他永远忘不了那紧张的、近似于逼宫的一幕。康熙十二年十一月二十一日，吴三桂举起叛旗。兵部郎中党务礼、户部员外郎萨穆哈疾驰十一昼夜到京，下马喘急，抱柱不能言，久之始苏，述告吴三桂谋反。与此同时，各地报警告急疏报如雪片般向京师急递而来，举朝震恐，人心惶惶。在嘈杂的廷议声中，一直沉默不语的大学士索额图突然上前高声奏道：“前议三藩当迁者，皆宜正以国法！”
弥漫杀气的停顿，多数大臣开始表态支援索额图，少数大臣紧张地观察康熙的脸色。这与汉景帝诛晁错以谢藩邦的情景竟如此相似。又一次停顿，康熙一字一字，掷地有声：“朕自少时即以三藩势焰日炽，不可不撤。岂因吴三桂反叛，遂诿过于人耶？此出朕意，他人何罪！”他当即公布吴三桂罪状，削吴三桂官爵，囚吴三桂之子吴应雄及其家属，发大军进剿。初期，清军战场不利，云、贵、川、湘、鄂、闽六省尽失，中原动摇。数月之间吴三桂已占半壁江山。康熙十三年四月，吴三桂自以为有恃无恐，放还前扣朝廷使臣，使之传递“词语乖戾、妄行乞请”的奏章。康熙为了“寒老贼之胆”，“绝奸之望”，“激励三军之心”，一不做二不休，于四月十三日下令将吴三桂之子吴应雄及孙吴世霖正法，谕曰：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章俱在，众论佥同，朕亦不得而曲贷之也。”
消息传到吴军，吴三桂正在吃饭，大惊失色，推案而起，曰：“上少年乃能是耶？事决矣！”
康熙十四年，吴三桂又嘱托西藏达赖喇嘛为之游说，奏曰：“三桂若穷蹙乞降，可宥其死；倘竟鸱张，不若裂土罢兵。”企图迫使康熙承认既成事实，与之划江为国。不料康熙义无反顾，断然拒绝，凛然道：“吴三桂乃明时微弁，复死流贼，摇尾乞怜，世祖章皇帝优擢封王，其子尚公主，朕又亲加亲王，所受恩典不但越绝朝臣，盖自古罕有。吴三桂负此殊恩，构衅残民，天人共愤。朕乃天下人民之主，岂容裂土罢兵？但其果悔罪来归，亦当待以不死！”
康熙后来提起此段往事，还不无自豪地说：“三藩叛逆吴三桂，轻朕谓乳臭未脱，及闻驿报神速，机谋远虑，乃仰天叹曰：‘休矣，未可与争也！’”
龙的自豪。然而，自豪的背后，是“没有料到”。康熙没有料到，至尊至圣的真龙天子、以龙文化代表立言行事的自己，在反叛的军民、心虚的臣子眼里，竟然仍是满族——凤文化的化身。错位，认识与实际的错位，正义与邪恶的错位，龙与凤的错位。当每日军报三四百疏，手批口谕，发踪指示，劳心焦思的战争之时，康熙常常深夜难寐，他留下了这样的诗句：“午夜迢迢刻漏长，每思战士几回肠。”“夜半无穷意，心为念万方。”他可能一百次地思索过，反省过。在寂静清冷的深夜中，一些原未引起他注意的画面，是否变得清晰了呢？不，那个亲手追俘南明永历帝、又心虚胆战在永历帝面前腿软下跪、最后狠毒地用弓弦勒杀永历帝的小丑吴三桂，不也曾有过悲壮的一幕？
顺治元年（1644年）四月二十二日，山海关。故明守将吴三桂大开城门，率军列队出城迎接清军入关。
大风刮得天日昏黄，吴军铁心铁面在风中肃立。军前城上换了白旗，人人项背斜束白布，新剃的头皮泛着青光……一纸泣血求助、借兵助剿、激昂悲愤的书信，激动了多少汉族士大夫的心！他们将此场面视为申包胥忍辱负重、求秦复楚之举，与君父之仇、亡国之恨以及耻辱、希望、感佩一起，深深印入了他们的脑海。
三十年以后，昆明。吴三桂再次誓师，旗帜皆白，然这次全军上下俱换了汉族衣冠。又是一纸悲愤激昂的檄文。文中称，“本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声。不得已，歃血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关……不意狡虏逆天背誓，乘我内虚，雄踞燕京，窃我先朝神器，变我中国冠裳，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误。本镇刺心呕血，追悔靡及”，故“避居穷址，养晦待时，选将练兵，密图兴复”。现已到了反清伐暴、顺天应人之日！
