八大臣闯进内宫和两宫太后大吵大闹的消息传出后，并非肃顺一派的王公大臣们也激愤骚动了起来。老七醇郡王奕譞对于肃顺等人欺负寡嫂的恶劣行径极为愤怒，咬牙切齿地声称要等回到京城后再和他们算账，奕譞的五叔惠亲王绵愉则急忙喝止，让他不要乱说话。要说起来，肃顺等人的行径确实恶劣，但这世上有三种人：第一种是没本事，有脾气；第二种是有本事，有脾气；第三种是有本事，没脾气。肃顺就是属于典型的第二种人。咸丰在的时候，他得到皇帝的重用，虽有能力，但脾气也坏，得罪的人着实不少。所谓“刚则易断”，说的大概就是这个道理。要说起来，肃顺也是没办法。在嘉庆、道光年间，朝政积弊已久。在肃顺等人的辅佐之下，咸丰即位后也力图重整朝纲，他首先将保位贪荣、遇事推诿的前朝重臣穆彰阿革职永不叙用；随后另一位重臣耆英遭到严惩，而肃顺在其中发挥了重大作用耆英曾在鸦片战争中代表清廷与列强签订了一系列和约，损失了许多利权，咸丰即位后将他由一品大员降为六品小官。8年后，英法联军攻入天津，京师震惊，由于朝廷极度缺乏外交人员，耆英在惠亲王绵愉的举荐下再度被起用，前去天津谈判。
不料在谈判过程中，耆英未经咸丰允准便擅自离开天津返回北京，咸丰帝得知后命人将耆英押进京。随后，恭亲王奕、惇亲王奕誴奉命会同大学士、六部九卿共同审讯耆英。奕等人将耆英定为绞监候，而时任理藩院尚书的肃顺力主将耆英即行正法，以振朝纲。最终，咸丰下令耆英自尽。再如在咸丰年间的顺天科场舞弊案。当时的主考官柏葰颇有清廉之名，他曾经出使朝鲜，离任时朝鲜国王馈赠他5000两银子，柏葰盛情难却，只好携带回国，却交给了礼部备存，清廉之名为人所称道。咸丰八年（1858年），柏葰出任顺天乡试主考官，发榜之日，镶白旗满洲附生平龄高中此次乡试的第七名举人，一时间舆论大哗。这平龄何许人也？这位满洲大爷平时基本不读书，而是成天游手好闲，厮混于茶馆酒肆。平龄有一个爱好便是唱戏，而且颇具造诣，曾在戏院登台演出过，在京城算得上是一位知名“票友”。他这一中榜，立刻在读书人中间引起轩然大波，京城遍传“戏子亦高中矣！”御史孟传金随即上奏朝廷，要求复查本次乡试的考卷。
查下来的结果，果然是黑幕惊人：同考官邹石麟帮平龄改正七处错误；广东肇庆人罗鸿绎托请同乡兵部主事李鹤龄向同考官翰林院编修蒲安行贿，双方约定在考试时的第一篇文章用“也夫”二字结尾、第二篇用“而已矣”三字结尾、第三篇用“岂不惜哉”四字结尾、诗则用“帝泽”结尾。如此高明的舞弊术竟然使流传千年的“糊名”法失去了防弊作用。身为主考官的柏葰在阅卷的时候本打算将罗鸿绎的试卷撤下淘汰，但同考官蒲安买通柏葰的家人靳祥，由靳祥对柏葰诱之以利，柏葰最后还是取中了罗鸿绎。发榜后，李鹤龄、蒲安和柏葰都得到了罗鸿绎的好处。此事调查清楚后，肃顺报告咸丰说：“柏葰身为一品大员，取中行贿士子罗鸿绎，请拟斩立决。”咸丰因柏葰老成宿望，本打算从宽处理，但出于整顿吏治的考虑，最后还是听从了肃顺的意见。按本朝惯例，一二品大员在临刑前一般会有格外恩典免死，即监斩官等待皇帝签发驾帖再作处断。
柏葰当时也很镇定，他以为自己责任不大，皇上一定会免其一死，当时还对儿子说，皇上必有恩典，你先回家把被子等的生活用品拿来，待会要是判流放的话，就可以直接上路了。但后来见刑部尚书赵光一路痛哭而来，柏葰一瞧，脚底立刻发软，长叹道：“完了，完了。皇上断不肯如此，此必肃六从中作祟，我死不足惜，肃六他日亦必同我一样。”这事还真让柏葰说对了，赵光等候驾帖时，咸丰有点迟疑，说：“罪无可逭，情有可原。”肃顺在旁说：“虽属情有可原，究竟罪无可逭。”咸丰仍旧犹豫不决，肃顺见咸丰下不了决心，干脆拿过朱笔代书，结果柏葰就这样送命了。这事，肃顺就做得有点绝了。在户部舞弊案中，肃顺得罪的人更多。太平军起事后，朝廷军费激增，为了解决财政危机，清廷设立宝钞处及官钱局强制发行纸币并鼓铸大钱，而许多商人与户部官员相互勾结，从中舞弊贪污。
时任户部尚书的肃顺下令查账，结果仓场侍郎崇伦、科布多参赞大臣熙麟等人被抄没家产。案件尚未结案，户部忽然失火，肃顺认为这是有人想借此毁灭相关账目而实施的人为纵火，于是反加大了审案的力度。此案查下来，前后两任户部汉人尚书翁心存（翁同龢的父亲）、周祖培都受到降革处分，翁心存愤而辞官，周祖培饱受挫辱。另外，在此案中被抄没家产的商人及相关官吏有上百家，数百人受到严惩。由于肃顺屡兴大狱，用刑过严，弄得大家对他又恨又怕，人人切齿。更有甚者，肃顺对自己满人也极为蔑视，这也导致了满洲亲贵对其恨之入骨。据说，肃顺主政时对待满人官员极为粗暴，视同奴隶般喝来唤去，但他对待大部分汉员却很谦恭，还跟人说：“咱们旗人浑蛋多，懂得什么？汉人是得罪不得的，他们那支笔厉害得很。”搞笑的是，就连受贿，肃顺也只收满人而不收汉人的。在他的周围，后来倒是罗致了不少有才学的汉人，如高心夔、曾国藩、胡林翼等人，都受到了肃顺的青睐和提拔。
在咸丰驾崩后，当时的政治势力主要分为两派，一派是以肃顺为中心的八大臣等人，他们当时主要在热河；另一派是以奕为核心的北京派，主要人物包括豫亲王义道、军机大臣文祥、大学士桂良、大学士贾桢、协办大学士周祖培、吏部尚书全庆、刑部尚书赵光等人。由于肃顺等人树敌太多，北京的大臣就几乎都倒向了奕一派。更要命的是，肃顺等人没有得到实力派将领的支持，就连当时护送咸丰帝灵柩的胜保，这位握有重兵的将领也反对肃顺。对于这点，肃顺也不是不了解，他也试图拉拢一些实力派将领如僧格林沁为自己撑腰，但因为多年的人品太差，无人支持，甚至他提携过的曾国藩、胡林翼等人，对于这场政治风暴，也都持观望态度。据说，肃顺的门人王闿运亲自到曾国藩帐中游说，试图拉拢，但曾国藩在听完后，用手渍茶水在桌上写了个“妄”字。而在慈禧太后等人回宫的途中，一直是荣禄的军队保护，京畿一带，则完全是胜保的军队。可惜的是，肃顺等人自以为遗诏在手，万事大吉，他们对日渐逼近的危险竟然浑然不觉，这就怪不得谁了。
