过了些时日，神宗在宫中传皇太后旨意，询问近侍太监：“元辅张先生父母存乎？”左右回答：“先生父母俱存，年俱七十，甚康健。”
到了五月十九日视朝的日子，神宗给张居正写了手谕：“闻先生父母俱存，年各古稀，康健荣享，朕心嘉悦，特赐大红蟒衣一袭，银钱二十两，又玉花坠七件、彩衣纱六匹，乃奉圣母恩赐。咸钦承，著家僮往赍之。外银钱二十两，是先生的。”命文书官刘东把手谕及赏物送至内阁，张居正叩头祗领后，感激涕零，立即写了谢恩疏给皇上，说：“恩出非常，感同罔极”；“士而知己，许身尚不为难；臣之受恩，捐躯岂足云报”。并且表示，立即派遣僮仆星夜兼程赶往江陵老家，归奉亲欢，传子孙为世宝。张居正对于皇太后和皇帝亲如家人般的关怀，充满了感激之情。
万历三年（1575年）七月十七日。神宗至文华殿讲读，得知张居正患病不能侍读，立即遣太监前往张府探问病情，并命太医院使徐伟随同前去诊视。又手封药一囊，命太监守候服毕复命。
七月十九日，张居正病愈入阁办事。消息传进宫内，有顷，太监丘得用传皇太后及皇帝旨意，对张居正慰劳再三，并赐银八宝二十两。
从中可以窥知，在神宗心目中，元辅张先生是须臾不可或缺的，许多朝廷大事都要与他商量。
万历三年（1575年）四月某天，神宗讲读刚完，张居正拿了陆炳之子陆铎的奏疏，请皇上裁定。陆炳，字文孚，浙江平湖人，母为世宗乳媪，炳从入宫，历任锦衣卫副千户。嘉靖十八年（1539年）随帝南巡至河南卫辉，半夜行宫起火，陆炳冒死救出皇上。从此深受宠幸，官至左都督，掌锦衣卫事，权势倾天下。隆庆年间被弹劾，穆宗下法司穷治，抄了他的家，并追赃数十万两银子。过了五年，陆家资财罄竭，已无可追，陆铎便上疏乞求免予追赃。
神宗看了奏疏，问张居正：“此事先生以为何如？”
张居正回答：“陆炳功罪自不相掩……论炳之罪，未与反逆同科，而翊主保驾之功不能庇一孤子，世祖在天之灵必不安于心者矣。”
神宗说：“既如此，先生宜为一处。”
张居正说：“事关重大，臣等岂敢擅专。”
神宗说：“不然。国家之事，孰不赖先生辅理，何嫌之有！”
张居正叩头承旨出。次日，神宗传旨：“陆炳生前功罪及家产果否尽绝，著法司从公勘议。”于是，法司奏复，陆炳家产已勘明尽绝，神宗同意宥其余赃，此事便圆满了结。
神宗待两宫皇太后极孝，耳提面命，唯唯诺诺，从不违抗。他的生母慈圣太后信奉佛教，很是虔诚。她要在京师附近的涿州建造一座娘娘庙，祭祀碧霞元君。司礼监太监为讨好太后，竭力促成其事。万历二年（1574年）四月，冯保传慈圣太后谕：“圣母发银三千两，与工部修建涿州娘娘庙。”这件事可难为了工部。在此之前，工部已奉太后谕，由圣母赐银五万两在涿州修建胡良河及北关外桥梁，为此工部还补添了二万两银子。现在又要修建庙宇，三千两银子何济于事！于是工部奏复皇上：此端一开，渐不可长，伏乞皇上劝回成命。工科给事中吴文佳（字士美，号凤泉，湖广景陵人）也上疏表示此事不妥：“娘娘庙不知所由起，窃闻畿辅众庶奔走崇奉，风俗日非，犹望皇上下禁止之令”。户科给事中赵参鲁（字宗传，号心堂，浙江鄞县人）也说：“发银建庙以奉佛祈福，尽皆诞妄”，“若以大赈穷民，其于祈福禳灾多矣”。神宗统统不予理睬。
但是，在太后意见与张居正意见不一致时，他还是听张居正的。万历二年（1574年）九月，刑部奏请处决在押囚犯，慈圣太后听说后，借口皇上冲年，仍宜停刑。神宗把太后这一懿旨转告张居正，希望能获得谅解。张居正是主张法治的，对于停刑很不赞成，便解释道：“圣母好生之心敢不将顺，但上即位以来停刑者再矣。春生秋杀，天道不偏废，恐良莠不除，反害嘉谷。”神宗觉得有理，说：“然。朕徐为圣母言之。”在征得太后同意后，便下令照例行刑。
到了这年十月，法司奏审录罪囚，太后听说后又主张停刑。张居正向皇上开导说：“皇上若奉天道，乃天虽好生，然春夏与秋冬并运，雨露与霜雪互施……今看审录揭帖，各囚所犯皆情罪深重，概加怜悯，则被其害者独何辜，而不为偿抵乎！”
神宗说：“圣母崇奉佛教，故不忍动刑耳。”
张居正说：“佛氏虽慈悲为教，然其徒常言：地狱有刀山、剑树、碓舂、炮烙等刑，比之王法万分惨刻，安在其为不杀乎？”
