于右任以“名儒名将兼名士”自诩。他一生十分关注中国的教育改革与发展，开展了丰富多彩的教育实践活动，对现代中国的教育事业做出了重要贡献。
投身地方教育
于右任幼年的经历影响了于右任对学习和教育的态度。对旧教育不发达造成的求学困难他深有感触：“旧日求学之困难，或有志而无其时，有时而无其地，有地而无其师，有师而无其资。”对教育的热心关注，促使他奋勇地投身到了教育事业之中。
1903年，商州知州杨吟海聘请于右任为商州中学堂监督，此为于右任从事教育事业的开端。于右任在商州中学堂工作将近一年，他锐意整顿学风，严格考核课业，聘请名师讲授，潜心培养学生，致使商州中学声誉日隆，变成了名副其实的商州第一学府。
1917年，于右任回故乡三原西关，应父老之请，出经费支持西关小学，从此与家乡教育的发展紧密地联系在一起。1920年，为响应民主革命潮流，于右任改西关小学为“民治小学”，自己虽实为学校的创办者，却不用“私立”二字。在他的关怀下，教职员工年年增聘，学生不断增加。为提高办学质量，于右任请王麟生出任校长。王氏辛亥革命时曾与邵力子在《民立报》报馆共事，素孚众望。于右任虽奔波于政事，却时时关心着学校。1936年，民治小学有了初中班，校舍不足，他出资在校外渠南购地，为扩建校舍打下了基础。扩建后的校舍，大大改善了办学条件。民治小学的建立，为陕西地方教育的发展作出了重要贡献。于右任对这项事业颇为满意，认为“生平只作了三件于人民有益之事，即在原籍陕西三原办了个‘民治学校’、‘斗口农场’和‘标准草书’”。
于右任泽惠乡梓，促进地方教育的努力从未曾停顿。在办民治小学期间，他托农业专家段兆麟在三原县附近购买坡地约400亩，广植泡桐，派人专管，成材后以此作为全县小学补助之用。为培养学生成才，他还设置了“右任奖学金”，具体由县教育局约聘地方人士组织委员会主持。1931年，民治小学10名女毕业生因故面临辍学危险，经于右任的努力，地方政府决定先在省立第三中学设立一女子初中班，把民治小学毕业的10名女生连东关女中的一年级学生合为一班，以后一年增一班，发展成女子初级中学，缓解了地方女子升学问题。陕西受灾，使于右任认识到发展农业和水利建设的重要性，在他的推动下，武功农学院开始筹建。
作为民主革命战士、社会活动家，于右任心系地方教育的发展，并把它融于革命斗争和社会改造之中。1918年起，任陕西靖国军司令的于右任，在主政陕西的四年多中，大力发展文化教育事业，介绍新思想，颇有建树。靖国军司令部成立时，于右任就在总司令部下设有教育处，几年间，创立了渭北中学、渭北师范、三原中学等学校多所。是时，正值五四运动时期，北京和其他各地进步学生纷纷来到靖国军总部所在地三原，他们带来了新思想、新文化。于右任适时地倡办了每周一次的学术讲演会，孙中山思想、中国文化各流派、革命家的生平、中外时事，异彩纷呈，令人耳目一新，参加者多为三原各中小学校长和教师、部队军官以及三原的社会名流。这些举措甚得孙中山的赞赏。
1926年，于右任任国民军联军驻陕总司令部（1927年5月改为国民革命军驻陕总司令部）司令，积极推行孙中山“联俄、联共、扶助农工”三大政策，颁布了一系列改革教育的法令，涉及改革旧教育的内容和制度、普及民众教育、宣传执行平民教育、严禁军队挪用或截留教育专款等。“驻陕总部”还创办了中山军事学校、中山学院，史可轩兼任中山军事学校校长，邓小平任政治部主任，刘志丹等任教官，李林任教务主任。该校当时被称为“陕西黄埔”，虽只存在半年，却指引许多进步青年走上了革命道路。
创办中国公学
