李氏初在中国的十余年，也像传统的传教士一样，传扬福音，劝人皈依上帝，但收效甚微。据说他与同事在山西十三年，也仅发展了约三十名教徒。事业的转折发生在1887年，那年他离晋北上从事文字工作，1890年任天津《时报》主笔，1891年到上海同文书会任总办，次年该会更名为后来广为人知的“广学会”。广学会办有《万国公报》等影响较大的报纸，并出版书籍一百三十余种，在晚清乃至民国，对中国人了解世界起到了举足轻重的作用。中国人也是通过李提摩太及《万国公报》第一次知道马克思、《资本论》与社会主义。“马克思”这一译名，即出自他手。
在当时数以千计的西来传教士中，李提摩太暴得大名，与他大力办报、办杂志这些文化传播作为有关。他坚定地认为，是为社会福音，并只有这样才能改变中国。在其口述自传《亲历晚清四十五年》中，他这样写道：
就像四十五年前我发现的那样，在中国的传教士所面临的问题，不仅是如何拯救占人类四分之一的人的灵魂，而且还包括如何在年均四百万的死亡率下拯救他们的肉体，以及如何解放他们那比妇女的裹足更扭曲的心智——从一种延续了无数个世纪的哲学和习俗的统治之下解放他们的心智，而正是那种哲学和习俗使他们陷入了听凭任何可能伤害它的民族摆布的窘境。但是，如果这个民族从无知和恶习的禁锢下获得自由，并且沐浴到科学的、工业的、宗教的教育之光，它就可能成为这个地球上最强大的民族之一。
学术界把李提摩太这种传教方法称为“文化传教”，以区别于以内地会创始人戴德生为代表的传统福音传教。传教士由此分为自由派和基要派两大阵营。
经几年文化传教实践后，李提摩太更进一步认为“从官绅入手，是自上而下，感力及人，或更容易。比如水自上下流，较比水上流，为势自顺，所以决定要先引导上等人入道”。他结交的士绅很广，其中有李鸿章、张之洞、曾国荃、左宗棠、康有为、梁启超等。张之洞曾拨款一千两白银资助广学会，梁启超自荐担任他的中文秘书。
许是因为他的声名，许是与许多高官大吏有交往，面对山西教案造成的困局，清廷想到，能救这盘危局的也许只有这个洋人。接替毓贤出任山西巡抚的岑春煊在给李提摩太的电报中开门见山：“晋人皆信阁下为人正直。”
这是李氏同时代国人对他的高度评价，同时代的西人也对他充满崇敬。苏慧廉在《李提摩太在中国——先知、政治家、传教士和中国人未曾有过的最无私顾问》一书中说：“在中国，每个省、市、乡、镇的人对李提摩太这名字，都耳熟能详，李提摩太在他们心中是众望所归的。从没有一个来华的外国人、教士、和平信徒的名字，像李提摩太那样为人所知，由位居龙座的皇帝到坐在木凳的乡村学子，都称赞李提摩太的文章，欣赏他对中国的爱心。”英国驻华公使中任期最长的朱迩典在为李氏传记撰写序言时认为：“李提摩太在中国活动长达四十余年，是一位杰出的人物，赢得了中国人民的敬仰和尊重。这种尊敬的程度只有极少数外国人曾经得到。”曾编撰《中国百科全书》的英国汉学家库寿龄则称赞：“在中国的十八个省中，我们可能找不出一个曾经被你伤害过的人。的确如此，知你最深的人，爱你也最深。”
李提摩太没有辜负众人的期待，1901年5月29日，他将一份解决方案面交李鸿章。这篇题为《上李傅相办理山西教案章程》的文章在《皇朝经世文新编续集》中可找到，通读之后，可见李氏的爱心与良苦用心。他语态谦逊，字句间亦无蛮横无理之词。此章程共七条，其中第一、二条这样写道：
一、各府州县杀害教民甚多，本当按律正法。但太知此辈受官指使，又受拳匪迷惑，不忍一一牵累。为各府起见，首匪当惩办一人以示警。若晋抚果能剀切晓谕，使彼等痛改前非，敝教亦将匪首从宽追究。
二、晋省地方绅民胁从伤害教民之人，虽宽其死罪，却不得推言无过。凡损失教民财产，罚其照数赔还，并无依之父母孤儿寡妇，必有事奉养。
山西被杀外国传教士众多，第五条希望：“耶稣教五会中人有杀尽者，亦有回国者，不能一时来华。俟外国再派教士来华时，晋省官绅士庶当以礼相待，赔认不是。”
