光绪三十三年十月二十四日，准山西护抚文称，本月十一日据邮政局由英京寄到《新世纪报》，查阅该报，革命排满，倡言无忌，荒谬狂悖，专事煽惑。所虑年轻子弟，见异思迁，引入迷途，贻患何堪设想，正在设法筹办。又准大学堂总教习洋员苏慧廉亦函请查禁前来，业经本护院通饬各该地方官联络社会，多方晓谕，务使父诏兄勉，人人皆知该报为悖逆之媒，无论何人何处，概不准购阅代售。如有寄送到境，即呈由各该地方官收取焚毁，并行提学司，责令各该监督监学加意察查。遇有此等报章，一体收取送官销毁，以免流传在案。该报注明发行于法京巴黎，邮局转寄又毫无限制，似此纷纷投寄，他省谅亦不免，应如何设法严禁，请察照办理等因。本部查该报倡言悖逆，发行于巴黎，转寄于邮局，散布各行省，于风俗人心大有关系，实足为地方治安之害，亟应设法严禁。山西境内既有此种逆报，经该护抚通饬各该地方官，多方晓谕，收取销毁，并行提学司各在案。似此纷纷投寄，难保无购阅代售等弊，相应咨行贵将军督抚查照，迅即转饬各该地方官并行提学司，设法晓谕，严密查禁。一有此种逆报，即收取销毁，以靖人心而保公安，是为切要。
“洋员苏慧廉”所举报的《新世纪报》，便是后来成为国民党元老的吴稚晖在1905年创办的革命报刊。1903年《苏报》案后，吴稚晖流亡海外。他后来认识了孙中山，加入同盟会，随后便在英国创办了这份《新世纪报》。
集会、 办报、 革命、 民主、 学运， 这些名词总是连在一起。在晚清， 特别是进入20世纪后， 这些名词还成了新思维、新文明的代名词。
其实早在苏慧廉抵晋前，山西的学生运动已经开展起来了。在中国近代革命史中，屡被提及的山西争矿运动发生在1905年。按传统史书的叙述方式，争矿运动的背景是：20世纪末，帝国主义在中国划分势力范围后，掠夺铁路建筑权和矿山开采权成为其对华侵略的主要内容。腐败的清政府根本无力保持国家的主权，中国的路权和矿权大量落入列强手中。
1898年5月21日，山西商务局经光绪批准，同英意联合的福公司签订了《山西开矿制铁以及转运各色矿产章程》，规定将盂县、平定州、潞安、泽州与平阳府所属煤、铁及他处煤、油各矿的开采权转归福公司办理，限期六十年。福公司的买办便是《老残游记》的作者刘鹗。刘鹗“谤满天下”，可能与这身份有关。在当时的中国，买办几乎与卖国、汉奸画等号。
因山西对外运输困难，再加上后来的义和团事件，福公司取得开矿权后一直未着手开采。1905年2月，山西绅商组成山西同济矿务公司，准备开采煤矿。这时，福公司也派人到平定州、盂县勘察。当他们发现当地正在自行开挖煤井，便向清政府要求，希望遵守已订立的章程，禁止中国人在以上各地办矿。这本是一件经济纠纷，不料却激起爱国人民的愤怒。当地士绅解荣辂、梁善济、知县崔廷献、举人刘懋赏等三百四十三人联名上书巡抚张人俊，指责原订合同使中国人丧失利权，要求废止。
这类争端以前不是没有发生过，但这次有所不同。
1905年10月13日，《第一晋话报》第四期刊出一篇署名“竹崖”的文章：“九月初七日（10月5日）从天外飞来一个惊天震地破天劈脑的响声，令人一听，魂不附体，胆破色灰。就是英意两国的福公司要一口吞进我们山西人性命的矿”；“福公司是和商务局立的合同，不是和山西全体的人民立的合同。山西人不承认商务局的卖矿，更不能承认福公司的立约。这合同是不值一废的，只苦我们山西人不废，山西人一起来废，便如反手一般。”
最先被“感动”的总是热血学生。11月28日，山西大学堂学生得知当局正在海子边（山西商务局所在地）宴请福公司代表，立即召集近千名同学前往游行示威。门警拒不让人，愤怒的学生即打倒门卫，冲进宴会间。这时距义和团事件不远，洋人突见近千人蜂拥而入，一时乱作一团。几个胆小的还钻入桌下。看到洋人如此狼狈，学生觉得扬眉吐气。还有人戏言，这是福公司滚出山西的先兆。随后声势浩大的游行队伍转往巡抚衙门请愿，要求当局废止合同，收回矿权。
山西大学堂的这次行动，可能是中国教育史上第一次宏大的学生运动。时距五四运动还有十四年。