20世纪初，中国出现了一股声势浩大的留日思潮。1905年8月，孙中山领导的同盟会在东京成立，倡导革命，留日学生积极响应。日本公布《取缔清国留日学生规则》，对留日学生严加限制，引起了学生的强烈反对，陈天华悲愤蹈海，三千余人退学回国。为解决归国留学生就学问题，于右任与姚宏业、孙镜清等人一道，发起创办了中国公学。1905年11月，留学生王敬芳、刘棣英、吴勋白东京抵沪，12月成立留日学生总会，筹备沪上兴学，于右任任书记。19日，议定校名为中国公学。23日，召开第一次公学职员选举会，于右任再次当选为书记。1906年初，中国公学在上海北横滨桥成立。中国公学设大学、中学、速成师范、理化专修4班，于右任、马君武、李登辉等人为教员。1908年，公学设立校董会，先后聘请对学校有贡献的人士为校董，有历史资料可考者共52人，于右任为其中之一。在中国公学求学的莘莘学子来自于全国各地，曾就读于中国公学的现代著名学者胡适说：“二十年来，上海成为各省学生求学之地，这风气不能不说是中国公学开出来的。”
1909年，中国公学迁校吴淞，与复旦近在咫尺，两校关系甚为密切。于右任称：“两校同人相处密迩，哀时念乱，志事相同，而余复以复旦学生兼中国公学国文讲席，师生切崩，关系愈切。中国公学的组织是一种民主国的政体，一切组织多含有试行民主政治之意，校内革命气氛浓厚，教职员及学生多献身革命，如黄花岗起义、安庆起义都有中国公学的学生。于右任以积极的姿态参与中国公学的工作，为现代中国教育的改革和中国民主革命的进程，做出了不可磨灭的贡献。
执掌上海大学
上海大学前身是东南高等专科师范学校，创办于1922年春。创办者以实验“男女同校”，提倡新文化的号召，吸引了一批负笈而来的学者。然而学校设备简陋，条件极差，虽设有国文、英文及美术专修科，却有名无实。
1922年，于右任从陕西来到上海。坎坷的经历使他感慨良多，“因思以兵救国，实志士仁人不得已而为之；以学教人，效虽迟而功则远”。从而提出了“欲建设新民国，当先建设新教育”的主张，并受请出任校长。当时，中国社会正处新的革命风暴来临的前夜，提出了明确政治纲领的中国共产党，积极协助孙中山改组国民党，对建立一所培养革命干部的学府，甚为关注。国共两党合作办学势所必然。1月23日，于右任在上海大学宣布就职，表示虽感“改组大学，前途艰巨”，但“自当尽力之所能”，“力谋学校发展”。学校开办之初，百端待兴，既缺经费，又乏师资。1923年4月，于右任邀请李大钊商量校务，李大钊推荐邓中夏出任总务长（后改称为校务长），并建议开设社会学系，推荐瞿秋白为系主任。为整顿校务，于右任多次召集教职员讨论，订出计划，除继续办中学部外，大学部办社会科学及文艺两院分三期逐步扩充，每期定为两年。作为一所统一战线性质的学校，上海大学政治势力发生分化，存在着激烈的斗争。教师中除共产党员外，也有国民党员和无党派人士，政治态度有左、中、右三派。左派以共产党人瞿秋白、邓中夏以及国民党左派于右任、邵力子，无党派人士陈望道为代表，他们把学校作为宣传革命理论、鼓动国民革命的阵地；中间派以无党派人士居多，在研究学问、传授知识方面作出了自己的贡献；右派以叶楚伧、何世桢、陈德征等国民党右派为代表。1924年1月，国民党右派陈德征等人挑起事端，反对共产党，反对马列主义，破坏师生团结。上海大学的共产党人和进步师生坚决反击，发动了一场“驱陈运动”，最后于右任将陈解职，左派力量逐渐取得了绝对优势。
