甲午战争的失败使得年轻的光绪感受到前所未有的巨大屈辱，而1897年底因”曹州教案而引发德国强行租借胶州湾的事件，更是使中国陷入了被列强瓜分的危机当中。此时，以康有为等人主张的变法主张便很快引起了光绪的重视。康有为出身官宦世家，从小熟读经书，后来又接受了西方文化的熏陶，在当时有学贯中西、博古通今之称。1895年春，在得知《马关条约》即将签订的时候，康有为组织了历史上著名的“公车上书”，主张“拒和、迁都、再战”，可惜局势所迫，他的主张没有得到光绪的采纳。康有为虽然自诩学识渊博并自封“圣人”，但他在科举的道路上走得并不顺利，一直到1895年才中了进士，而当时他已经快40岁了。在中式之后，康有为被授予户部主事之职，这显然不足以满足康有为的雄心大志。在国难危机日益加重的背景下，康有为与弟子梁启超等人先后组织了强学会和保国会，宣传变法主张，而这正好与当时光绪的想法不谋而合。就在这时，有两个人相继离世，这对当时的政局产生了微妙的变化：一是光绪的生母、慈禧的亲妹妹那拉氏在1896年6月去世。
那拉氏是慈禧和光绪之间亲情联系的纽带，有她在，慈禧总归是要给自己的妹妹一点面子；而且，一旦慈禧和光绪发生矛盾，那拉氏也可以充当一个调停人的角色。但那拉氏的去世，使得慈禧和光绪的矛盾立刻暴露无遗。二是恭亲王奕在1895年去世。以奕多年的威望，他不但是清廷中足以平衡各方势力的重要人物，同时也是慈禧和光绪之间的另一位重要调解人，他的去世也使得朝廷中各派势力开始重新洗牌。在奕去世后不久，光绪便想利用这个机会进行变法维新，当他将自己的想法告诉首席军机庆亲王奕劻后，又抱怨说：“太后若仍不给我事权，我愿退让此位，不甘做亡国之君。”慈禧太后听了奕劻的转述后，愤怒地骂道：“他不愿坐此位，我早已不愿他坐之！”经过奕劻的极力劝说，慈禧太后才消了气，恨恨地说：“由他去办，等办不出看他怎么说！”庆亲王回去后，却没有把慈禧太后大怒的事情告诉光绪，而只是轻描淡写地说：“太后不禁皇上办事。”光绪得到这个消息后喜笑颜开，于是在当年6月11日便意气风发地颁布《明定国是诏》，正式拉开了百日维新的大幕。
但是，变法的大幕还没拉开几天，慈禧太后便免去了光绪的师傅翁同龢的一切职务，将之驱逐回籍；与此同时，慈禧太后又任命了自己的亲信荣禄署理直隶总督。慈禧太后的决定既出人意料，也可谓是老谋深算：她将帝党首领翁同龢罢黜，这让维新派失去了一个家长和缓冲的余地；而任命荣禄则确保了其对京师的绝对控制。可惜的是，此时的光绪和康有为等人并没有察觉到危险的到来。就在翁同龢被罢黜的第二天，康有为在觐见光绪时，不仅没有为翁同龢的免职提出任何异议，反而鼓励光绪将更多守旧的高官剔除出局。据说康有为在朝房等候皇帝召见的时候，恰好遇到了新任直隶总督荣禄。荣禄问康有为如何才能够补救时局时，康有为语出惊人，他说将那些守旧的高官免职出局还不够，最好能够杀几个一品大员。荣禄听后大为震惊，随后便到慈禧太后那里密告此事。除了荣禄在慈禧太后面前大说坏话外，那些觉得自己朝不保夕的反对派们也纷纷跑去告状，跪求太后回朝训政。慈禧太后见自己威望还在，心里十分舒坦，一直笑而不答。
那些人不知所以然，又跑到天津督署向荣禄诉苦，荣禄深知慈禧太后的用意，便笑道：“先让他（光绪）去胡闹几个月嘛，闹到天下共愤，恶贯满盈，不就好办了吗？”不错，在守旧派的眼里，当时光绪皇帝发布变法维新的上谕简直就是胡闹。这100多天里颁布的政策，主次不分，贪多求全，又大都没有经过反复协商和权衡利弊便匆忙推出，这不但激化了各利益中人的矛盾，往往也使得这些政令在现实中不具备可操作性。由此，下面的各省督抚们除了湖南巡抚陈宝箴力行新政外，其他人对于这些新政诏令几乎视同儿戏，他们要么推诿敷衍，要么就干脆不予理睬。七月中旬，光绪下诏裁撤詹事府、太仆寺、太常寺等中央衙门和地方部门，据时人描述，当时立刻导致京城里失业或者连带的人就有上万人，朝野为之震惊。裁撤当日，被裁的部门“群焉如鸟兽散，衙门内不见人迹”。说白了，无论是改革还是革命，其变动的背后都意味着利益相关者的利益消长；任何新政的变法改革措施，都必然要冲击到一部分守旧派的既得利益。由于自身利益受到损害，守旧派官僚和那些既得利益者当然要拼死反对。