山西的学生能动起来，与山西大学堂有学生留学日本很有关系。该校学生在日本之时，正是孙中山在东京组织同盟会时期，于是许多人入会，并从此树立起革命救国的信念。这批人后来成为山西革命的骨干力量，其中著名者有景耀月、王用宾等。留日学生后来回国，带回《民报》 《猛回头》 《革命军》 《大义录》等书报，在中西两斋间传阅。1907年清廷下令各省停派官费留日生，应与看到这种革命的苗头有关。
山西大学堂派往日本的官费留学生都来自中斋。西斋因由英人承办，成绩优秀者自然选送英国。截至1911年，西斋共选派三十六人官费留英，数量居当时全国之首。这批赴欧的学生，大都在英国取得硕士、博士学位，返国后服务于各界。大学堂辛亥后交还给中国人主持，他们成为该校的骨干力量。此与留日学生多走上革命道路，形成鲜明的对比。当然，在极“左”时期，也有人认为，李提摩太提倡西斋毕业生到英国留学，“是养成英人在中国的高等代理人。清政府不察，于是有留英学生之保送”。
在《第一晋话报》刊出那篇叫人“惊天震地破天劈脑”的文章的同一天，就读于东京法政大学的山西大学堂留日学生李培仁做出了一个惊天动地的举动——蹈海自杀，以示对清廷软弱卖矿和帝国主义蛮横掠夺的抗议。李培仁蹈海比陈天华还早了两个月。
李培仁之死，一瞬间便将争矿运动推向高潮。后来他的灵柩回国，爱国人士在太原举行追悼会，到会者数千人，群情愤慨，政府与英商一时不知所措。
学生运动最激烈时，福公司英人电请李提摩太亲赴太原，协助西斋说服和管束学生，以期尽快结束纷争。当时西斋学生代表崔廷献等人正凭借所学知识与英人力争，学生还准备赴京襄助交涉赎矿之事。
李提摩太是见过大世面的人，在其一生中也处理过很多大事难事，但这次面对自己培养出来的学生，虽用尽种种办法说服，卒无丝毫效果。曾任山西政协副主席的王家驹上世纪60年代在一篇《山西大学堂初创十年间》的回忆文章里，说李氏于是“抱头痛哭离开山西，返回上海。敦崇礼也气愤身死。英商福公司不得不废除采矿合同，而埋怨李提摩太作茧自缚。对山西人之倔强，从此加以注意和警惕。李提摩太经这一场教训，对西斋学生悲观失望，逐渐由热变冷，而西斋学生也感到‘非我族类，其心必异’是千古名言”。
李提摩太劝说无效，只能铩羽而归。那一刻，他感到一种巨大的陌生感和无力感，他也许会反问自己，我是作茧自缚吗？
李提摩太走了。敦崇礼也于1906年去世，他的死是否与这场学运有直接关系，不得而知。但山西大学堂学生为争矿闹得最凶时，他作为西斋总教习，面对混乱的校园与怒目相向的师生关系，必然心力交瘁。
位于侯家巷的山西大学堂校园自此不再平静，师生关系也从此逆转。发萌于侯家巷的这种校园政治生态，后来蔓延到全国，并流布至今。从事阎锡山研究的美国学者佩佛尔·纳撒尼尔在写到山西大学堂的这段学运时，曾犀利地指出：“当爱国主义成为一种职业时，知识分子的成长就受到了阻碍。”
但在当时，大学堂学生的参与极大地鼓舞了全省人民争回矿权的意志和决心，而“官吏知民力率不可当，士大夫多起抗争”，于是绅学各界代表联名禀请山西巡抚，要求批准创设保晋矿务公司，让自己人开采全省各种矿产。1907年春，“保晋公司”成立。第一任总经理便是当时名震四方的山西票号“渠家”的少东家渠本翘。1907年8月，清政府电令山西按察使丁宝铨负责与福公司交涉赎矿事宜，最终以赔偿白银二百七十五万两为条件，于1908年签下了《赎回开矿制铁转运合同》十三条。声势浩大的争矿运动，终于迫使福公司放弃山西的开采权，在索取赔偿后退出了山西。至此，历时三年轰轰烈烈的争矿运动宣告结束。
争矿运动宣告结束时，苏慧廉已来到太原，他目睹了这场声势浩大的群众运动的尾声：“我们到达太原府的时候，山西巡抚是恩大人，一位满族贵族。……但近来大出风头的是丁大人。英国公司曾拥有一定年限的煤矿开采权，而丁大人争取向英国赎回山西煤矿。他从北京回来的时候，被当成了英雄。”同行的路熙则想：“问题是现在值得祝贺吗？丁大人和人们为经营煤矿付出了代价，这个代价让山西省财政不堪负荷。西方人经营煤矿的时候，有组织，有技术，还有现代机器，所以收益能上升。但现在煤矿不赚钱，煤矿在效率低下的当地公司手中，而煤深深埋在地下。煤矿运作得好，其实可以为上千的中国贫民提供工作机会。”确实，保晋公司开办没几年，便因资金短缺、经营不善陷入难以为继的局面。