实施学校民主管理体制，重视师资队伍建设，是上海大学办学的显著特色。上海大学成立之初，只设有校长、教务长，1923年春季开学前后，增设总务长及各系科主任。8月，成立了学校最高决策机构——评议会，“处理全校一切根本重大事务。评议会由于右任任主席，邓中夏、瞿秋白、陈望道、邵力子等为委员。12月，修订学校章程，增设自然科学院，改评议会为“行政委员会”，于右任为委员长。根据章程，制定了《上海大学章程细则》，具体规定了学校各级组织机构的职权范围、活动要求和组织原则。1924年春，全校教职员已发展到近70人，其中教师50多人。教师中不乏声望者，如中国文学系有陈望道、邵力子、刘大白、田汉、俞平伯、沈雁冰、傅东华等，社会学系有瞿秋白、施存统、蔡和森、安体城等，美术科有洪野、陈抱一、丰子恺等。在于右任等人的努力下，上海大学这所“向不著名之学校，一变而崭露头角矣”，“已成为一般社会人士认为新文化指导者”。
复旦风云
1904年5月，于右任来到上海，得到了震旦学院监院马相伯帮助，入震旦学院读书，获得了参与教育事业的一个重要机缘。
震旦学院崇尚科学、注重文艺，具有发扬民主和钻研学术的特点，“绝不提宗教”，“创办不过一年，就成了国内青年向南方求学的目的地。”1905年春，震旦学院外籍教士依仗耶稣会，制造事端，推举法籍传教神父南珠周（Pectin）主管震旦教育，改变办学方针，强行开设宗教课程，以法文科目较为完备的布置引诱学生专习法文，希冀为法国殖民主义者服务。学生获悉后大哗，摘下牌，相率离校。退学学生推叶仲裕、于右任、邵力子等七人为干事，商议复校办法。但后来朋侪星散，“其为师左右策划校务促进新校之成立者，惟叶仲裕及亡命沪上变姓名为刘学裕之于君右任”，“其工作勤苦，尤为师行倚重。”1905年中秋，经于右任等震旦师生半年的奔走努力，以及海内名流的群相赞助，复旦公学终于在上海吴淞开学校名的选择，采纳了于右任的建议。“复旦两字系从《尚书大传·虞夏传》之《卿云歌》中撷取，表示不忘“震旦”和恢复中华之意。大家共推马相伯为监督（校长），于右任为马相伯的书记兼授国文，学校的行政事务由于右任、叶仲裕、邵力子分任。
复旦初创时期，继承了原震旦学院的优良传统，设文理二科，有学生百余人。在师生的共同努力下成绩显著，蔡元培称赞说：“该校开办以来，一切课程，悉仿欧美，历届毕业，成绩尚著。”复旦公学的成立，打破了外国传教士利用中国高等学堂实行奴化教育的梦想。于右任以其为建立复旦的特殊贡献，载人了中国教育史册。1906年4月，于右任因故离开复旦，但这并没有割断他与复旦的联系。他曾积极组织筹备成立校董会，创办了《民呼》、《民吁》、《民立》报后，及时地刊登复旦招生广告，并发表了《复旦公学之再造说》、《复旦将建筑校舍》等有关复旦的报道文章。1909年《民呼》、《民吁》报因宣传革命，先后被查封。于右任再次回到复旦，教授国学，借机启发青年的革命思想。
辛亥军兴，复旦校舍被占，学子星散，图书仪器损毁。革命胜利后，于右任积极参与复校工作，他上书临时政府教育部帮助复校，还与邵力子一道，呈准大总统孙中山，并得到陈英士都督的协助，“拨徐家汇李公祠为校舍，并拨给经费万元。”在于右任等人的奔走努力下，1912年9月，复旦在徐家汇李公祠复校。“九·一八”事变后，日本对中国的侵略不断加深，复旦师生投身抗日民主活动。1937年，复旦大学内迁重庆，于右任多方奔走，在当局和校董之间频繁活动。1941年9月17日，他在重庆嘉陵宾馆亲自召开在渝复旦校董会议，详细讨论了复旦改为国立的条件和保留校名的问题，获得一致赞同。1914年1月29日，教育部通令私立复旦大学改为国立。
于右任的一生，始终与复旦休戚与共，时论称：“于右任先生对复旦，可谓五十年精神贯注者。同学会老同学中有一句笑话，说于先生是复旦的孝子，于先生听了掀髯不以为忤。五十年来，从复旦创立到胜利复员，学校到了任何危险关头，于先生无不挺身而出。”
