓的幸福和安宁，这无异于斩断他的血脉！
“我必须回到丹麦去”，玻尔对美国朋友说：“我不仅要回去维持研究所的所有工作，还要在丹麦为逃离纳粹占领区的科学家敞开大门。我们的研究所现在对这些人来说，是有限的几条出路之一。”
为了他的祖国，为了人类科学事业的兴旺发达，玻尔不顾个人安危，毅然回到了他热恋的故土。
1939年夏天的哥本哈根，天气比较炎热，而人们焦虑的心情比炎热的夏季还要强烈。玻尔每天都要收听电台的新闻节目，密切注视着战争形势的发展。
这时，他的研究所也成了接待逃难科学家的营地。玻尔为了使这些蒙受种种苦难的科学家快慰一些，他想尽了各种办法。政府奖励他的荣誉楼此时也成了招待所，玛格丽特不停地招呼着客人。
为了给科学家们寻找到安全之地，玻尔还特意去了一趟中立国瑞典，为他们找到了一些合适的职位。
玻尔对科学家们的前途、事业乃至安全一直是关心有加的。他没有任何种族偏见，只要是人才，他就会不惜一切地帮助和保护，让其为人类的科学事业发挥出全部的光和热。
早在1933年，希特勒制造了臭名昭著的“国会纵火案”时，玻尔就意识到了问题的严重性，希特勒大搞种族歧视政策，迫害犹太人，对内实行恐怖统治，使德国许多优秀的科学家身陷困境。
对此，玻尔知道该采取怎样的行动帮助他们。他要求去德国访问，表面上是参观大学，实际上是检查科学家们的安全状况，调查有多少人可能在种族法下失掉工作，以便将他们转移到安全的地方。
为了迎接从各地逃往丹麦的科学家，1933年，玻尔还和他的弟弟——著名数学家海拉德及其他几个人组成了“丹麦支援外逃知识分子委员会”，向世界各地的朋友和同行发出求职信，为逃离纳粹恐怖的科学家们寻找工作。
像弗利什、海乌希、弗兰克和波拉柴科等人都曾在玻尔的保护下得以安全地转移。
德国占领丹麦后，玻尔一直同法西斯分子进行着顽强的斗争，留下许多感人肺腑的故事。后来，他获悉德国已签署了逮捕他和他的弟弟的命令后，便在朋友们的帮助下，来到了斯德哥尔摩。
此番到达斯德哥尔摩，玻尔肩负着丹麦地下组织的特殊使命——要求瑞典政府接收丹麦的犹太难民。因为丹麦有7000犹太人也正面临着被杀戮的危险。
玻尔一到瑞典，不顾随时有被特务暗杀的危险，急切地奔走于瑞典的军界和政界，敦促瑞典政府采取一切可能的步骤，阻止纳粹对丹麦人进行有预谋的迫害。
在玻尔的努力下，瑞典驻德国的大使作出了应有的反应，但纳粹德国不予理会。
大批犹太人被纳粹抓走，他们被驱赶到了哥本哈根的轮船上，准备送往德国集中营。
玻尔一面积极建议瑞典政府要求德国把船只开到瑞典来，由瑞典政府负责在战争期间拘留这些犹太人，一面通过各种渠道拜见了瑞典国王。
他向国王痛诉祖国的不幸，热情赞扬瑞典的人道，希望国王为丹麦几千同胞的生命尽最大的努力——以个人名义向希特勒提出呼吁，表示瑞典愿意接收丹麦的犹太难民。
面对这位伟大的科学家的至诚至爱，瑞典国王被深深地打动了。当天夜里，就播出一条声明，建议纳粹将囚船改道驶往瑞典。
然而，纳粹德国依然和往常一样，傲慢地拒绝了这一建议。不过，瑞典政府却积极行动起来，帮助丹麦的地下组织用小船营救难民。
最后，有6000人被安全运往瑞典，只有43人死于纳粹的集中营中。
尼尔斯·玻尔冒着生命危险拯救了几千同胞。在丹麦人的心中，他不只是一位睿智盖世的科学家，而且还是一位有勇有谋的英雄豪杰。