苏慧廉的女儿，英国作家谢福芸在《崭新中国》（Brave New China）一书中，有李提摩太创办山西大学堂时，为获得更多官员的支持所准备的一个细节。
“看！”在一次精心准备的午餐会上，李提摩太拿出一个玻璃杯，然后点燃一支蜡烛，并放置其中。这时火焰很旺。随后，他将一个碟子盖在玻璃杯口，火苗渐渐熄灭了。
“这支蜡烛就像我们山西，”他说道，“它需要外面的空气才能燃烧。山西常闹饥荒是因为缺少一条通往外界，能将各地的粮食运进来的铁路。山西人乱杀外国人，是因为他们不了解外面的世界及外国人发明的现代科技。”
官员都不约而同地站起来盯着蜡烛看。“我们需要外国人来办铁路和大学。”他们说。
“不管是铁路还是大学，建成十年后，都将交还给中国人自己管理。”李提摩太向他们保证。他最终兑现承诺。
这条由李提摩太于1902年倡议修建的铁路，从河北正定到太原，全长二百八十三公里。1907年完工的正太铁路是山西境内第一条铁路。
1908年底，李提摩太坐火车莅临太原。原大学堂学生、时任省谘议局议长的梁善济召集省城所有中等以上学校的师生在广场举行盛大的欢迎大会。梁善济致辞：“今日欢迎先生的学校师生来自军事、农林学校，来自普通中学，来自大学堂，那些学校的校长几乎都是山西大学堂昔日中西斋的毕业生，这不仅在太原府，而且山西的许多县城，正由于大学堂毕业生们的努力，各类学堂似雨后春笋般在山西大地上出现，给山西教育注入了生机，这一天，我们均应感谢尊敬的山西大学堂西斋的创立者，尊敬的李提摩太先生。”
李提摩太自己的回忆录中，对这天所受到的礼遇没有记录。欢迎仪式苏慧廉在场。在《李提摩太传》中他提到这一天，但没有具体记录李提摩太对学生说了什么。李氏的1908年，苏慧廉只写了当年1月他在日本访问时，给七百多名中国留学生做了个讲座。“我告诫学生，在完成学业之前，在学完早稻田大学所传授的一切知识之前，不要回国参加政治活动，否则将有百害而无一利。”但绝大多数的中国学生把这位外国老人的话当成了耳边风，正如三年前卷入争矿运动的学生一样。
1908年以后的山西大学堂，不论是李提摩太还是苏慧廉，都鲜在自己的回忆录中提及。后来写山西大学堂历史的人，对那段时期的总结是：“西斋代理总教敦崇礼病故后，继任者苏某（英国人）因李提摩太对争矿运动未能取得胜利，意志消沉。苏某失掉靠山，也渐专理教务，不敢过问政治。而况十年合同，不日到期。”此苏某，便指苏慧廉。
按照1901年底订立的《中西大学堂合同八条》，李提摩太仅负责西学专斋头十年的管理工作。到1910年，已历九年，期限将满。经丁宝铨与李提摩太协商，后者表示愿提前一年辞去西斋总理职务，来晋办理移交手续。
1910年12月中旬，李提摩太再次来到太原。据《山西大学堂设立西学专斋始末记》碑文记载：“李先生由沪至晋，欢祝之声盈于道路，至以一见其面为荣。”
丁宝铨率省城官员及全体师生于12月14日（宣统二年十一月十三日）在大学堂礼堂召开欢迎会，会上有演说，对大学堂的贡献赞不绝口。李提摩太决定立刻辞去大学堂督办之职，西斋不必等到十年期满，就交付官办。他深信新式教育已在该省植根。
丁宝铨当场接受了李提摩太的辞呈，将西斋正式收回，由省负责办理。李提摩太希望他之前聘请的中西教习在新的阶段能继续得到延聘，丁表示同意。丁宝铨还允诺，将继续扩大办理西斋。不过，他这个承诺随着次年清政府的倒台而消失。民国元年（1912年）12月，山西大学堂改名为山西大学校，同时废除了原中西两斋的建制。
西斋十年，成绩有目共睹。共毕业学生三百六十三人，其中预科三百一十三人，专科五十人。派出三十六人赴英国留学。