两次的场景气氛如此相似。如果第一次是悲剧的话，那么吴三桂三十年前屠同胞、杀故主、割据一隅、为非作歹的所作所为，已为这第二次涂上了浓厚的笑剧色彩。吴三桂谋士方光琛亦云：“出关乞师，力不足也，此可解。至明永历已窜蛮夷中，必擒而杀之，此不可解矣。”清军安远靖寇大将军尚善更云：“你借口兴复明室，从前大兵入关之际，怎没听说你请立明裔呢？且天下大定，你犹为我大清计除明后，剪灭明宗，难道是在为故主效忠吗？……为人臣仆，迭事两朝，而未尝忠于一主，可谓忠乎？不忠、不孝、不义、不慈之罪，你都占全了！还想逞志角力，收复人心，不觉得可卑、可耻、可笑、可怜吗？”
明显的笑剧！后人有诗：复楚未能先覆楚，帝秦何必又亡秦？丹心早为红颜改，青史难宽白发人。
但是，吴三桂以“共举大明之文物，悉还中夏之乾坤”相号召，天下人竟不以之、或者说宁肯不以之为笑剧！
三军皆哭，声震如雷。天下摇动，纷起回应……这是笑剧，还是悲剧呢？百战百胜、英勇剽悍的八旗军，骄傲而蓬勃向上的满民族，不也曾有过黑暗的一幕？顺治初年，清朝以“东来诸王、勋臣、兵丁人等无处安置”为由，三次下令圈占土地。一时间，直隶九府七十七州县广袤两千余里，直至山东德州、济南、临清州，山西太原、平阳、潞安、蒲州，江北徐州等处，烟尘四起，满人两骑前后，牵部颁绳索，跑马占圈。“圈一定，则庐舍、场圃悉归屯有”。
被圈之民“妇子流离，哭声满路”。有父母夫妻同日缢死者；有先投儿女于河而后自投者；有得钱数百，卖其子女者；有刮树皮掘草根而食者。至于“僵仆路旁，为鸟鸢豺狼食者又不知几何矣”。
被圈之地，八旗兵丁“因奉命出行必需随带之人，致失耕种”，“多至为荒，历年并未收成”，或斥为牧场。往日千里良田的华北大平原，沙压碱卤，荒草萋萋，偶见瘦牛劣马倦懒地咀嚼草皮，漠然注视迷茫的远方。
贵族圈占的土地分为皇庄（官庄）、王庄、官员庄田。他们在庄田旗地上强制实行落后的封建农奴制。原来男耕女织、身份自由的小农变成了奴隶。接踵而来的是严重的逃人、逃人法问题。逃人遭鞭黥，交归原主。窝主被正法，家产入官。雇逃人做工、留逃人住店过十日等均为窝主。“年来秋决重犯，半属窝逃”，“或一人而株连数家……或一事而骚动通邑”，“丧身亡家的不知几千万人，地方各官革职降级的不计其数。更有奸徒假冒逃人，诈害百姓”，“或借名告假还家，结连奸恶，将殷实之家指为窝主；或原非逃人，冒充旗下在外吓诈，党指称，转骗不已；或有告到督捕，买主冒认，指诈名作真者；或有声言赴告，在地方官处禀拿，吓骗良民者”。
顺治二年八月，清朝颁剃发易服令：“布告之后，京城内外，限旬日；直隶各省地方，自部文所到之日，亦限旬日，尽使剃发。遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇，必置重罪……不随本朝之制度者，杀毋赦！”
一时间，清兵四出，游行于市。“留头不留发，留发不留头”，有蓄发者立执而剃之，不服则斩，悬其头于剃头挑子所缚高竿上示众。
无数汉民或逃隐山林，或愤而自杀，或建发冢痛哭致祭。更有无数汉民兴师聚众，舍身拼命，前赴后继，抗拒清军。江阴因之被屠城，昆山因之被屠城，嘉定因之被三次屠城。其中江阴仅由一典史阎应元率民浴血奋战，整整固守了八十日，外无援军，内无粮草，又遇大雨城崩，清军大入。阎应元援笔题城门曰：八十日带发效忠，表太祖十七朝人物；十万人同心杀贼，留大明三百里江山。