当时处理教案，无外乎赔偿巨款、处理匪首及有责任的官员。但李提摩太认为，传教士生命可贵，非金钱可以抵偿，所以不会以金钱出售他们的生命。他也明白，官府的巨额赔偿一定会转嫁到当地百姓的头上，而这又进一步增加了仇恨。于是，就赔偿问题，李氏提出如下建议：
共罚全省银五十万两，每年交出银五万两，以十年为限。但此罚款不归西人，亦不归教民，专为开导晋省人民知识，设立学堂，教育有用之学，使官绅庶子学习，不再受迷惑。选中西有学问者各一人总管其事。
李提摩太自言：“在太原建立一所西式的大学，以克服人们的无知和迷信——这种无知和迷信正是导致对外国人屠杀的主要原因。”
李提摩太提交的这个共赢方案，苏慧廉评价甚高，认为是一个慷慨而伟大的提议，并且只有像李氏这样经验丰富与具远见卓识的人才能提出来，因为“在这个计划中没有什么东西会拿掉，反而会带来更大的价值”。
有远见的李鸿章对李提摩太的方案极表赞同，并将开办大学堂之事交李氏全权负责。不过，并不是人人都有二李的远见与胸襟。即便是向李提摩太发出邀请的岑春煊，也认为“目前山西民穷财尽，拿不出那么多的银两用以筹备大学”。后来，由于李提摩太自上海“叠次催促，函电往返”，岑春煊不得不于1901年9月令洋务局提调候补知州周之镶赴上海面议开办事宜。
周之镶抵达上海后提出的四个谈判条件，看似宏大，却与教育实质无关：一、晋省所出五十万两银不称罚款；二、西籍教师在校内不得宣扬耶教；三、学堂不得与教会发生关系；四、西籍教师不得干预学堂行政。岑春煊特别叮嘱周之镶“订课程、聘教习、选学生，均由彼主政，未免侵我教育主权”，因此要“极力磋磨”。李提摩太对罚款称什么并不在乎，但坚持认为，如不让西人主持学校，今所办学堂与昔日之书院有何相异？后来周之镶也赞同了这点，他反过来电复岑春煊，称李提摩太并无侵权之意。若无此条，则学堂不能按西方近代模式办理。若不签署合同，恐有商谈破裂之后果。岑春煊考虑到“彼时和议甫成，时局尚未大定，晋省耶稣教案极巨，若与决裂，必致收束为难”，于是“与司道等再四筹商，佥以宜委曲求全”。最终，同意周、李所订之合同。岑春煊此时的真实思想是“实以迅了巨案为中心，并非真冀收育才之效也”。
当年11月，周之镶代表山西当局，李提摩太代表基督教山西各教会，正式在《中西大学堂合同八条》上签字。合同主要内容是：山西筹银五十万两，分期交付李提摩太，开办“中西大学堂”。十年以内学堂课程及延聘教习、考选学生，均由李提摩太主持。十年期满，学堂房屋及一切书籍仪器，概交晋省，并不估价。
合同终于签订了，外国人认为尘埃落定，但在中国人看来，这仅是一张纸而已。
无独有偶，1901年9月14日（光绪二十七年八月初二）清政府颁布“除京师大学堂切实整顿外，各省于省城均设大学堂”的上谕。一直担心外人“侵我教育主权”的岑春煊得到这一令箭，便迅速行动起来。他一边叫周之镶在上海谈判，一边在山西本地加紧改造书院，拟抢先一步创办山西大学堂。山西大学堂与李提摩太要办的中西大学堂，校名虽仅一字之差，但办学模式及教学内容实质差异很大。但山西大学堂的筹备工作进展很快，经皇帝奏准，1902年5月8日（光绪二十八年四月初一）便可正式开学。
山西本地的这些行动，当时远在上海的李提摩太并不知晓。当他1902年4月30日带着中外教习一行抵达太原后，才发觉情况严重。他在回忆录中写道：“到太原后，我们发现有人正在大张旗鼓地筹备一所官立大学，与我负责筹建的大学很相似，并且被置于一位排外的政府官员的控制之下，那人曾千方百计反对建立西式教育的大学。他曾经去欧洲旅游，写了一本游记，对他所看到的一切好的事物极尽诋毁之能事。”
考虑到同一个城市建立两所竞争性的学校在实践上并不可行，李提摩太与岑春煊交涉。
岑春煊说，两所大学可以成为良性的竞争对手，你们外国人不是提倡公平的竞争吗？李提摩太虽然赞成学堂竞争、传教士竞争，但并不赞成一个城市里的大学间竞争。他认为，如开办两所大学堂，既浪费经费，又将使中外不和，而终止中外不和，正是创办中西大学堂的目的所在。为什么不把两者归并为一所山西大学堂，一部专教中学，一部专教西学呢？这种人力的分配更为高效，因为不需要两套教授班子、两套教学设施。
