嘉靖四十一年(1562)七月二十一日，戚继光率六千戚家军，都司戴冲霄率部一千六百人，从温州出发，水陆并进一同前往福建。此时正是东南雨季，连日暴雨如注，戚家军连日急行军，沿途路过村庄，只在村民屋檐下避雨，对沿路百姓秋毫无犯，戚家军纪律之严明，可见一斑。
八月初一戚家军抵达福宁(今福建霞浦)，受到了福建按察副使汪道昆的迎接。汪道昆与胡宗宪是同乡，曾在浙江任职，后调任福建，与戚继光算是旧识，他之前一直备兵福宁，此次奉命担任戚家军监军。
汪道昆把戚继光迎入自己的官署，二人寒暄已毕，戚继光单刀直入问道：“伯玉（汪道昆字伯玉），不知倭寇主力在哪里？”汪道昆尴尬地回答：“到处都是。”说罢带着戚继光来到大厅内张挂的福建军事舆图前，把倭寇进犯的地点一一指给他。
戚继光查看完舆图后，才知道福建的倭乱已经严重如斯，可以说是遍地开花，完全失控。倭寇不但多，而且分散，如果戚家军四处出击，只怕是疲于奔命。
戚继光认真研究福建倭乱形势后，很快就抽丝剥茧找到了解决问题的关键。他发现为祸最甚的倭寇，很多都是从横屿岛出发登岸，多年的作战经验告诉他，横屿岛应该是倭寇在一个重要军事基地。戚继光深知要想彻底解决倭乱就必须抓住重点，先解决主要矛盾，他当即确定了自己的第一个攻击目标。
戚继光把放手在舆图上横屿岛的位置，对汪道昆道：“这里有多少倭寇。”汪道昆回答道：“大概三千人。”戚继光道：“我入闽第一战将选择这里。”汪道昆吃了一惊：“这里倭寇虽然不多，但地形复杂，易守难攻，之前闽军多次进攻均无功而返，且死伤惨重，将军千万要慎重啊。”戚继光笑道：“就是因为难打，才把它作为首选目标，只要攻下横屿岛，一来可以震慑倭寇，沉重打击了他们的士气；二来可以扫除倭寇进犯福建的跳板，为今后的作战创造有利条件。”汪道昆这才明白戚继光的用意。
第二天戚继光率大军前往宁德。他将大营扎在宁德东北的三都澳中，这里离横屿岛不足十里，之前是倭寇在横屿外围设置的一个据点，但随着戚家军到来，倭寇都撤回岛上了。
但当地村民却人心惶惶，以前很多人被倭寇的小恩小惠引诱，有的当了带路党，有的给岛上提供物资或情报，现在都担心被清算。
很多将领都建议将这些村民以通倭罪论处，但戚继光表示反对，他认为大部分村民都是为生活所迫，只是协从，应该宽大为怀，招抚为主，以安定民心，这样更有利于明军作战，大家听了都觉得很有道理。
第二天，“安民告示”就贴满了三都澳，告示上写的清清楚楚：自即日起，以前和倭寇有联系的村民都既往不咎，能主动向明军提供横屿岛相关情报的还有重赏，但如果以后再向倭寇提供物资或传递情报消息的，一律以通倭罪论处。
当地村民看到“安民告示”后，都放了心，三都澳重新恢复了安定。一开始有少数村民给明军提供横屿岛的情报，戚继光都履行约定给予重赏，消息传出去后，来的人越来越多。
在当地村民的踊跃帮助下，戚继光很快就对横屿岛独特的地形有了充分了解，该岛离岸只有五里，同大陆之间隔着浅滩，潮来时，便成一片汪洋，潮退后，又尽是泥淖。倭寇在这里筑有坚固的工事，作为四出劫掠的基地。如涉水进攻，行走困难；如用船攻，又易搁浅，的确是易守难攻之地。
这时有人向戚继光提供了一个重要情报，松浦党倭寇首领松浦惟就在岛上，戚继光听到这个消息后大为兴奋，他知道如果能在此战中俘虏或杀死松浦惟，就会让福建倭寇群龙无首，对后面的作战带来重大利好。于是戚继光下定决心全歼横屿岛倭寇，他马上命令台州水师指挥使任锦从海路封锁横屿岛，防止倭寇循海逃遁。
八月初三，戚继光召集众将商议作战方案，大家非常踊跃，纷纷献计献策，戚继光衡量了横屿的特定环境，吸取了闽军失败的经验教训，采取比较现实、谨慎的态度，制定了集中兵力，在落潮期沿海涂登岛，并在涨潮之前攻下横屿岛的作战方案。
虽然戚继光已经确定了作战方案，但他还面临两个难题，第一个是落潮期时间太短，只有三个时辰，这给大军登岛制造了很大困难，第二个是海涂泥泞难行，而且越靠近横屿岛越是湿软，会极大消耗将士们的体力，能否顺利解决这两个难题与此战的成败有极大关系。
为确保作战万无一失，在村民带领下，他亲自前往三都澳海边侦察敌情、探查地形，了解潮汐的变化。
戚继光看到当地百姓采贝壳、螃蟹时，都使用一种造型奇特的泥橇，在海涂上疾行如飞，当地人都称之为“泥马”，而且制作起来非常简单，戚继光欣然决定将“泥马”作为士兵上岛的工具。
在和这些百姓聊天的时候，一个老渔民告诉戚继光，横屿每年有两次大的退潮，其中一次就是八月初八，每当这个时候，落潮时间会增加到四个时辰，戚继光听了大喜过望，心想再过几日就是八月初八，这真是天佑明军啊。
回到大营，他立刻招来汪道昆，让他在初八前准备好五千只“泥马”及大量稻草，汪道昆知道用途后连连称妙，领命而去。
万事俱备，就等初八了。戚继光如同以往一样周密而细致，让人用泥土塑成横屿岛的模型，方便他推演战术，还要求斥候营每隔一个时辰就报告一次敌情，并对作战方案反复斟酌仔细思量。
横屿岛上的松浦惟也一直在关注戚继光，戚家军一入闽他就收到了情报，但他没想到横屿会成为戚继光的第一个目标。于是他立刻召集所有将领商议对策，和松浦惟的谨慎不同，他手下将领都持乐观态度，他们认为自己拥有天时、地利和人和，戚家军再厉害也攻不上横屿岛，有些将领还没有和戚家军打过仗，纷纷叫嚣着要给戚继光一点颜色看看。
松浦惟没有这么乐观，他来福建之前去看过他的叔叔松浦隆介，从他那里知道了戚继光的厉害。他从小在京都做人质，早就养成了谨小慎微的习惯，深谙狡兔三窟之道，并不打算在这里与戚继光一决生死，于是他把横屿岛防守任务交给了手下大将波多雄一，假称松浦隆信急召他回国，趁明军水师还没有完全封锁海路，偷偷乘船来到他的备用基地—福清的峰头。
峰头地处福清最南端，与莆田江口镇隔江相望，依山傍海，海边有一座峰头山，地势险峻，易守难攻，松浦惟很早就看中了这个地方，暗中在山上建了个备用基地，这次刚好在这里远程指挥横屿岛的战斗。
