在奕和他的同事们被赶出军机处后，清廷的政局发生了微妙的变化。在任命了礼亲王世铎、户部尚书额勒和布、阎敬铭、刑部尚书张之万、工部左侍郎孙毓汶为军机大臣后，慈禧又规定军机处在大事处理上必须会同醇亲王奕譞商办，实际上就是以奕譞代替了奕的军机处领班职位。按理说，醇亲王奕譞是光绪的生父，他应当回避朝政才对，何况奕譞这个人也算乖觉，他在自己的儿子被定为皇上后，很快便上疏说自己得知此消息后，”身战心摇，如痴如梦“，致使”旧有肝疾等症“发作，委顿成废，请求辞去各项差使，免得其他大臣们弹劾他以皇帝生父的名义干政。在得到慈禧的批准后，奕譞闭门谢客，做出不问政事的高姿态，以求自保并借以保护深宫中的儿子光绪。对于奕譞的表现，慈禧是非常满意的。作为补偿，慈禧很快将奕譞的醇亲王爵赏为世袭罔替，并给予今后碰到”皇帝升殿和皇帝万寿“的时候可不用随班行礼（因为按儒家学说，即使儿子是皇上，父亲也是不应该给儿子行礼的）。
事实上，在老六奕和老七奕譞两个小叔子中间，慈禧明显要偏向奕譞，因为奕譞不仅仅是自己的妹夫，而且他不像奕那样有主见和咄咄逼人。当年扳倒肃顺八大臣时，奕譞还亲自带兵捉拿了首犯肃顺，对慈禧可谓是忠心耿耿，大可放心。慈禧的决定很快遭到了言官御史们的反对，因为他们认为醇亲王奕譞参与政事不但在礼仪上多有不便，而且会引起”太上皇“的隐忧。对此，慈禧不以为然，她并不担心奕譞作为军机领班会造成什么隐患，因为她相信自己具备操控朝政的能力，也深知奕譞对她一贯是效忠尽力，服从有加。可惜的是，忠心未必能干，没主见也往往意味着没能力，这总是相对应的。相比而言，奕譞的能力和城府远不如六哥奕，加上他总担心别人会说自己以”太上皇“的名义干政，生怕慈禧对他起疑心，遇事也总是畏畏缩缩，不敢当头。更让人担忧的是，此人的政见和行为方式与奕大都不合，这显然会给朝政转变的缝合带来麻烦。对于奕譞的能力，慈禧岂有不知。不过，任何专制者选人的标准首先是忠心，能死心塌地为自己服务，那就是他们最为看重的。
在慈安太后病逝、奕被扫地出门后，失去了制衡力量的慈禧也就开始有点由着她的性子来执政了。可惜的是，慈禧毕竟是个文化程度有限、见识相对浅陋且又缺乏战略眼光的深宫女主，由此清廷的政局也开始步入一个平庸而缺乏朝气的局面，这和奕当政的时候显然差了一大截。从新的军机处人员明显可以看出这点，比如名义上的军机领班礼亲王世铎，他是一个才见平庸的老贵族，乃清初入关后世袭罔替铁帽子王之一。世铎是礼亲王代善的九世孙，道光三十年（1850年）承袭礼亲王，并在同治年间被授内大臣、宗人府右宗正、宗令等职。世铎为人平和，平日里和颜悦色，从没有和人红过脸，但这个老好人最大的毛病便是遇事毫无主见，只知道一味敷衍，唯顶头上司眼色行事。譬如，在醇亲王奕譞被任命为统领军机后，老先生虽然贵为首席军机，却凡事均前往奕譞处讨主意，即使风尘仆仆，亦不为苦--说白了，就是不愿意承担责任罢了。世铎这样的人，在中国的官场上很多，不但不会出什么事，而且仕途上还官运亨通，这世铎就做官一直做到清朝灭亡。可惜的是，他肯定不是什么有作为的好官。
另一位满人军机额勒和布是满洲镶蓝旗人，咸丰二年（1852年）的进士，后来做过军事将领，在东北镇压过马贼，还在新疆当过乌里雅苏台将军。在一度病休后，清廷重新任命他做理藩院尚书、户部尚书和内务府大臣等职务。总体而言，在官员们揽权纳贿的晚清，额勒和布的操守廉洁但才具一般，而且他本人一向木讷寡言，不善于与人交往。和额勒和布经历相似的军机大臣张之万，他是道光二十七年（1847年）的状元，而且和张之洞一样，同是河北南皮人。张之万曾历任修撰、河南学政、内阁学士、礼部侍郎兼署工部等职，他还在同治初年参与编写了《治平宝鉴》（慈禧的政治启蒙书），得到了慈禧的重视。和曾国藩一样，张之万在太平军起义的时候以文人典兵，在河南巡抚的任上督师镇压捻军，并做过河道总督、漕运总督，后来又做过浙闽总督，光绪八年（1882年）的时候，张之万调任兵部尚书，这次他入值军机处，还兼署吏部尚书。至于另一个军机大臣孙毓汶，他在46岁的时候才科举中第，虽说是个探花（咸丰六年，1856年），但人生经历不是很顺利，由此也养成了善于察言观色的性格。