在变法过程中反对新政最厉害的，莫过于那些枢臣大吏和督抚大员。对于这些执掌旧政权的权贵来说，旧制度和以往的政策法令都是他们谋取私利的手段，一旦进行改革，这将使得他们失去已有的一切，对此他们怎么可能袖手旁观？所以，当康有为主张改革官制，大规模地裁撤冗署冗员时，很快便把绝大多数官员逼到了他的对立面。中国官场的传统是“只上不下”，裁撤冗署冗员，就是要敲别人饭碗嘛！从古至今，下岗再就业的安抚问题一向都是极难解决的。于是乎，利益受损的老旧官员们纷纷跪求慈禧太后回宫重新主持朝廷日常事务，也就丝毫不稀奇了。就拿礼部尚书怀塔布来说，他被光绪革职后，立刻到慈禧太后那里哭诉，称“皇上为左右荧惑，变乱朝政，求老佛爷做主”。后来，当光绪皇帝到颐和园向慈禧太后请安时，太上皇强压心头怒气，警告小皇帝不要轻易罢免自己挑选的那些老成持重的大臣，也不要随便提拔那些年轻的政治新锐，更不能想当然地改变大清王朝的既有体制。慈禧太后与光绪的矛盾，是最高权力之争，慈禧太后作为一个权力的攫夺者，她本能地对一切政治对手都报有极大的戒心。
光绪亲政后，从他甲午战争中颇为糟糕的表现来看，慈禧太后觉得光绪太年轻、太冲动了，没法让他放手大干。光绪毕竟不是康熙，他缺乏强硬的个性和突出的能力，但又有着年轻人常有的逆反心理，而这更加招致了慈禧太后对他的不信任和反感。当年的9月，光绪皇帝在没有请示慈禧太后的情况下，便下令将阻挠礼部主事王照上书的礼部尚书怀塔布、许应骙等6人全部革职，第二天又破格提拔谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭4人，让他们以四品卿衔担任军机章京，参与新政事宜。这件事，触发了保守派最为敏感的神经。过了不到10天，光绪前往颐和园向慈禧太后请示开懋勤殿时，立刻被慈禧太后劈头盖脸地痛骂了一顿。下午光绪皇帝回宫后，慈禧太后便接到御史杨崇伊（就是李鸿章的亲家，弹劾强学会的主）的一封密折，向慈禧太后控告了帝党文廷式和康有为兄弟的种种“不法行为”，并攻击光绪这两月以来，借口变更新法而斥逐老臣、广置党羽。不仅如此，杨崇伊还捏造光绪将聘请日本退役首相伊藤博文做顾问，并说要真是这样的话，那祖宗的天下不啻于拱手让人。最后，杨崇伊吁请老佛爷即刻训政，救官民于水火之中。
杨崇伊的密折处处打中了要害：折中所说的文廷式是珍妃和瑾妃的老师，也是维新派的干将，一向为慈禧太后所痛恨；杨崇伊捏造康有为兄弟随意出入宫禁，这让慈禧太后火冒三丈；而聘请伊藤博文的传闻更是让她大为不安，于是慈禧太后便于次日从颐和园提前回到宫中，意在监视光绪接见伊藤博文。再说光绪被慈禧太后痛骂一顿后，也是心中羞愤，随后便召见杨锐并赐以一道衣带密诏，说慈禧太后似乎不愿继续变法，而自己又权力有限，搞不好自己的位置都难保，让他们赶紧想办法，并称自己“实不胜紧急翘盼之至”。杨锐等人接到密诏后，书生们围在一起，一筹莫展，最后决定冒险拉拢袁世凯，实行兵变并囚禁慈禧太后。当时编练新军、手握兵权的袁世凯和维新派关系很好，在强学会成立的时候曾经捐助过一大笔款子，由此也被维新派引为己方。
就在政变爆发前，光绪还连续两次接见袁世凯并特赏其为侍郎。眼看形势紧迫，谭嗣同便自告奋勇去说服袁世凯举兵勤王，发动政变。梁启超在《谭嗣同传》里绘声绘色地记述了这样一个广为流传的故事，说戊戌年八月初三的深夜，谭嗣同径自造访了袁世凯的住地。两人见面后，谭嗣同便开门见山地问：“天津阅兵的阴谋（守旧派利用阅兵废黩光绪皇帝），你可知道？”袁世凯笑而不答。谭嗣同拿出密诏，说：“如今可以救皇上的只有你一人了，你愿意救就救！”趁袁世凯在看密诏，谭嗣同手抚自己的脖子道：“如果你不愿意的话，现在到颐和园报告慈禧太后，你也可以升官发财了。”袁世凯听后厉声道：“你把我袁某当做什么人了，圣主是我们共戴之主，我与足下同受非常知遇大恩，救护之责，岂是你一人！你有什么计划，愿闻其详。
”谭嗣同听到大喜道：“荣禄密谋在天津阅兵的时候废黩皇上，足下及董福祥、聂士成三军，都受荣禄的节制。到时如果政变，足下以一军敌彼二军，保护圣主，恢复大权，清君侧，肃宫廷，将是不世之业。”袁世凯有点为难，说：“要是皇上在阅兵的时候疾驰入我部队的话，到时传号令诛灭奸贼，我必定跟随诸君子之后，竭死相救。”谭嗣同还不放心，问道：“荣禄对你向来信赖宽厚，你到时怎么对待他呢？”袁世凯又笑而不答。这时，袁世凯的一个谋士插嘴说：“荣贼对待袁帅并非真心诚意。以前某公想增加袁帅兵力，荣禄说：'汉人未可假大兵权。'他向来不过是笼络罢了。”谭嗣同道：“荣禄确有曹操、王莽之才，绝世之雄，对付他恐怕不容易。”袁世凯怒目道：“若皇上阅兵时在我的大营，杀荣禄不过就像杀一条狗罢了。”两人商议妥当后，谭嗣同才告别袁世凯，消失在茫茫夜色之中。
