1860年8月，英法联军攻入京城，烧杀掳掠，最大恶行便是火烧圆明园，焚毁了我国的一件建筑瑰宝。从占领圆明园的第二天起，军官士兵们就像发疯了般抢劫和破坏，为了迫使清政府接受议和条件，英国公使额尔金和英军统帅格兰特以清政府曾把英法俘虏囚禁在圆明园为借口，派出中将米启尔率领3000多个士兵直捣圆明园，最后为了销毁罪孽的痕迹，下令放火焚烧，大火连烧了三天三夜，这座皇家园林最后化为了一片废墟。
当英法联军即将攻入皇城时，咸丰皇帝听闻消息顿时吓破了胆，派他的六弟恭亲王奕为钦差大臣留守北京，主持与英法联军的议和事项。咸丰帝自己则带着皇后、妃子、皇子、亲王以及一些重要的大臣逃往热河（今河北承德避暑山庄）避难，如此软弱无能的君主早就预示着清朝的衰败，王朝的破灭也是迟早的事。
这件事事关重大，自然传到了曾国藩的幕府中，对于此事，各位幕僚持有不同的看法，但大多数人支持派军队入京保护皇上。同时，咸丰帝也给曾国藩下旨，要求他立刻派遣鲍超部军入京护驾。接到皇帝旨意，曾国藩陷入了两难的境地，目前局势的确不容乐观，湘军是镇压太平天国的主力，一旦鲍超被调走，湘军和太平军抗衡的局面很快就会被打破，到时候外有列强，内有反贼，大军压境，大清想不灭亡都难，但如果不调走鲍超，就等于公然抗旨，这可是株连九族的大罪，李鸿章此刻提出建议，按兵不动，因为英法联军侵略清朝的目的在于金钱利益，并无覆灭朝廷的意愿，京城的安危大可放心。曾国藩考虑再三没想到其他良方，只好采纳李鸿章的建议，过了一段时间，果然非常有效，朝廷传来新的圣旨，说明朝廷已经与英法联军成功议和，鲍超军不必再来护驾，专心处理剿灭太平天国反贼的事情。这件事让幕府中很多人对李鸿章刮目相看，都没想到平时懒懒散散的李少荃对大局了然于胸。
但是，好景不长，有几件事让李鸿章对曾国藩心生芥蒂，最终赌气离开幕府。
其一，有一次，曾国藩当上了两江总督，他把大本营设在安徽祁门，原因是他打算先攻下安庆再顺理成章地拿下南京，而朝廷命令他先攻占南京，这并没有改变曾国藩的初衷。李鸿章则非常不解，他认为祁门是一个盆地，是兵家凶险之地，一旦被围困在其中就如同关门打狗、瓮中捉鳖，断无生还的可能。他将这个想法告诉了曾国藩，后者不以为意，李鸿章性格耿直，强力辩驳，据理力争，完全忘了对方是自己的恩师，曾国藩也是一时气恼，说了句：“你要是害怕，就走吧！”这件事让师徒俩的关系变得有些僵硬，李鸿章认为这是涉及军队安危的大事，必须坚持真理，不能让步妥协。
其二，在皖南战役中，湘军元老李元度没有听从曾国藩的建议，擅作主张，结果导致兵家重地徽州府沦陷，曾国藩一气之下准备弹劾李元度，至于奏折要李鸿章来写。李鸿章却坚决不写，和曾国藩再次杠上了，他认为李元度军功甚伟，而且“其血性足以干事，而知人则不甚明；其才识足以谋事，而带勇则非所长”，如果强行弹劾，会让很多将士寒心，一旦军心不齐，打败仗是难免的。曾国藩则是铁了心不再更改决定，李鸿章心中恼怒，要挟曾国藩如果弹劾李元度，他就离开幕府，曾国藩依旧不搭理他，让他请便，门长在那里，想走便走吧！
这些事让李鸿章对曾国藩非常失望，一时赌气，黯然出走前往江西南昌看望母亲，曾国藩在当天的日记中也写道：“日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能作一事。”其实，在他原来的手稿中，“而”和“又见”之间去掉了“少荃”，可见他那天对李鸿章的不满。虽然后来曾国藩和李鸿章师徒二人之间也通书信，但李鸿章心中始终有根刺，感觉和曾国藩有些疏远。
后来曾国藩心生悔意，因为他的一意孤行，没有听从李鸿章的建议，把总督大本营设在祁门，不久太平军将领李世贤带领部队攻占景德镇，祁门再度被围困，曾国藩一时间有些绝望，他立下遗嘱，准备在祁门就义，后来趁情势缓和，曾国藩在曾国荃和胡林翼的劝告下，将大本营迁至长江东流，并把这一消息和局势用书信传达给李鸿章，李鸿章在面临战役的情况下，暂时放下心中的不满，认真思考，献计献策，师徒俩相隔天涯却能通过书信并肩战斗。渐渐地，李鸿章心中对曾国藩的间隙和隔阂也消失不见了，终于在曾国藩、胡林翼的接连劝说下，李鸿章决定再次回到湘军幕府，为镇压太平军贡献自己的一份力量。
当时，曾国藩在书信中的一段感情真挚的话彻底感动了李鸿章，没有丝毫做作，全是真心话：“阁下久不来营，颇不可解。以公事论，业与淮扬水师各营官有堂属之名，岂能无故弃去，起灭不测？以私情论，去冬出幕时，并无不来之约。今春祁门危难，疑君有曾子避越之情，夏间东流稍安，又疑有穆生去楚之意。鄙人遍身热毒，内外交病，诸事废搁，不奏事者五十日矣。如无醴酒之嫌，则请台旆速来相助为理。”李鸿章收拾行李再次回归湘军幕府，最明显的帮助就是堆积如山的文牍公案、文书奏折加快了审批速度，提出了很多计谋，这一次的回归让李鸿章想明白了很多事，变得更加成熟稳重，师徒间的关系也越发亲密了。
