光绪六年（1880年）的时候，慈禧得了一场大病，当时北京的御医都束手无策，于是朝廷便以光绪的名义发了一道上谕，让各地火速推荐医术高明的医生前来北京为慈禧太后看病，越快越好。慈禧这次生病的原因，主要还是多年的积劳成疾，由于病情沉重，后来治病和调理的时间都比较长。正当人们感到担忧的时候，宫中突然传来消息，太后崩逝了！令人吃惊的是，人们大都以为死的是慈禧太后时，事实上死的却是慈安太后。《清稗类抄》中记载了时任军机大臣的左宗棠的一段话，当他听说慈安太后突然暴病身亡，便顿足大声说：”昨早对时，上边（慈安）清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？“而据宫中的记载，在慈安太后突然去世前的一天，她的确照常召见了大臣，当天除了”两颊微赤“外，并无其他异常。第二天（光绪七年三月初十日），慈安太后感到身体不适，当天就安排休息而没有办公，不料到了晚上便突然去世了，当时年仅45岁。慈安太后的突然崩逝，不但让人感到意外，也让人感到疑窦丛生。
事实上，在人们的印象中，慈安太后的身体一向康健，这次病情何以会如此之重、又如此之快呢？对此，民间议论纷纷，由此也演化成诸多的稗官野史。《清代野记》中说，咸丰在热河临危之际，曾经密授一纸朱谕给慈安太后，说如果某人恃子为帝，骄纵不法的话，你到时即可按祖宗家法惩治。咸丰驾崩后，慈禧太后果然热衷于擅权，甚至宫闱之中也传出了荒淫丑闻。某年，慈禧太后忽然患重病，几至不治。后来有人说是血崩，说是李莲英经常带一个宫外的小伙计史某进宫游玩，小伙子长得身材苗条，面容俊美，有一次被慈禧太后看见，问其是谁，李莲英只好据实回奏。慈禧太后并没有怪罪，反转怒为喜，转而将之藏在宫中，昼夜宣淫，不久便有血崩之疾，史某也被杀人灭口；也有说后来生下了光绪，随之送往自己妹妹家（醇亲王府）收养，这也就是慈禧太后不为同治立嗣的原因所在。也许是慈禧闹得太不像话了，某日，慈安太后在宫中设酒和慈禧太后共饮。酒至中巡，慈安太后屏退左右，和慈禧说起当年热河咸丰死后，肃顺专权及其政变后励精图治的事情，慈禧太后也颇为感伤欷歔。
随后，慈安太后话锋一转，说：”我们老姊妹现在年纪都大了，我们两人相处了20多年，彼此同心。今有一物，乃是当年先帝所赐，有必要拿给你看一下。“随即，慈安太后便从袖中拿出一函，乃是当年咸丰留下的遗诏。慈禧太后一见，吓得脸色发白，慌忙拜倒在慈安太后脚下，自称有罪，涕泪横流，苦苦哀求。自此，慈禧服侍慈安太后几于无微不至，丝毫不敢有所得罪。数年过后，慈安太后以为慈禧已无他心，便也逐渐放松了对慈禧的戒备。有一次慈安太后生了小病，一天正好慈禧来看望，慈安太后见慈禧左臂缠了一块白布，以为她受伤了，便问怎么回事。慈禧说：”前日参汁中，曾割臂肉一片同煎，聊表我的心意。“慈安太后大惊，感极而泣说：”我真没有想到你是如此的好人，先帝怎么会怀疑你呢？“随之，慈安太后便取出密谕，当着慈禧的面把它烧了。慈禧心头窃喜，后来便开始逐渐放肆。某日，慈安太后到慈禧住处，两人谈了一会话后，宫女送上一盒月饼，慈安太后尝了一个后觉得味道很好，说这似乎不是御膳房里做的吧？慈禧说不是，这是自己妹妹家做的，姐姐要是喜欢的话，明天再给你送过去。
慈安太后说太麻烦了，就算了吧。慈禧说，我们姐妹何必见外，我妹妹家就是你妹妹家。过了几天，慈安太后果然收到了慈禧送来的月饼，样式和味道和上次吃到的没什么两样。不料，当天晚上慈安太后便觉得腹疼难忍，御医来后也束手无策，没过多久，慈安太后便含恨去世，估计就是慈禧在月饼中下了毒。对于慈禧太后秽乱宫中之事，《栖霞阁野乘》里也有一旁证，说某丁姓翰林有一次被召见于圆明园。丁某一时去得早了，太监便将他引至一个小屋内暂时休息。丁某在屋里坐了一段时间，百无聊赖之下，突然看见茶几上有一碟蒲桃，颜色紫翠，颇为诱人。丁某忍不住嘴馋便偷偷吃了一颗，不料吃了没几分钟，丁某立刻觉得腹热如火，下体突然暴长尺许，一时都按捺不住。由于当时丁某身上穿的是薄纱衣，只见下面翘然挺举，想遮也遮不住。慌乱之下，丁某心生一计，他以手抚腹，随后又弯腰倒地，大声喊疼。太监们闻讯赶来，七嘴八舌地问他怎么了，得了什么病，丁某说自己大概是犯了急痧，现在腹疼难忍，太监没办法，只得奏明上面，请求让丁某先回家看病。