神宗听了大笑。张居正进而说：“嘉靖初年，法司奏应决犯囚，不过七八十人……至中年后，世宗奉玄，又好祥瑞，每逢有吉祥事，即停止刑。故今审录重囚至四百余人，盖积岁免刑之故也……臣窃以为宜如祖宗旧制，每岁一行为便。”
神宗深以为然，返宫向太后奏明后，第二天便降旨处决死囚三十余人。这事既反映了皇太后的开明豁达，也反映了神宗的冷静理智，不以母子亲情影响朝廷大政方针。
更为难能可贵的是，小皇帝每次视朝，都亲览奏章，十分认真。万历三年（1575年）十月某天，直隶巡按御史暴孟奇、张宪翔各有一题本奏报审决重囚事，是万历二年十一月奏进的。他看了以后，感到奇怪：“今此直隶巡按非孟奇、宪翔矣，何奏本仍是二臣名，又中间月日差谬，何也？”便命文书官持疏到内阁问明所以然。
少顷，张居正来了。神宗当面质询：“今年已有旨免刑，何真定巡按又报决囚？且本后称万历二年十一月，何也？”
张居正回答：“臣等通阅所奏，乃去年差刑部主事刘体道会同关内关外巡按御史暴孟奇、张宪翔处决囚犯，事完即具本，付刘体道亲赉复命，非二臣差人来奏者。”
神宗又问：“即如是，何故至今始封进？”
张居正答：“旧时刑部司属多借审决差便道回籍，臣于精微批定限，率优假一年，所乃相沿宿弊。此奏该去年二御史付之刘体道亲赉，而体道待疏回籍，今已限满复命，至始封进耳。”
神宗听了大为不满：“岂有北直隶地方去年处囚，今年始复命者！宜令该科参看。”那意思是要刑科予以查处。第二天，他便下旨：“刘体道著都察院提了问。差官审决限期，着法司定拟来说。”都察院遵旨提问后，将刘体道谪为外任官。
这一事件使大臣们大吃一惊，感叹皇上于章奏无不亲览，其精察一至于此。这位十岁登极的小皇帝颇有一点励精图治之意，力图一改祖父、父亲当朝时期的政局弊端，有所作为。正是基于这种考虑，他放手让张居正总揽朝政，而自己则潜心于日讲与经筵，为日后亲政作好准备。
皇太子出阁讲学，是太祖朱元璋定下的祖制。当时，朱元璋命学士宋濂（字景濂，号潜溪，又号玄真子，浙江金华人）在大本堂向皇太子、诸王讲授儒家经典。后又改至文华殿，世宗时改至便殿。天顺二年（1458年）制定了皇太子出阁讲学礼仪。讲学的内容，先读四书，次读经或史。讲毕，侍书官侍习写字；写毕，各官叩头退出。读书三月后，有一次温习背诵，读成熟，温书之日不授新书。写字，春夏秋日百字，冬日五十字。凡节假日或大风雨雪、隆寒盛暑，暂停。朱翊钧作为皇太子出阁讲学，也按部就班进行。隆庆六年，改设皇太子座于文华殿之东厢房。每日讲读各官先诣文华门外东西向序立，候穆宗御日讲、经筵毕，皇太子出阁升座。凡太子初讲时，阁臣连侍五日，以后每逢三、八日一至，拜出后，各讲官再进入开讲。
朱翊钧即位后，虽身为皇帝，但讲学仍不停辍。因为先皇有遗言在先，要他“进学修德”、“用贤使能”。作为顾命大臣的张居正，对此更是顶真。
隆庆六年（1572年）六月，张居正向神宗上疏，要他在秋凉之际开始皇帝的日讲。他在疏文中说，帝王虽具神圣之资，仍须以务学为急，而辅弼大臣的第一要务，便是培养君德，开导圣学。更何况亲受先帝顾托，当时倦倦以讲学亲贤为嘱的遗言，还在耳边。鉴于先皇丧事还未过去，张居正便援引弘治朝的先例，定于八月中旬择日，于文华殿先行日讲，至于经筵会讲俟明年春天再举行。对于这种合乎祖宗成宪的安排，神宗是必须接受的，他立即批复同意：“览卿等奏，具见忠爱，八月择吉先御日讲，经筵候明春举行”。日讲与经筵就这样定下来了。
第二天，张居正便为皇上初步排定了视朝与讲读的日程表。在张居正看来，对于一个十岁的小皇帝，每日既要视朝理政，退朝后又要讲读，太过于疲劳。从有益于身心，有裨于治道而言，“视朝又不如勤学为实务”，所以在处理视朝与讲读的关系时，他把讲读放在第一位。具体日程安排是：每月逢三、六、九日（含十三、十六、十九与二十三、二十六、二十九）日视朝，其余日子都到文华殿讲读。凡视朝之日即免讲读，讲读之日即免视朝。这就是说，一旬之中，三天视朝，七天讲读，除了大寒大暑，一概不得停辍讲习之功。
