九月二十三日，咸丰的灵柩开始起运回京。按照惯例，小皇帝应该每天恭送咸丰的梓宫（灵柩）起运，然后从间道抄近路赶到梓宫当天计划停放的地方，恭候灵驾的到来。但是，慈禧不同意这样的安排，她说小皇帝载淳年纪太小，经不起这样的折腾，于是要求八大臣做出变通之法。八大臣并没有意识到其中的玄妙之处。他们经过商议后，决定让小皇帝和两宫太后在二十三日恭送咸丰梓宫运上灵车后，由载垣和端华等人扈从沿小路先行回北京，等到咸丰的梓宫到京城东华门外后，小皇帝再行跪迎；至于咸丰的灵柩，则由肃顺等人从大道后发，如此以来，八大臣便分成了两个队伍。八大臣的这个安排，不可避免地导致了他们的最终失败。小皇帝、两宫太后与肃顺等人护送梓宫的队伍分开行走，这使慈禧等人可以提前一至两天到达京城，这对于政变来说，时间已经是非常充裕了，因为奕等人早已在京城布置妥当。
更致命的是，护送小皇帝和两宫太后的载垣和端华等人与团队核心肃顺分离后，他们虽然可以提前进京，但这两人缺乏应变的能力，这也促使了他们的垮台。二十三日清晨，两宫太后带着小皇帝载淳到咸丰的梓宫前奠酒，在目送梓宫运出热河行宫的大门后，这一路人便直接向北京进发，而肃顺等人则护送着咸丰的梓宫沿着大道慢慢回京。在经过五天的跋涉后，慈禧一行于二十八日抵达京郊石槽。未等进城，慈禧便召见了在此等候多时的奕，详细商谈政变的具体程序。二十九日午后，两顶黑布轿子抵达了北京德胜门，前面一顶是慈安太后带着小皇帝载淳，后面一顶则是慈禧太后单乘。在奕的安排下，北京留守的王公大臣们都在道旁跪迎，而两宫太后则按原定计划，声泪俱下地向留京的众大臣控诉了肃顺等人欺侮她们孤儿寡母的恶劣行径。女人的柔弱是很容易得到同情和支持的，加上肃顺得罪的人太多，大多数大臣在奕和周祖培的鼓噪下，很快倒向了两宫太后。在随后的朝议中，两宫太后历数了肃顺、载垣和端华的种种跋扈之行，矛头直指八大臣。
在奕的暗示下，周祖培公报私仇、故作愤懑：“太后为何不将他们（八大臣）治罪？”二位太后装作不解，明知故问：“先帝遗诏任命他们为赞襄王大臣，能治罪吗？” 周祖培哂然一笑：“皇太后可先降旨解除他们的官职，再治罪不迟。”慈禧不假思索，抢先点头：“好，就这么办！”于是奕把早写好的治罪诏书奉上，两宫太后盖印，要治八大臣的罪。这时，载垣和端华两人闻讯赶来，他们见奕等人都在宫内，十分意外，便大声质问道：“你们这些外廷臣子，怎么可以擅自入内？”奕冷笑一声：“皇上有诏。” 载垣和端华大怒，说：“我辈未入，诏从何来？”（意思是只有他们才有资格写诏书。）奕冷冷一笑，向身边的侍卫们一挥手，载垣和端华后退一步，怒斥道：“谁敢动手？”话音未落，宫廷侍卫们已经上前将两人按倒在地，像捆猪一样捆了送宗人府关押--他们才不管是谁的诏书呢！在被押送出宫门的时候，载垣和端华还眼巴巴地指望着自己的随从在那等候，届时还有获救的机会；不料到门口一看，随从们连一点影子都没有了。原来，这些人早已被奕派人给驱散了。
