慈禧在全面改组了军机处后，中法战争也暂时进入一段和平期，法国人见清军已经基本退出了越南，便也想鸣金收兵，把胜利成果以条约的形式肯定下来。随后，中法之间又展开谈判，法国人提出的要求主要有两点：一是中国承认法国成为越南的保护国；二是允许法国在中国的西南地区通商。由于对继续战争缺乏信心，慈禧决定派李鸿章同法国人进行接触，经过短暂的谈判，李鸿章与福禄诺于1884年5月11日在天津签订了《中法简明和约》（又称《李福协定》）。《李福协定》主要有五款内容：中国承认法国与越南签订的条约和对越南的保护权；法国与越南修约时，不出现有损中国体面的字样；中国驻越清军调回境内；法国不索赔款，中国在中越边境开埠通商；3个月后，双方派遣全权大臣，制定详细办法。《李福协定》只是初步协定，具体条款还需要进一步议定，但法国人尚未等到和约具体议定，便急吼吼地要求中国军队撤军接防，结果在1884年6月双方在中越边境再次发生冲突，重新进入了战争状态。
事件发生后，双方相互指责对方破坏和约，强蛮的法国人竟然照会清政府，要求清军队立刻撤退，还要讹诈军费2亿5千万法郎（约合白银3800万两），如果不照办，法国就要占领中国一两个海口当做赔款的抵押。在法国的无理勒索下，慈禧仍旧想息事宁人，她派了两江总督曾国荃到上海与法国人进行谈判，但由于法国人的要求太过分，谈判没有结果。法国随后便将战火扩大到了中国东南沿海，战争进一步升级。几天后，法国便将它在中国和越南的舰队合编成远东舰队，以远东扩张的积极鼓吹者孤拔为统帅，准备攻占福州和基隆，扣押为质，作为谈判的筹码。不知道是巧合还是英明，就在法国人组建远东舰队的同一天，也就是1884年6月26日，在曾国荃的推荐下，淮军将领刘铭传被派往台湾督办军务，以加强台湾的防卫。结果法国舰队到达基隆后，非但没有占得任何便宜，反被打得狼狈逃窜。但法国人并不甘心失败，随后他们又将进攻的矛头指向了马尾军港的福建水师。
恰在此时，不知道慈禧是想杀杀清流党人的锐气还是有意加以历练，在朝廷中坚决主战的张佩纶被任命为钦差大臣，前往福建督办海疆事宜。书生典兵，大多有祸无成。由于当时认为和议将成，张佩纶和闽浙总督何璟、船政大臣何如璋、福建巡抚张兆栋、福州将军穆图善等人根据清廷”不可衅自我开“的训令，在法国军舰陆续闯入闽江口并进泊马尾港的时候，他们并没有进行任何的拦阻，生恐发生冲突，影响和局。在谈判没有结果的情况下，法国舰队决定在8月23日向福建水师发动了突然袭击。 当日下午一点半，马尾港中潮水涨平，天空突然黑云滚滚，风雨大作，在电闪雷鸣中，法国舰队猛然进攻，结果福建水师全军覆没。在马尾军港激战正酣的时候，钦差大臣张佩纶和船政大臣何如璋听到海港内的隆隆炮声后，竟然吓得赶紧从福州船政局的后山逃走。据当时他人的描述，当时天下大雨，电闪雷鸣，张佩纶吓得连鞋都掉了，跑到一半实在跑不动了，只好由亲兵拖曳着往前走，极为狼狈。
颇具讽刺的是，张佩纶不久前还在朝廷上慷慨陈词，情绪激昂地大骂别人卖国投降，等到朝廷真派他去福建主持军务时，却侈然自大，漫不经心，结果致此大败。据说法国舰队进入马尾港后，张珮伦居然把福建水师的所有战舰全部集中起来，和法国舰队近距离聚泊，并自称是背水布阵，置于死地而后生。后来的事实证明，这其实是为法国舰队聚歼福建水师创造了有利条件，如果福建水师的战舰分散停泊的话，损失是有可能降低的。文官好战，外行指挥内行，后果相当严重。钦差大臣张佩纶、闽浙总督何璟、船政大臣何如璋、福建巡抚张兆栋4人，后来被福建乡人戏称为”两张没主张，两何莫奈何“，一时间独领风骚的清流名角就此仕途暗淡，慈禧的这次任用，真不知是故意挫杀清流的锐气还是浪费人才。遭此大挫后，慈禧也坐不住了，她在谴责法国”专行诡计，反复无常，先启兵端“后，决定对法正式宣战，发动反击。鉴于敌我的实力对比，清廷制订了”海上防守、陆路进攻“的战略计划，其中重点在越南北部向法军发起反击。
