斥逐内阁元辅高拱，令其回籍闲住，这是朱翊钧即位后的第一件事。此事虽然是冯保与张居正一手策划的，但是，如果没有皇后、皇贵妃与他本人的同意，决不可能采取如此断然措施。几年以后，神宗对高拱怨恨之心依然未消。当万历六年（1578年）九月高拱死时，高拱夫人张氏上疏陈乞恤典，神宗看了奏疏后愤愤地说：“高拱不忠，欺侮朕躬，他妻还来乞恩，不该准他！”还是张居正说情，一再提及“拱向待先帝潜邸有旧劳，宜与恤典”之后，才同意高拱复原职、与祭葬的政治待遇。
作为一个皇帝，尽管年幼，还是拥有至高无上权力的。况且神宗与乃父颇异，有点类似其祖父，是一个有头脑有才能的人。他的视朝，有些是纯粹的礼仪举动，但也不尽然，在视朝时也常常就朝政大事有所指示。如果以为内有两宫皇太后“垂帘听政”，司礼监太监冯保扶掖，外有张居正统揽大权，神宗仅仅是一个任人摆布的玩偶，显然失之偏颇了。
神宗是一个颇有政治见解的皇帝。父皇临终前再三叮嘱，要他依毗内阁辅臣及司礼监太监，因而他对张居正、冯保倍极尊重，视为左右手，日常政务大多由他们二人处理。他对于张居正的革新主张持积极支持的态度，在很多问题上所见略同。他力图振兴朝政，一改先朝的委靡不振状况。从以下一些零星事例，人们大略可以看到他在处理朝政时所显示出来的励精图治愿望。
其一，他主张简才图治。即位伊始，吏部送上来一个考察条规，谈的是官吏考察事宜，涉及吏治整顿，着重议论裁汰冗官问题。指出，各衙门事有繁简，人有绳驳，难以一律，有则汰黜数人亦不为多，无则不黜一人亦不为少。这是神宗即位后要面对的一大难题，他的批覆是这样的：“卿等务要尽心甄别，毋纵匪人，毋枉善类，以称朕简才图治之意”。
他所说“毋纵匪人”，不是浮泛套话。隆庆六年（1572年）十月二十三日，视朝时，以湖广随州知州周行贪墨太甚，革职为民，交巡按御史审讯，并就此事发诏书给吏部，以严厉的口气指出：“近来查勘官员久不奏报，贪吏无所惩戒，亏枉久不获伸，抚按官所干何事？便令上章完报，不得推诿故纵！”
其二，他是一个颇有主见的人，对臣下妄言极反感。隆庆六年十月二十四日，他看了广西道御史胡涍（字原荆，号莲渠，常州无锡人）的奏疏。胡涍有点迂腐，借“妖星见懿庆宫”为事由，认定这次星变应在宫妾无疑，便信口议论嘉靖、隆庆两朝宫妾闭塞后廷，老者不知所终，少者实怀怨望，寡妇旷女愁苦万状。由此，他提出要消弭星变，当务之急是释放宫女，建议神宗遍察掖廷中未曾蒙先帝宠信的宫女，无论老少，一概放遣出宫。为了增强说服力，此公还不伦不类地引经据典，说什么“唐高不君，则天为虐，几危社稷。此固不足为皇上言，然往古覆辙，亦当为鉴”云云。
原来十月初三夜有星象之变，到十九日夜晚，原先如弹丸般的星变成了大如灯盏，赤黄色光芒四射。对于崇敬天变的神宗及其臣子们，这是非同小可的事。神宗儆惧得连夜在室外祈祷。第二天，张居正对皇上说：“君臣一体，请行内外诸司痛加修省，仍请奏两宫圣母，宫闱之内同加修省”。神宗表示赞同，便给礼部写去一道谕旨，要他们查一下旧例。礼部查了旧例后立即奏报，请如嘉靖四十二年（1563年）火星迭行之例，百官青衣角带办事五日。神宗当即批示：“你每为臣的都要体朕敬畏天戒之意，著实尽心修举职业，共图消弭，毋徒为修省虚文”。
神宗要臣下体会他“敬畏天戒之意”，“毋徒为修省虚文”。偏偏来了个胡涍，把天变归咎于后廷，要皇上释放宫女，无疑把偌大的天戒的起因搞到皇帝身上，显然是大胆妄言。这个胡涍，在神宗即位六日后，曾上疏对冯保代孟冲掌司礼监，召用南京守备太监张宏，有所微词，奏请皇上严驭近习，毋惑谄谀，亏损圣德。引起神宗与冯保的不满。此时他又上疏要遣放宫人，神宗忍无可忍。第二天，文华殿讲读刚完，神宗便拿出胡涍的奏本，指着其中“唐高不君，则天为虐”二句，叫张居正看，接着责问：“所指为谁？”
张居正淡淡地解释道：“涍疏本为放宫女尔，乃漫及此言！虽狂谬，心似无他。”
神宗怒气未消，便降旨诘责胡涍。胡涍接旨后，诚惶诚恐地上疏引罪，终于落个革职为民的处分。