孙毓汶在太平军时期曾回原籍举办团练，以抗捐被劾而革职遣戍，直到同治元年（1862年）才靠输饷复官。受此挫折后，孙毓汶更是锐气全无，凡事只管一味寻思上头的意思，后来他想方设法结交了宫中第一太监李莲英，由此成为慈禧的宠臣。时人对孙毓汶的评价不高，不过众人都承认他拍马屁的功夫确是一流。实事求是地说，奕譞的这套新班子，无论是在威望、见识、能力乃至人品上，还是在国际事务和国内政情的了解上，都比奕那届军机班子相差甚远。唯一的亮色，是户部尚书、人称 ”救时宰相“的阎敬铭。阎敬铭和孙毓汶一样，也在科举和仕途上走得不顺，但多年的挫折和历练反使得他更为清廉耿介。野史《春冰室野乘》中说，阎敬铭长得身材短小，相貌古怪，二目一高一低，一副未老先衰的模样，阎敬铭为此没少吃亏。有一次升迁考核中，阎敬铭本大有希望，但被考核的官员刚一列好队，负责考核的某亲王就被阎敬铭的怪模样吸引住了，他看了看，觉得此人长相不雅，不适合升官，便高声道：”阎敬铭先起去。“把阎敬铭给气得半死。
不过，阎敬铭虽然长得”其貌不扬“，却”心雄万夫“，他为官数十年，严正无私，诸多恶势力都对他畏惧有加，人称”活阎王“。阎敬铭一生最大的成就在于理财。1882年阎敬铭上任户部尚书的时候，户部官员素质低下，账目混乱，一些贪官往往利用职权中饱私囊，危害很大。阎敬铭上任后，决心革除积弊，力行改革。他上任的第一天，就亲自看账，并找来各管事的官员问账，结果发现无论是领办、会办还是总办，居然都不知部库的存银几何、出纳几何和盈亏怎样，有的人甚至连算账、看账都不会。户部掌管朝廷的财政命脉，但因为管理无方，竟然成为官员贪污的利薮，阎敬铭调查了实际情况后，上奏朝廷说：”满员多不懂筹算，事权多半由胥吏掌握，这些胥吏平日弄虚作假，贪得无厌，要想从根本上厘清度支账目，凡南北档房及三库等处，非参用汉员不可。“由于当时清廷财政困难，库款亏空，于是同意了阎敬铭的整顿要求。在阎敬铭的主持下，户部采用了新的度支记账制度，随后又裁退了部分蛀虫官员和胥吏，并重新选用了一些有才干的汉人官员，从而扭转了清政府的财政困窘状况。阎敬铭经手的国库银子数额巨大，数不胜数，但他本人却是一个出奇的俭朴之官。
1877年，山西省遭遇灾荒，出现了大量的饥民，清廷虽然屡派官员前去赈济，但饥情并没有得到缓解，于是派阎敬铭前去视察赈务。阎敬铭到山西后，穿一身粗糙的”褡裢布“做的官服上班，要是见到属下也都穿着绸缎的，定要被他责骂，甚至要罚捐饷济灾。阎敬铭升堂办公的时候，属员们经常听到后面的机声轧轧--原来，阎敬铭的夫人就在大堂之后纺织，他家冬天的衣物絮袍，都出自其夫人之手。在阎敬铭的主持下，山西的灾情才稍微缓解。
《清稗类钞》里有个趣闻，说阎敬铭家中饭食极其粗陋，有一次他请某新上任的学政来家里吃饭，桌上摆的都是些干烧饼和蔬菜，一点肉食也没有。阎敬铭还像往常一样吃得津津有味，而学政大人则目瞪口呆，根本无法下筷。阎敬铭一边嚼着烧饼，一边还不断劝学政多吃，学政没办法，只得勉强吃了半碗米饭，随后赶紧匆匆告退。回去后，学政对别人大吐苦水：”阎大人这哪里是在请客，简直就是祭鬼啊！“阎敬铭的小气很快便和慈禧的铺张浪费发生了冲突。在光绪亲政的前几年，慈禧太后想将颐和园重新整修一下，以便自己撤帘归政后能够住在里面颐养天年，但由于重修工程规模浩大、费用惊人，身为户部尚书的阎敬铭推三阻四，不肯拨银子，这也就引发了后面的北洋舰队军费之争。
