就在这战局紧张的时候，宫廷内又起波澜。11月底，慈禧突然撇开光绪，在仪銮殿单独召见了各亲王王公和军机重臣。在讨论完时事后，慈禧随即宣布，将光绪的瑾妃和珍妃降为贵人。这又是怎么回事呢？原来，隆裕皇后虽然靠着慈禧的扶助当上了皇后，但这段包办婚姻非常不幸福。据说成婚当晚，光绪便因早泄而未成好事，而年长光绪3岁的隆裕皇后对男女之事已经有所了解，她仗着慈禧的袒护，与光绪相处时多有轻蔑。可以想象，光绪和隆裕皇后在婚后也基本没什么感情，两人在一起经常是默坐无语，冷淡通宵。由此，瑾妃、珍妃姊妹便抓住机会，她们利用女人的本性和智慧去博得光绪的宠爱。特别是年纪更小的珍妃，她为人聪明伶俐，容貌也相对漂亮，她借着皇帝的宠爱，有时还会协助光绪处理政务，就像当年的慈禧所做的一样。不仅如此，她还向光绪极力推荐了她的兄弟志锐和以前的蒙师文廷式。据说，珍妃还曾试图卖官鬻爵，为河南巡抚裕宽走门路，后来被李莲英发现，密告了慈禧。慈禧得知后十分恼怒，心想这人几乎就是多年前自己的化身，但慈禧鉴于自己已经归政，只能暂时隐忍不发。
在甲午战争中，志锐和文廷式都属于十分激烈的主战派，他们和光绪的师傅翁同龢遥相呼应，俨然已有”帝党“之象。由于他们与光绪的特殊关系，这不但影响了当时政策的制定，也引起了慈禧的警觉和不快。对于光绪在甲午战争中的表现，慈禧太后是十分不满的，她认为光绪现在之所以越来越不听她的话，其中的原因就是珍妃和志锐、文廷式这些人在其中鼓唆，误国害民。特别是志锐等人，他们也不管敌我力量对比和形势变化，开战前意气风发，大骂日本蕞尔小国，鼓动皇帝开战教训小日本；等到战争失利了，就知道叫嚣惩罚当事人，杀几个人来以儆效尤。特别有一个名叫安维峻的御史，竟然公开上折指责慈禧干政，要求给光绪皇帝以实权，这更是让慈禧大为恼怒。对于这些书生清流，慈禧本意是借以利用，平衡各派势力，但现在局势紧张，人心不稳，这些人的言论和观点就显得极为刺耳了。
眼看战争一再失利，慈禧觉得自己要再不出来的话，恐怕局面难以收拾，于是慈禧便首先拿珍妃姐妹和志锐等人开刀，并予以严厉打击：瑾妃和珍妃被降为贵人；志锐则被打发到乌里雅苏台去做参赞大臣，被远远地赶出了京城；安维峻被革职发往军台效力。慈禧太后对珍妃姐妹的打击，一来是惩罚珍妃姐妹的干政，二来是表示自己对光绪的绝对控制；而对志锐等主战派的打击，更是传递了一个明显的信号，那就是尽早结束这场战争，和日本停战议和。1895年的正月尚未过完，坚守了一个冬天的北洋舰队最终在日本海陆军的打击下全军覆没。而陆路战场上，清军也是败绩连连，从辽东到山东，日军都占尽优势。在这种情况下，清廷即使不想议和也是没有办法了。1895年3月14日，李鸿章等人迎着潇潇春雨，前往日本马关谈判和约。一路上，李鸿章愁怨满腹，快到马关的时候，他吟诗一首：”晚倾波涛离海岸，天风浩荡白鸥闲；舟人哪知伤心处，遥指前程是马关。
“在马关谈判的日子里，年事已高的李鸿章不但被伊藤博文百般羞辱和嘲弄，在谈判途中还曾被日本浪人小山丰太郎刺袭，脸上挨了一枪不说，差点就命丧东瀛。纵观整个19世纪，国际社会中可谓是流氓当道，各国谈判的地位主要是靠拳头的软硬来决定，此时的李鸿章，哪里还有什么办法。春帆楼外，冷雨潇潇，李鸿章在春帆楼与日方最后议定的《马关条约》内容如下：一、中国认明朝鲜国确为完全无缺之独立自主；二、中国割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属各岛屿给日本；三、中国约将库平银二万万两交与日本，作为赔偿军费；四、开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，日本臣民可在各口岸自由通商设厂。《马关条约》的消息传出后，举国哗然。翰林院83人和内阁官员上百人联名上奏反对和约，前线的宋庆、李秉衡等人也纷纷上书要求拒约再战。此时，正好北京举行会试，各省举人大为激愤，他们公推康有为上万言书，提出”迁都练兵变法“三策，这就是历史上的”公车上书“，也是维新变法之发端。
在大臣们和举人们的压力下，光绪这几日焦灼万状，思前想后，”徘徊不能决，天颜憔悴“，而慈禧的宠臣孙毓汶却多次拿着和约请求光绪批准。如此看来，慈禧做好了吞下这个苦果的准备。在海军已覆、陆战不能的万般无奈之下，光绪也只得在5月2日批准了和约。《马关条约》签订后，在俄国、德国和法国的压力下，日本被迫归还了辽东半岛，但需清廷额外支付3000万两”赎辽费“，堂堂大清帝国沦落到这个地步，也是慈禧所没有想到的，怪不得后来有人写了这样一副对联来讽刺她的六十庆典：”万寿无疆普天同庆，三军败绩割地求和！“甲午战争的惨痛失败，既意味着搞了近30年的洋务运动失败了，而这也是慈禧执政30多年的巨大失败。在战争结束后，李鸿章作为替罪羊被从权力的顶峰上踢落下来，他在搬到贤良寺暂住的日子里说了这么几句话：”十年以来，文娱武嬉，酝成此变。平日讲求武备，辄以铺张靡费为疑，至以购械购舰悬为厉禁。一旦有事，明知兵力不敌而淆于群哄，轻于一掷，遂至一发不可复收。
“李鸿章的愤懑之语，何尝不是慈禧执政多年的写照。在经过一段时间的冷静思考后，李鸿章又苦叹道：”老夫办了一辈子的事情，一是练兵，二是海军。如今看来，都是些纸糊的老虎，何尝能真正放手办理，不过勉强涂饰，虚有其表。若不揭破，犹可敷衍一时。如一间破屋，由裱糊匠东补西贴，居然成一净室。即有小小风雨，打成几个窟窿，随时补葺，亦可支吾对付，乃必欲爽手扯破，又未预备何种修葺材料，何种改造方式，自然真相破露，不可收拾，但裱糊匠又何术能负其责？“李鸿章的辉煌正是慈禧执政时期的集中体现，可洋务运动搞了近30年，洋枪洋炮洋船都买了；洋人也请了；北洋舰队也像模像样了，可惜那还是中看不中用的”纸老虎“而已！甲午战争的彻底失败，李鸿章承认自己只是个”裱糊匠“，大清朝也不过是一间”东贴西补“、经不起风吹雨打的 ”破屋“罢了。对此，慈禧又怎能不感伤难受，但是，正所谓”结构不变、结果不变“，如果不能从根本体制上着手，即使洋务搞得再好，北洋舰队看起来再强大，终究不过是”裱糊“而已。正因为如此，变法图强的呼声也开始在这个古老的帝国迅速兴起了。