但是，尽管清军在人数上占据优势，但由于和法军在武器上有很大差距，加上指挥失当，清军在1885年1月底便一路溃退，甚至还主动弃守战略要地谅山，直接退回了中国境内。随后，法军攻破越南通往中国西南地区的门户镇南关（今友谊关），战火等于烧到了中国境内。当地商民听说镇南关失守后，纷纷举家迁徙，战败的清军游勇也大都溃散，逃军和难民成群结队，蔽江而下，广西全省大震，人心惶惶。在危急形势下，新任两广总督张之洞上奏朝廷，举荐当时已经解甲归田的老将冯子材出山。在冯子材的指挥下，清军在1885年3月24日取得镇南关大捷，随后又在3月29日收复谅山并重伤了法军指挥官尼格里。在镇南关大捷的同时，西线战场上的黑旗军在与清军的相互配合下取得临洮大捷，法军全面溃败。当法军在镇南关和谅山惨败的消息传到巴黎后，好战的茹费理内阁在一片责骂声中轰然倒台。在这大好形势下，正当清军准备进攻北宁、河内，将法国侵略军彻底赶出越南北部地区的时候，慈禧却突然乘胜即收，停战撤兵，令前线将士一片愕然。
按理说，镇南关大捷本来使中国在军事和外交上都处于一个相对有利的地位，但慈禧却担心法国会”因愤添兵“，不断扩大战争，而这时主管谈判事务的李鸿章也认为”藉谅山一胜之威与缔和约，则法人必不再妄求“，以胜求和，免得兵连祸结。武人好战，情有可原，但作为大清帝国的总当家，慈禧考虑的可能要多一点。就当时的情况来说，虽然清军在镇南关、谅山等地大败法军，但法国舰队当时也占领了澎湖，对台湾地区形成了封锁状态，中法在陆海两个战场上，双方互有胜负，总体上形成一种均势。慈禧最担心的是，法国舰队万一像第二次鸦片战争一样北上攻击京畿，这就更加麻烦了，毕竟，中国的海军在海战方面和法国舰队根本不是一个级别。而且，战争耗费巨大，整个战争总共耗资1亿多两白银，清廷并为此欠债达2000万两，其中相当部分是以海关税收为担保，向外国银行所借的债款。财力上难以支撑，也是慈禧决定停战求和的重要原因。另外，俄国和日本当时也在虎视眈眈地看着战争的进程。拿俄国来说，早两年因强占伊犁的阴谋未能得逞，目前正企图利用中法战争浑水摸鱼；而中法战争期间，日本策动朝鲜的亲日派开化党发动”甲申政变“遭到失败后，也不断鼓吹武力侵朝。
慈禧当时最担心的就是，万一法国和日俄勾结，南北呼应，到时清廷根本无法同时应对两场战争。此外，当时台湾仍受到法国舰队的严密封锁，形势险恶。而越南当局在中法战争中一味妥协投降，甚至在法国人的胁迫下公开断绝了同清廷的宗藩关系。越南的离心离德，也让清廷心灰意冷，失去了继续援越抗法的信心和理由。正是出于多种考虑，慈禧在权衡利弊后，决定舍越南而保台湾，承认越南沦为法国保护的现状。恰在此时，法国茹费理内阁垮台，新的法国政府对持续的战争也感到不堪重负。
正因为双方都不想再打下去，两国间已进行了多日的秘密谈判便开始互相妥协，彼此都表现出和平解决的意愿。1885年6月9日，中法双方在天津签订《中法会订越南条约》（通常称《中法新约》），和约共10款内容，其中清廷承认了法国对越南的保护权，法国也由此打开了通往中国西南的商业之路（通商倒未必就一定意味着不平等）。现在很多人批评慈禧当时乘胜求和导致不败而败，这颇值得商榷。当时的大清帝国，在西方列强面前，远谈不上是什么大国，在自己国力并不强大，且万事待兴的情况下，去保卫一个没有太多利益且已经单方面宣布中断传统关系的藩属国，未必是一个明智的选择。就这点而言，倒也不便过分苛责慈禧。
