光绪六年（1880年）中秋节的前两天，病中的慈禧太后派遣太监李三顺给她的妹妹家醇王府送宫廷特制的中秋礼盒，于是李三顺便带着两个小太监拎着8个食盒，想走午门东左门出宫。按规矩，如果宫中敬事房没有通知门禁的话，太监是不许随便出宫的，因此当他们到达午门的时候，把守的护军照例不许他们通行。这些太监一向骄纵成性，李三顺又以”西佛爷懿旨“为护身，非要从这里强行通过，结果双方发生争执，守门的护军玉林、福祥、忠和等人坚决不予放行。几人的大声争吵，把当值的护军统领岳林、护军营章京和午门”司钥长“等人也都惊动了，他们纷纷过来劝解，让李三顺先通过敬事房办好手续再出宫。李三顺在小太监面前觉得丢了面子，于是便硬闯午门，结果护军玉林在拦阻的时候，也不知道是他碰倒了食盒还是李三顺故意将食盒丢在玉林身上，食盒掉落在地上，食物散落一地。李三顺负气之下，便回报慈禧太后，说午门护军无理取闹，不但不让他们出宫，还故意打翻了送往醇王府的食盒，连自己也挨了打，一点都不把太后放在眼里。
正在病中的慈禧本来就心情烦躁，听到这事后立刻肝火上升，当即打翻了正待吃的药碗，大骂道：”这帮兔崽子，我还没死，就敢欺负到我的头上来了！“随后，慈禧立刻派人去将慈安太后请来，哭诉她被人欺负，口口声声说要是不将这几个护军杀掉的话，她就不想活了。慈安太后见慈禧发此盛怒，只好将此事交给刑部处理，并亲自交代刑部尚书潘祖荫，要将护军玉林等三人斩首。潘祖荫不敢怠慢，随后便召集刑部各司最精干的、人称”刑部八大圣人“的8名官员一起审理此案，但这8人经审理后均认为护军无罪，于是他们上报潘祖荫说：”既然交给刑部处理，那就应当依照大清律例，如果太后非要杀之，本部不敢与闻。“慈禧接到这个处理意见后，更是气得两眼发直，她随后带病召见了潘祖荫。在召见过程中，慈禧捶床痛骂，又哭又叫，几如村妇骂街，潘祖荫被骂得冷汗直流，不敢做声。回去后，潘祖荫只得下令重判，玉林、福祥被革去护军，销除本身旗档并发往黑龙江充当苦差，遇赦不赦；忠和著革去护军，圈禁五年，著枷号加责；护军统领岳林交部严加议处。
这个处罚结果出来后，朝中很多官员议论纷纷，认为对护军等人处罚过重而对太监却不置一词、过于偏袒，这样只能助长了太监们的气焰，以后流弊无穷。这时，朝廷中的”清流“官员首先站了出来，为护军抱不平。这里所谓的”清流“，指的是同治、光绪年间清廷中的一批言官，他们取法儒家传统，以刚正不阿相标榜，以评议时政、上疏言事、弹劾权臣、指斥弊政而闻名。这些人大都是出身翰林或者御史，每遇应言之事则一拍而起，声讨纠弹，相互呼应，时人又称之为”清流党“。由于这些人大多是没有实权的言官，慈禧为牵制恭亲王奕和地方上的汉人实力派，也有意纵容他们作为平衡力量。正因为如此，同治、光绪年间那些”清流党“争相弹击，言辞凌厉，成一时之风气。一般认为，晚清的”清流党“分前后期，其中可以中法战争为界限。