对于这个日程表，神宗是能够接受的。他批复道：“今后除大礼大节，并朔望升殿，及遇有大事不时宣召大臣咨问外，每月定以三六九日御门听政，余日俱免朝参，只御文华殿讲读”。
既然定了，神宗就照着执行。八月十三日，恰巧是三六九中之三，他来到宣治门视朝。张居正不愧是一个讲究综核名实的人，作风雷厉风行，在上朝时递上了《日讲仪注》八条，把日前议定的日讲事宜具体化：
一、皇上在东宫讲读《大学》、《尚书》。今各于每日接续讲读，先读《大学》十遍，次读《尚书》十遍，讲官随即进讲；
二、讲读毕，皇上进暖阁少憩。司礼监将各衙门章奏进上御览。臣等退在西厢房伺候，皇上若有所咨询，即召臣等至御前，将本中事情一一明白敷奏；
三、览本后，臣等率正字官恭候皇上进字毕。若皇上欲再进暖阁少憩，臣等仍退至西厢房伺候。若皇上不进暖阁，臣等即率讲官，再进午讲；
四、近午初时，进讲《通鉴》节要，讲官务将前代兴亡事实，直讲明白。讲毕各退，皇上还宫；
五、每日各官讲毕，皇上有疑，乞即下问。臣等再用俗语讲解，务求明白；
六、每月三、六、九视朝之日，暂免讲读。仍望皇上于宫中有暇，将讲读过经书从容温习，或看字体法帖，随意写字一幅，不拘多少，工夫不致间断；
七、每日定以日出时，请皇上早膳毕，出御讲读。午膳毕，还宫；
八、非遇大寒大暑，不辍讲读。本日若遇风雨，传旨暂免。
张居正考虑到原有的日讲官人数不够，讲读后又要写字，须配备侍书恭伺左右，开说笔法，于是便命东宫讲读官马自强、陶大临、陈绶邦、何雒文、沈鲤，侍班官丁士美，并为日讲官，马继艾、徐继中仍为侍书官。
自此以后，神宗的讲读、视朝便按部就班地进行，每逢三、六、九日视朝，一、二、四、五、七、八、十日赴文华殿讲读。
隆庆六年（1572年）十二月十七日，神宗在文华殿讲读毕，张居正率讲官向他呈上一部《帝鉴图说》。这是张居正要马自强等讲官考究历代帝王事迹编写的，选取“善可为德者”八十一事，“恶可为戒者”三十六事，每一事绘一图，后面附以传记本文，图文并茂，因而称为图说；又取唐太宗以史为鉴之意，题名为《帝鉴图说》。张居正为此写了《进（帝鉴图说）疏》，阐明了编书的旨意，是为了让皇上“视其善者，取以为师，从之如不及；视其恶者，用以为戒，畏之如探汤。每兴一念，行一事，即稽古以验今，因人而自考”。张居正将奏疏面呈皇上，神宗随手翻阅，朗诵了几句，便抬眼对张先生等说：“先生每起！”于是张居正走近御案，把奏疏接着读完，又捧出《帝鉴图说》呈上。神宗起立，翻阅图说。张居正一一指陈，神宗也应声说出一些大意，其中不待指陈能自言其义者，十居四五。此后，神宗一直把《帝鉴图说》置于座右，每逢讲读之日，便叫张居正解说，习以为常。
转跟间，到了万历元年（1573年）新年伊始。这是朱翊钧即位改元后的第一个春节，正月初一日，他驾临皇极殿，在金碧辉煌的宝殿里，接受百官朝贺。正月初五日，他传谕内阁：“初七日开日讲”。其实，作为皇帝也有讲读的节假日，按常例要到正月二十一日。大臣及讲官对皇上节假还未结束就开始讲读，十分钦佩，交口称赞他“好学之笃”。到了初七那天，神宗果然到文华殿讲读。
正月初十日，张居正遵照祖宗成宪，上疏请开经筵。自宋以来，为皇帝讲解经传史鉴特设的讲席，称为经筵。明初沿袭此举，无定日，亦无定所。英宗即位后，始著为常仪，以每月逢二日，皇帝御文华殿进讲，月凡三次（初二、十二、二十二），寒暑及有故暂免。其仪制比日讲隆重得多，由勋臣一人知经筵事，内阁辅臣或知经筵事或同知经筵事，尚书、都御史、通政使、大理卿及学士等侍班，翰林院春坊官及国子监祭酒二员进讲，春坊官二员展书，给事中、御史二员侍仪，鸿胪寺、锦衣卫堂上官各一员供事鸣赞。礼部择请先期设御座于文华殿。文华殿虽比诸殿规模小，但特别精致，用绿色琉璃瓦盖成，左右为两春坊，也就是皇帝的便殿，经筵就在这里举行。中间设御座，龙屏南向，又设御案于御座之东，设讲案于御座之南。是日，司礼监太监先陈所讲四书经史各一册于御案，另一册置于讲官之讲案，讲官各撰讲章（讲义），置于册内。皇帝升座，知经筵及侍班等官于丹陛上五拜三叩头，然后开讲。