两天后，兵科都给事中李己（字子复，号月滨，河南磁州人）上疏为胡涍求情，说：“人君善政不一，莫大于赏谏臣；疵政不一，莫大于黜谏臣”“胡涍官居御史，补过拾遗，绳愆纠谬，乃职分所宜。今一语有违，即行谴斥，恐自今以后，阿言顺旨者多，犯颜触忌者少”，希望皇上或加薄惩，或令复职。李己的话不无道理，但神宗决不收回成命。
到了万历元年（1573年）正月十二日，户科左给事中冯时雨（字化之，号昆峰，苏州长洲人）上疏重提此事。他条陈六事，其第五事是“释幽怨”，与胡涍一样，主张将掖廷宫女逐一查阅，凡未经先帝幸御者，全部放出。其第六事是“宥罪言”，为胡浮求情，量行起用。神宗此时心境早已平静，对他所陈前四事——“笃孝恩”、“广延纳”、“重题覆”、“革传奉”表示赞许，对后二事（释放宫女、起用胡涍）不予考虑。他在奏疏上批示：“本朝事体，与前代不同。今在宫妇女，不过千数，侍奉两宫，执事六局，尚不够用。又多衰老，出无所归。胡涍狂悖诬上，朕念系言官，姑从轻处，如何与他饰词求用！这两件不准行。”
关于宫女，他有自己的看法，用以侍奉两宫皇太后，并执事宫中六局，还不够用，怎么谈得上遣散！因此，不容他人说三道四。对于宫女失职，则处罚极严。万历元年十一月某天，张居正在文华殿与皇上谈及宫女张秋菊逸火事件。
神宗说：“此人系先帝潜邸旧人，素放肆。圣母止欲笞五十，朕曰：‘此人罪大不可宥。杖之三十，发安乐堂煎药矣’。”
张居正附和道：“圣母慈仁，不忍伤物。皇上君主天下，若舍有罪而不惩，何以统驭万民！”
神宗说：“然。法固有可宽者，亦有不当宽者。”
张居正说：“诚如圣谕。昔诸葛亮言，宫中府中俱为一体，陟罚臧否不宜异同。正此之谓。”
神宗与张居正是颇有共同语言的——“法固有可宽者，亦有不当宽者”，日后他支持张居正按“综核名实，信赏必罚”原则实施新政，是有思想基础的。
其三，小皇帝对于那些把上朝当作儿戏，想来就来，不想来就不来的大臣，不能容忍。隆庆六年（1572年）十二月初六日，他按例视朝，命人检查了一下，竟有抚宁侯朱冈等一百七十三名文武官员不来上朝。他便传旨：“各罚禄俸三月！”万历元年（1573年）正月十九日，他视朝时，纠仪御史面奏：查点文武官员失朝者，新宁伯谭国佐等一百一十九员。他还是下令，各罚禄俸三月。万历二年（1574年）二月二十三日，他视朝时又命御史纠查文武官失朝者，一查，数目惊人，竟有抚宁侯朱冈等二百七十四人不来上朝。于是传旨：各夺俸一月。既然皇上如此顶真，以后失朝者便明显减少。这就是他所谓“法有不当宽者”的显例。
其四，对于抓住别人小节，随意弹劾的言官，他决不宽恕。万历元年（1573年）二月春分，他派遣成国公朱希忠代祭大明于朝日坛，兵部尚书谭纶（字子理，号二华，湖广宜黄人）陪祭。谭纶近日身体小恙，陪祭时咳嗽之声连连不已。此事被言官景嵩（福建道御史）、雒遵（吏科都给事中）、韩必显（山西道御史）抓住，小题大作，弹劾谭纶“大不敬”，说什么“岂不能将祀事于一时者，能寄万乘于有事”，言下之意，谭纶如此表现，不配当兵部尚书。
神宗接到这个弹劾奏疏，颇不以为然，便不无讽喻地批复：“咳嗽小疾易愈，本兵（兵部尚书）难于得人。这所奏，着吏部看了，就问景嵩等要用何人，会同吏科推举来看。”吏部没有领会这道上谕所包含的讥刺意味，认真地向皇上题复谭纶失仪事，指出：“抡选本兵委难得人，进退大臣当处以礼，若以一嗽之故，敕令致仕，非唯不近人情，亦且有失国礼。”这正中神宗下怀，立即批示：“咳嗽小失，何至去一大臣！这厮每一经论劾，即百计搜求，阴唆党排，不胜不止。若用舍予夺不由朝廷，朕将何以治天下！”于是降旨：雒遵、景嵩、韩必显各降三级，调外任。对于谭纶，只是稍加警告而已：以陪祀失仪，罚俸一月，著照旧供职。这种处事方式，比那些言官要高明多了。
不过，小皇帝毕竟初视朝政，一切都感到陌生，因而对于辅臣张居正是事事仰赖的，对他尊崇备至，开口即称“元辅张先生”，总是以“先生”相待。张居正也尽心尽责地辅导小皇帝处理朝政，大至朝廷用人之事，小至宫中节俭之事，无不一一关照。神宗总是一一听从、采纳。
隆庆六年（1572年）十二月，接近年关了。张居正在讲读后向皇上启奏，以先帝服制未过，春节期间，请宫中勿设宴，并免去元宵灯火。