事情到了这一步，载垣和端华仰天长叹，方知大势已去：他们把咸丰的遗诏当做上方宝剑，实在是太天真、太幼稚了！这种愚蠢的教条主义错误，最后反误了卿家性命！就在当天晚上，肃顺护送咸丰的灵柩驻于密云县的时候，醇郡王奕譞和睿亲王仁寿已经带着大队亲兵赶来，他们在解除了肃顺随从的武装后，随即一脚踹开肃顺的卧室大门，这时肃顺居然还横卧在床上与他的两个小妾调笑。随后，肃顺也被送到宗人府关押。一日之内，三个首犯全部擒拿归案。肃顺在宗人府见到载垣和端华后，怒道：“真后悔没早治此贱婢（慈禧）！你们要是早听了我的话，怎么会落到今天这个下场！”端华说：“事情都这样了，还有什么好说的！” 载垣则抱怨道：“我当时真不该听你的话！”原来，肃顺曾计划暗中谋害慈禧，但遭到了端华和载垣的反对。妇人之仁，终成大错。慈禧和奕导演的整个政变，从计划到实施也不过用了三天时间，可谓是迅雷不及掩耳。据某京师官员记载，政变当天（九月三十日）上午，乌云密布，天色阴沉，风声不止，到中午才风开云散。
天意如此！八大臣最后的结果是：载垣、端华赐令自尽，肃顺被判斩立决；其余五人，景寿因是额驸（咸丰的姐夫），被革职但保留公爵；军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛均革职，尚属从宽处理；肃顺和当年顺天科场舞弊案的柏葰一样，被斩于市口。柏葰被杀前曾说，“肃六他日亦必同我一样”，冥冥之中竟有报应！由于为人严苛，肃顺的群众基础极差。在被押赴刑场的途中，有许多因科考案和户部舞弊案受到牵连的人听说要杀肃顺，都一路跟着去看热闹，他们一边高呼：“肃老六，你也有今天！”一边拿泥巴瓦砾往肃顺的囚车上扔。不一会，肃顺的身上和脸上全是泥巴，面目全非，不可辨认。临刑之前，肃顺仍对慈禧骂不绝口，为了防止他说出更难听的话，刽子手以刀背筑其口，肃顺齿舌皆烂，犹喷血大骂不止；侩子手令肃顺跪，肃顺却挺立拒绝，最后在被大铁柄打断腿的情况下才扑地受刑，此人脾性之刚烈，亦属罕见。就在政变的当天，两道奏章同时送到两宫太后的手中。
一道是大学士贾桢、大学士周祖培、户部尚书沈兆霖和刑部尚书赵光联名上奏；另一道是护送咸丰灵柩的将领胜保--两道奏章都是请求两宫太后早日垂帘听政的。一朝天子一朝臣，在令载垣和端华自尽并将肃顺斩立决后，朝中一些大臣人心惶惶，生怕慈禧和奕等人会进一步追究，大搞株连，危及自己的前途命运乃至身家性命。但令他们吃惊的是，这次政变除了处置了八大臣外，其余也只处分了其他六名与肃顺来往密切的官员和相关太监。除此之外，并没有其他人受到牵连。慈禧的做法，和肃顺当权时动辄就是惩处几十乃至上百家的动静相比，简直是天壤之别。
在从肃顺等人家中抄得书信及账簿的时候，很多曾与肃顺等人书信来往的人都感到惶惶不可终日，但让人叫绝的是，慈禧命令将这些书信及账簿一把火全部烧掉，如同当年的曹操所为。这一举措，不仅为慈禧赢得了“恩泽惠下”的好名声，也着实体现了慈禧政治权谋的好手段。某清宫词说：“北狩经年跸路长，鼎湖弓剑黯滦阳；两宫夜半披封事，玉玺亲钤同道堂。”通过一系列的斗争与政变后，慈安太后和慈禧太后两个年轻的女人终于走出她们的深宫，并走向了男人们的权力场。由于当时八大臣给小皇帝拟定的年号是“祺祥”，所以历史上把这次政变称为“祺祥政变”，而这年是辛酉年，因此也被叫做“辛酉政变”。