题毕掷笔，率千人上马格斗，直到流尽最后一滴血。守城人民或战死，或自尽，无一降者。
英雄的满族，剽悍的八旗军，在龙的故乡是怎样的形象呢？强盗！屠夫！北虏！夷狄！剃发令开首如是说：“今中外一家，君犹父，民犹子，天下一体，岂可违异？若不划一，终属异心。”
痛陈逃人法弊端的汉官如是说：“今则天下一家矣，其去旗而不为丁，则入于编户而为民，民与丁俱国家有也。”“皇上为天之子，而独东人为皇上之人？！”
错位，认识与实际的错位，正义与邪恶的错位，龙与凤的错位。康熙陷入深深的困惑。然而日出的优势在于，即便往往有迷雾缭绕，也势必能够破云而出。困惑使康熙清醒而成熟，在平定三藩的进程之中，他便开始迅速调整统治政策。
康熙十六年（1677年），康熙特旨内阁会同翰林院，选送汉员张英、高士奇等入值内廷南书房。从此，南书房的地位日益显赫，成为后世中枢机构军机处的前身。南书房当值官员多为汉员，名义上陪皇帝琴棋书画、观花钓鱼，实际上备皇帝咨询军政，拟撰谕旨。
康熙三十三年以后，南书房更成了汉官进身高位、参与军机要务的阶梯。翰林院、詹事府、国子监官员轮流入值，康熙“不时谘询”，“以备擢用”。而汉员一旦入值南书房，不管原来地位尊卑，一律授予翰林职衔，一律得到康熙的重用与眷宠，无异于感情融洽的同堂师友。
如高士奇，原穷困潦倒，徒步来京，乡试落第，“秃笔破砚坐报国寺廊下，卖字糊口”。后因其写得一手好字，被大学士明珠发现，荐其于内廷，入南书房供奉。他权势显奕一时，不久官至礼部侍郎。而张英入值不满三年，即升为翰林院学士兼礼部侍郎，后又晋礼部尚书兼翰林院掌院学士，管詹事府事。从此张氏“以科第世其家，四世皆为讲官”，子孙五人入值南书房，其子张廷玉历康熙、雍正、乾隆三朝，官至保和殿大学士兼军机大臣、吏部尚书等。他们完全是康熙亲手扶植起来的汉族新权贵。
康熙十七年，正值三藩平叛、戎马倥偬之际，康熙却下诏开“博学鸿儒科”（又称“博学宏词科”），谕曰：自古一代之兴，必有博学鸿儒振起文运，阐发经史，润色词章，以被顾问著作之选。朕万几余暇，游心文翰，思得博学之士，用资典学。我朝定鼎以来，崇儒重道，培养人才。……凡有文词卓越人才，不论已仕未仕，令在京三品以上及科道官员，在外督抚布按各举所知，朕将亲试录用……以副朕求贤右文之至意。
各地被荐名流、应试人员陆续到京后，康熙以冬季日短、难于展才为由，将考期延至翌年“天气渐已融合”的三月，命户部自十一月起，供给应试人员每人每月俸银三两，米三斗，研练词赋，直至考完为止。康熙十八年三月初一日，康熙于体仁阁亲试博学鸿儒。清晨，内外诸臣荐举的一百四十三名应试者鱼贯而入。试题一赋一诗，试前传旨赐宴，由大学士、掌院学士满汉各二员陪宴，并特向应试者说明：“汝等俱系荐举贤才，学问渊通，原不必考试，然考试愈显才学。向凡会试、殿试、馆试，状元、庶吉士俱不赐宴，此乃皇上十分隆重之意，汝等须知皇上德意。”
宴毕又赐茶，然后才就试。试后康熙亲自阅卷。彭孙遹故意写得词句不通；严绳孙借口目疾，仅赋诗一首；潘耒、李来泰、施润章之诗不合韵律；毛奇龄用语犯忌，康熙一律曲意迁就通融，一一加以录用。彭孙遹取中一等，明朝尚书严一鹏之孙严绳孙以“史局不可无此人”取中二等，等等。与试未中者或来京未试者中，也有因文行素著，被特赐内阁中书衔，以示恩宠。如傅山（傅青主）、杜越等“俱着授内阁中书”。
与此同时，康熙又网罗大批名流学者，包括拒不应考入仕者（如著名学者万斯同等）参与纂修《明史》、《古今图书集成》（原名《古今图书汇编》）等大型图书。
一时间，汉族士子纷纷出仕入馆。有人作诗讥讽道：圣朝特旨试贤良，结队夷齐下首阳。家里安排新顶帽，腹中打点旧文章。当年深悔为周粟，近日翻思吃满粮，非是一朝偏改节，西山薇蕨已精光。