前期清流以军机大臣李鸿藻为首领，其中有张之洞、张佩纶、陈宝琛、黄体芳、宝廷、邓承修等人为主要人物；后期清流则以户部尚书、帝师翁同龢为宗主，盛昱、王仁堪等人是主力，后来又有志锐、文廷式等人参与其中，这些人在甲午战争前后因拥戴光绪而又被人称为”帝党“（与拥戴慈禧太后的”后党“相对应，这是后话）。另外，前期清流多为北方人，所以也有人称之为”北派“；而后期清流多为南方人，故也被称为”南派“。在光绪初年，张之洞、张佩纶、宝廷、黄体芳四人被合称”翰林四谏“，在当时的政坛上风头极健，为士人所瞩目。午门案发后，”清流党“激愤异常，决心一逞锋芒，讨个公道。张佩纶最先看到午门案的上谕，于是便告诉了时任翰林院左庶子的张之洞，张之洞又去找了右庶子陈宝琛，两人一商议，便决定分别上奏。陈宝琛写了一折一片，指出护军是奉职行令，如此处罚将造成护军不敢严守禁门，以后太监只要说声”奉有中旨“，护军便不敢阻拦放行，势必造成严重后果。写好后，陈宝琛让人送给张之洞征求意见，张之洞觉得附片的口气太激烈，劝他不要上奏。这时，张佩纶来访，看了奏片后拍手称赞，连说不用可惜，于是陈宝琛便将一折一片同时上奏。
与此同时，张之洞也写了一个很长的奏折，在奏折中，他没有为护军辩护，而是从防范太监的角度入手，以历史教训为鉴，警告慈禧要防止宦官专权。不仅如此，张之洞还特意举出嘉庆年间有太监内应的”林清之变“及其当时发生的”天棚火药案“、”刘振生擅入宫禁“案，以加强他的观点。张之洞与陈宝琛的奏折几乎同时上达，慈禧接到后反复思量，特别是张之洞所提到的”天棚火药案“和”刘振生擅入宫禁“案，更是让她觉得事态严重。说来也巧，”午门护军案“后，宫中又连续发生了两个案子，其一是内务府工匠在拆除宫殿遮阳防暑的天棚时，在长春宫的屋顶天棚上发现了大包黑火药和引信。长春宫是慈禧的住所，此案案情重大，当时内务府都不敢将此事禀告病中的慈禧太后。不料此事尚未查明，又发生了”刘振生擅入宫禁“的事情，而且这次还让慈禧亲自撞见了。当年十一月初八中午，慈禧在路过体元殿西配殿的时候，居然发现一个身穿老羊皮袄的中年汉子坐在台阶上一边抽烟，一边吐痰，气得是差一点晕了过去。经过审问后得知此人名叫刘振生，他认识一个名叫魏丰的苏拉（宫廷杂役人员），于是央求魏丰带他进宫长长见识，一饱眼福。
这个魏丰也是不知死活，竟真的把他带入宫内。由于午门案的教训，这段时期护军不太敢盘查太监、苏拉，于是二人安然入宫。二人入宫后，魏丰有事走开了，老刘胡走乱走，不巧被慈禧撞见。此事发生后，神武门当值护军及刘振生所经各处值班失察的太监，一大批人都受到严厉的处分，刘振生则被斩立决。在张之洞和陈宝琛两人奏折的警示下，慈禧宣布撤销之前午门案的处罚上谕，交刑部重新改判：玉林改为杖100，流2000里，福祥改为杖100；忠和改为杖100，圈禁2年；岳林免交部议处；太监李三顺责30板；首领太监刘玉祥罚月银6个月。
据说，禀理此案的恭亲王奕在反复阅读张之洞和陈宝琛的奏折后，拍案赞叹：”这才是真奏书！“诚然，在慈禧盛怒、百官缄口的情况下，清流党人敢于大胆上争并为护军挽回死局，的确令人刮目相看。不过话说回来，清流人物虽然饱学善辩，文章做得漂亮痛快，而且攻讦当权者不留情面，但言谈之间大多”闭门造车“，不通实务。当时的慈禧也认为，清流中的大多数人物可以做言官，或者还可以做学官，但缺乏稳重成熟的务实干员，难以担当重任。倘若那些”清流“闹得凶了，便要让他们去做做实事，吃吃苦头，也乘机杀杀他们的威风。果不其然，慈禧后来还真就用上了这招。