神宗以为然，说：“烟火灯架，昨已谕免办。”又说：“宫中侍圣母膳甚简，每斋素食。或遇佳节小坐，但增甜食果品一桌，亦不用乐。”
张居正说：“如此，不但见陛下追思先帝之孝，且节财俭用，自是人主美德，愿陛下常持此心。”
神宗表示嘉纳，便传谕光禄寺：“节间宫中酒饭桌俱免办。”据称，仅此一举，节约银子七百余两。
到了万历二年（1574年）又近年关时，神宗又问张居正：“元夕（按：即正月十五元宵夜）鳌山烟火祖制乎？”这意思是，前年、去年元宵烟火都已停办，今年总可以不停了吧！何况又是祖宗之制，年年如此的。
张居正当然知道此意，便答道：“非也。始成化间，以奉母后，然当时谏者不独言官，即如翰林亦有三四人上疏。嘉靖中，尝间举，亦以奉神，非为游观。隆庆以来，乃岁供元夕之娱，糜费无益，是在新政所当节省。”
神宗还是个孩子，当然想搞一下元宵灯火，尽兴玩玩，听了张居正的话，只得更改初衷，接口道：“然。夫鳌山者聚灯为棚耳，第悬灯殿上，亦自足观，安用此！”
在一旁伺候的太监冯保，深知皇上心意，为了不致太扫兴，便插话道：“他日治平久，或可间一举，以彰盛事。”
毕竟是从小形影不离的“大伴”，道出了皇上的心思，神宗一听高兴地说：“朕观一度，即与千百观同。”
张居正却不让步，严肃地说：“明岁虽禫（丧服之祭）终，继此，皇上大婚，潞王出阁……大事尚多。每事率费数十万金。天下民力殚诎，有司计无所出。及今无事，时加意撙节，稍蓄以待用。”那意思还是要皇上注意节俭。
神宗知趣地说：“朕极知民穷，如先生言。”
张居正紧追不放：“即如圣节元旦，明例赏赐各十余万，无名之费太多，其他纵不得已，亦当量省。”
神宗对张先生的意见表示全部接受，决定明年元夕停止烟火鳌山活动。张居正巧妙地把节省宫廷开支的思想化作了神宗的行动。神宗即位伊始，宫廷内部就出现了一番新气象。
为了使神宗知人善任，万历二年（1574年）十二月，张居正与吏部尚书张瀚（字子文，号元洲，杭州仁和人）、兵部尚书谭纶，特制御屏（职官书屏）一座，绘全国疆域，登录知府以上官员姓名籍贯，以供皇上省览。张居正为此上疏作了说明，强调了以下几点：
“安民之要，在于知人；辨论官材，必考其素。顾人主尊居九重，坐运四海，于臣下之姓名贯址，尚不能知，又安能一一别其能否而黜陟之乎”；
“考之前史，唐太宗以天下刺史姓名，书于御座屏风，坐卧观览”；“我成祖文皇帝尝书中外官姓名于武英殿南廊”；
“仰惟皇上天挺睿明，励精图治。今春朝觐考察，亲奖廉能。顷者，吏部奏除，躬临铨选。其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里尚未悉知，诸司职务尚未尽熟，虽欲审别，其道无由”。
在接到张居正的奏疏后，神宗表示嘉悦，当即同意将屏风收进，设于文华殿后殿。次日，讲读毕，神宗将屏风细看了一遍，张居正在一旁解释道：天下幅员广阔，皇上一举目便可坐照山川地理形胜，以及文武职官，希望皇上于用人名实时加留意。神宗说：“先生费心，朕知道了。”这道“职官书屏”，对初理朝政的神宗，起到了很好的启蒙作用。
神宗深知元辅张先生的用心良苦，为了表示他的积极态度，特命太监在宫中赶制牙牌一块，亲笔手书十二事，要工匠锓刻在牙牌上。这十二事是：谨天成、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用。以此作为自己的座右铭，用以自警。万历三年（1575年）四月初四日在文华殿讲读毕，他拿出牙牌给张居正、吕调阳过目。张居正颇为称赞，说这些话把修身齐家治国平天下之道全包括在里面了，可以终身奉行。今后皇上所行与所写如有不合的地方，左右臣下得执牌以谏。神宗欣然同意。
皇帝与元辅之间政见如此一致，关系如此融洽，为历朝所罕见。以下几件事，更进一步显示他们之间君臣关系确实非同一般。
万历二年（1574年）五月八日，神宗在文华殿讲读毕，听说元辅张先生偶患腹痛，便亲手调制辣面一碗，并赐镶金象牙筷二双，要次辅吕调阳陪张先生一起吃。其意图是要以辣热攻治腹痛，从中可以看到君臣之间充满人情味的一面。