不管怎样，遗民自此不世袭。康熙二十三年十一月初二日，康熙第一次南巡归来过金陵（今南京），亲谒明太祖朱元璋孝陵，父老从观者数万人。巳时，康熙率内大臣、侍、部院官员皆于门外下马，自甬道边行入，在孝陵殿前行三跪九叩首礼，然后于宝城前三奠酒，崇敬恭谨之情溢于言表，父老“皆感泣”。总督王新命刻石以记，称之为“古今未有之盛举”。
康熙则作了一篇长长的《过金陵论》，极动感情。
金陵，《禹贡》扬州之域。秦立郡县为秣陵，两汉因之。孙权时称建业，东晋及宋齐梁陈地号佳丽。隋唐之间，六朝旧迹渐至湮没。南唐李氏始更筑城，名金陵府。明有天下建都于此。窃明太祖之意，以为宅中图大，控制四方，千百世无有替也。岁在甲子，冬十一月，朕省方南来，驻跸江宁。将登钟山，酹酒于明太祖之陵。道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣断壁矣。昔者玉河之湾环，今则荒沟废岸矣。路旁老民，跽而进曰：若为建极殿，若为乾清宫，阶陛级，犹得想见其华构焉。夫明太祖以布衣起淮泗之间，经营大业，顺天应人，奄有区夏。顷过其城市，闾阎巷陌，未改旧观，而宫阙无一存者。睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶……有明艰难创造之基业，未三百年而为丘墟。良可悲夫！孟子曰：天时不如地利，地利不如人和。有国家者，知天心之可畏，地利之不足恃，兢兢业业，取前代废兴之迹，日加儆惕焉，则庶几矣！
康熙二十四年，康熙再次下令，民间新垦田地“自后永不许圈”。最后结束了绵延数十年的圈地余波。
康熙三十八年，康熙在逐步放宽逃人法的基础上，将专司督捕逃人的兵部督捕司，改为刑部督捕司，“终岁不劾一失察之官，不治一窝隐之罪”，基本解决了困扰几十年的逃人问题。
康熙带着他的凤族，扑向了先进的龙文化。康熙却又比以往更加明确地企图保持自己雏凤凌空的民族之魂，他了解了自己的位置。后来他曾由衷地感叹：“汉人难治。”“汉人人心不齐，如满洲、蒙古数千万人皆一心。
朕临御多年，每以汉人为难治，及其不能一心之故。国家承平日久，务须安不忘危。”是的，要结合，不要同化。康熙亲率满蒙骑兵，踏勘了京城以北的广阔草原，建立了东西宽三百里、南北长二百余里的木兰围场。康熙二十年平定三藩以后，康熙年年率满蒙贵族在此行围打猎、演习骑射，以光扬其列祖列宗开国平天下的圣武精神，呼唤八旗劲旅英勇剽悍的豪壮军魂。
康熙四十二年，康熙更在围场附近的热河建立了规模宏大的避暑山庄，使之成为京师以外的第二个政治中心。他每年约有一半时间在此处理朝政，接受各少数民族王公贵族的朝觐。
万壑松风之中，鹿呦马啸、鹤唳雁鸣，青砖素瓦、北方民居式的便殿，金碧辉煌、旌旗招展的蒙古包。
摔跤，较射，赛马，火戏。入夜，满蒙藏回之人在绿茵般的草原上燃起熊熊篝火，割生炙熟、觥斛交错，胡笳马琴、狂歌劲舞，别是一番风情。
要结合，不要同化。康熙对各少数民族实行了“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的统治方针，保持了各族宗教信仰和社会习俗，笼络其上层分子。
他根据各族不同情况，在东北各族实行乡姓制；内外蒙古实行盟旗制；西北回部实行伯克制；西藏实行噶厦制。并沿边境设置了巡逻哨所——卡伦，以及通讯交通的驿路站台网，从而实现了前代、前朝从未有过的中央对于边疆、对于各少数民族的有效治理。
康熙之孙乾隆曾说：“自秦人北筑长城，畏其南下，防之愈严而隔绝愈甚，不知来之乃所以安之。我朝家法中外一体，世为臣仆，皇祖辟此避暑山庄，每岁巡幸，俾蒙古未出痘生身者皆得觐见、宴赏、锡赉，恩益深而情益联，实良法美意，超越千古云。”