等太监们将他扶出园外，丁某这才缓了口气，据说当时走回去的时候，丁某还只能弯着腰，慢慢地走，到家之前都没敢直立起来。野史的说法固然生动有趣，但终究是禁不起推敲。事实上，慈安太后和慈禧太后的关系一向比较融洽，并不存在什么尖锐的矛盾。慈安太后虽然贵为中宫之首，但她本人识字不多，又为人和善，对政治也没有兴趣，每次见大臣的时候，往往诺诺如无语者；而慈禧太后则对政治颇有天赋，正好弥补了慈安太后的缺陷。在两宫太后的垂帘听政安排中，慈安德高望重，慈禧才干突出，可谓是相得益彰。在近30年的时间里，两个女人一直保持了相对和谐稳定的关系，这在以往的后宫历史中都是很少见的。当然，两人间也不是完全没有矛盾，比如前面提到的安德海被杀和同治选皇后之事。安德海是慈禧太后宠信的太监，他在出京南下的途中被山东巡抚丁宝桢杀掉，而其中是得到了慈安太后和恭亲王奕支持的；另外，同治在选皇后的时候，他违背了慈禧太后的意旨，却选择了慈安太后看中的阿鲁特氏，这让慈禧十分郁闷。她无法理解和原谅的是，自己的亲生儿子竟然会将慈安太后置于比自己更高的地位。
但是，这两件事也不足以证明慈禧太后对慈安太后怀恨在心，因为杀安德海的丁宝桢后来非但没有被慈禧太后非难，反而一升再升，死后还获得了”文诚“的谥号；而对于同治和皇后的不满，随着这两人的先后离世，慈禧太后也似无必要记恨于慈安太后。由此看来，说慈禧太后谋害了慈安太后显然只是民间传闻，事实的真相是，慈安太后的确是突然发病而亡。当时光绪的帝师翁同龢也担任了礼部尚书，由于他负责办理了慈安太后的丧仪，因此得以了解慈安太后的整个发病过程和死因。翁同龢在日记中记载了慈安太后发病后的脉案、药方和病情进展状况：”晨方：天麻、胆星；（脉）按云类风痫甚重。午刻一（脉）按无药，云神识不清、牙紧。未刻两方虽可灌，究不妥云云，则已有遗尿情形，痰壅气闭如旧。酉刻，一方云六脉将脱，药不能下。戌刻（晚八时前后）仙逝。“由此可以看出，慈安太后是突然发病，并有神识不清、牙关紧闭、尿失禁和痰壅气闭的临床症状，而御医脉案中判断的”类风痫甚重“，其实就是现在所说的脑中风，或者说是现代医学中说的脑血管疾病。爬梳历史记载的话就会发现，慈安太后的病其实早已有之。
翁同龢在日记中就曾经记载了慈安太后的两次发病史，一次是同治二年二月（1863年3月），慈安26岁的时候，当时病症表现为”有类肝厥，不能言语“，可能是中风的先兆，不过这次因为慈安年纪轻，很快便得到恢复。7年之后，33岁的慈安再次”厥逆半时许“，所幸治疗及时，没有产生严重后果。其实联系到之前慈禧太后生病的事情，就可以合理地推测出慈安太后为何会突然暴毙了。在慈禧生病的半年多时间里，朝政由慈安太后一个人权理，而慈安并不是一个善于理政的人，这对她来说无疑是一个极为繁重的苦差事，让她不堪重负、身心疲惫，进而引发昔日的宿疾。事实上，从发病前一日慈安太后”两颊微赤“的情况来看，这可能已经是脑血管疾病的前兆了。对于慈安太后后事的处理，慈禧的做法还是无可非议的。在慈安太后去世后，慈禧便立刻召集了在北京的王公大臣入宫商议安排慈安太后的后事。在天明之后，慈禧命太监揭开蒙在慈安太后脸上的”面幂“，令在座的王公大臣们瞻仰，当时惇亲王奕誴、醇亲王奕譞、各御前大臣、内务府大臣等人都亲眼看到过慈安太后的遗容。
在这个过程中，慈禧并没有遮遮掩掩，而是大大方方地安排一切，这也表明她心中无鬼。另外，对于民间传闻说慈禧慢待慈安太后、甚至只给慈安准备了一个很小的棺材之事，这也显系谣传。事实上，慈禧为慈安太后准备了一个很大的金匮，当时翁同龢也记载说慈安太后的”金匮甚大“，而且也是按照祖制将慈安太后的遗体在其死后的第二天放入棺材，而并非是民间所称的提早入殓。不管怎么说，与慈禧太后相处了近30年的慈安太后中年早逝，这让慈禧感到孤独和寂寞的同时，也为她后来的一人独裁专权扫清了道路。尽管慈安太后的死并没有引起清廷政局的任何变动，但其中潜藏的巨大变化却绝不可等闲视之。从某种意义上来说，慈安太后虽然极少参与政治亦无参政的能力与谋略，但慈安作为正宫太后，她的存在本身就是对慈禧独裁专权的一种莫大威慑和有力约束。换句话说，只要慈安太后在世，慈禧就绝不敢任意妄为、一手遮天。更微妙的是，慈安太后的死也使得唯一能平衡慈禧政治力量的奕集团失去了一个极为重要的依靠对象，而慈禧的党羽势力也由此大增，双方的平衡很快就会被打破。如此以来，即使当时的政局尚且风平浪静，但其中却是潜流涌动，随时都可能爆发出来。