岑春煊觉得“事关创举，未敢率允”。经过反反复复的商议，中间还以《合并利弊论》为题询问当时大学堂已招的一百余名学生，结果多数人赞成，少数人反对。苏慧廉在李提摩太传记中对此事亦有记载：“在谈判的过程中，对立的那方认为自己已经赢得了已录取的学生的支持。于是他们出了个作文题目，让学生们分析联合大学的利弊。结果他们大失所望，因为在一百零八篇作文中，有六十八篇赞成合并，只有十三篇明确地反对合并。”
商议合并，历时两月之久。双方争议的焦点，仍在传教及教育主权等问题上。最后山西官绅在确定“可无牵涉传教之嫌”和“断无主权旁落之嫌”的前提下，终于同意将中西大学堂以成立西学专斋（简称西斋）的形式并入山西大学堂。士绅们觉得他们赢了，因为李提摩太要办的现代大学，最后只成了山西大学堂的一个部分。更重要的是，这所学校还叫山西大学堂。
2008年7月24日，我一早便走入侯家巷，原山西大学堂西斋工科楼至今还屹立在这条地处太原闹市的小巷里。
侯家巷不长，进巷走不了多远，就看见一幢西洋风格的老建筑。大楼由主楼及两侧的翼楼组成。主楼高四层，翼楼高两层。一百年前，它是山西全省标志性的建筑，一百年后，风采依然不减。
据陪同的当地友人介绍，这幢老楼上世纪九十年代末期全面整修过一次，现在是太原师范学院美术系的教学用房。
大门紧锁，好在有熟人带领，得以入内参观。入门即是空旷的大厅，左右各有一宽大的楼梯盘旋而上。我的目光很快落到楼梯转角处的石碑上。嵌于墙上的石碑高约一米、宽约两米，两边各一。这就是记录了山西大学堂早年历程的《山西大学堂设立西学专斋始末记》与《山西大学堂西学专斋教职员题名碑》。据说石碑上世纪50年代曾被水泥抹平，也可能正是因此，逃过了后来的劫难。
西墙上的《山西大学堂设立西学专斋始末记》由时任山西省谘议局议长梁善济亲撰：
山西之有西学专斋也，自英儒李提摩太先生始。夫非常之举，黎民所惧，以民俗伊塞习安固有之区，一旦输以新学知识，遂一跃而入文明之域，士气学风且驾它省而上，之是非李先生之力，乌能及此？然使非当时钜公硕彦有以独见其大，而知斯举之不可口，则其效果亦未必有如今之卓著。天下事易于乐成，难与图始，古今人情不甚相远也。今西斋交还行有日矣，不急为记之，以示饮水思源，可乎？谨溯其设立之缘起，与十年来一切情状事迹，撮而书之，以作我国学界前途之观感。……
东侧的《山西大学堂西学斋教职员题名碑》共刻录西斋教职员工三十六人，其中十五人为外籍，以英国人居多。
后来查山西大学堂校史才知，这幢工科大楼实建于民国六年（1917年）。那刚创办时的西斋，又是怎样的呢？
现在能找到的校园外景照片，是李提摩太传记中的两张插图：一张是大门，有牌楼，还有影壁。牌楼上额写着校训“登崇俊良”。另一张是图书馆和钟楼。据说那时该校已有规模不小的图书馆。当然这些牌楼、图书馆、钟楼，现在都片瓦不存。
西斋当时分预科、专科两个阶段。预科学制三年，相当于现在的高中。专科学制四年，相当于现在的大学本科。预科毕业可升入专科，预科课程的标准就是伦敦大学入学考试的水平。
不过这样的学制设计，上世纪五十年代，在丁则良的笔下成为李提摩太为帝国主义文化侵略创造出来的新形式：“西学专斋的教务完全由几个外国人决定，教育学生的方针，是要学生毕业后能够升入英国的伦敦大学，并不问学生所学是否符合中国的需要。换句话说，山西大学的西学斋，只不过是伦敦大学的一个预备学校。1907年，有二十五名学生被送到英国去留学。到了1911年，山西大学才全部交还中国自办。帝国主义用中国人民的血汗办起来的大学，山西大学是第一个。这是李提摩太为帝国主义文化侵略创造出来的新形式，比教会出钱办的大学更能迷惑人们的视线。在山西大学创办之后十年，美帝国主义也如法炮制，把庚子赔款的一小部分退还了，办了一个清华大学。”
