登州卫众将士见戚继光不仅安然返回，还革去了李涛的职务，处置了三个帮凶，不仅对这位少年将军刮目相看。在朱珏添油加醋的宣传下，城里到处流传着戚继光在登州营勇斗指挥使的光荣事迹，戚继光在登州卫的威望日益高涨，而李涛的亲信则惶惶不可终日。
不过戚继光却顾不上理这些闲事，他现在正忙着接管登州卫军事民政等各项事务。看着面前堆满了一桌子的各种账册，戚继光由衷地感叹，大明政府实在是太信任自己了，对一个十七岁的少年信任得过了头。
要知道登州卫是山东沿海重要军事堡垒，光驻军就有数千人，加上兼管的军屯民政，加起来大致有上万人，由于长期缺少军事主官，更重要的是明朝晚期卫所制度的崩坏，这帮人缺乏训练，大都混成了兵油子，每天只是混吃等死，还喜欢搞腐败，整个登州卫可以说是一团乱麻。
热血青年戚继光对此十分不满，他决定大张旗鼓地进行改革。戚继光深谙兵马未动粮草先行的道理，所以他首先整理的是财政、军械、粮草及军屯等政务，在宋灿阳等人的积极配合和支持下，戚继光很快理清这些事务，摸清了登州卫的底数，真可以用一穷二白来形容。
在各级登州卫官员不懈努力贪腐下，登州卫的财务状况已经快到了崩溃边缘，连士卒的兵饷都经常不能足额发放。军械老旧，缺乏维护保养，粮草库存也严重不足。军屯更是管理混乱，到明朝中后期，屯田制度已经接近崩溃，大量屯田被高级军官和地方豪强联合霸占兼并，军户的生活质量大幅下降，甚至低于民户，这种制度上的问题由于牵涉的利益太大，牵一发而动全身，就是大明朝廷也无法解决，更别说戚继光了。戚继光能做的只能是加强对下级军官的监管，减少贪污腐败行为，尽量提高普通士卒的待遇。
宋灿阳暂掌卫镇抚后，戚继光就将民政交给他负责，宋灿阳感激戚继光的提携之恩，自然全心全意辅助戚继光，让他无后顾之忧。戚继光这才能把主要精力放在抓好军政上，他做的第一件事就核实在籍兵员，登州卫编制达5600人，可实际在籍还不到3200人，缺少这么多兵员的真实原因就是吃空饷，这也是历来军官发财致富的主要手段。但是戚继光并不能补足兵员，因为以登州卫目前的财务状况，连3200人的兵饷都经常不能足额发放，更别说还要增兵了。戚继光明白连皇帝都不差饿兵的道理，如果粮饷严重不足，军队极易哗变，到时候自己这个将军可就出洋相了。
既然不能增兵，那就选择精兵之策。他开始严肃考勤制度，整顿军纪，加强训练，可谓是雷声阵阵。可第一次列队出操就让戚继光大跌眼镜，说是有3200人，可到训练场一看，除去老弱病残，真正能上战场打仗的不超过1000人，就这1000人也是长期缺乏训练，战斗力极其低下。可偏偏那些老弱病残还动不得，毕竟这些人都是当初跟着你父亲一起出生入死的，你小子胡子都没长起来，就想动这些前辈，只怕你父亲的棺材盖都盖不住了。再加上这些军户大都家庭困难，就指着这点兵饷过日子，如果贸然动手，只怕很多家庭要家破人亡。
面对现实，戚继光又一次选择了妥协。他把1000名年龄体质比较适合的士卒集中起来，由他亲自带队展开高强度训练。戚继光训练士卒的特点是务求实效，因地施训，因人施教，他能根据训练实际情况不断调整训练科目和训练计划。
他还对军队进行了重新整编，采用营-哨-队-什的模式，将这1000人编为两营，每营设两哨，毎哨设两队，以每十人为一什。其中500名训练成果好、潜力更大士卒编为作战营，进行更高强度的训练，他们将专职负责作战任务；剩下的500名士卒编为运输营，保持当前训练强度，他们将主要负责巡防、站哨及辎重运输等辅助性工作。
戚继光在训练中经常组织士卒之间进行比武训练，把胜出的士卒登记在案，这些被登记的士卒经过层层选拔选出其中的优秀者，补缺到各级将官，极大的提升了训练的积极性。
正是在登州卫的这段时间，戚继光逐渐形成了自己特种兵训练及作战思想的雏形。作为将军谁不希望自己麾下雄兵百万，可理想很丰满，现实很骨感，在某种程度上可以说，他先进的军事思想是在现实的逼迫下形成。
为保护戚继光的安全，宋灿阳等人建议戚继光组建自己的亲兵队。戚继光对亲兵要求很高，通过严格的考核，最后只从作战营中挑选出十人，其中朱钰以第一名的成绩成为戚继光的亲兵队长，获得第二名的什长常云龙成为亲兵队副队长。朱钰身材魁梧，天生神力，善使一根熟铜棍，勇猛非常；常云龙在当兵之前是一个猎户，他虽然身材矮小，但聪明伶俐、动作敏捷，是跟踪侦查的好手。
年轻的戚继光很快掌控了登州卫局势，整个登州卫开始向好的方向不断发展，这大大出乎了很多准备看热闹人们的意料，尤其是吴安邦、李涛的亲信，他们开始纷纷自谋出路，有向戚继光投诚的，也有找关系调离登州卫的，对此戚继光都乐见其成，能迅速将这些人分化解决有利于自己更好地掌握登州卫。
