朝鲜人虽竭力抵抗，但依然无法改变即将亡国的命运。自日军入侵不足半年，军民死伤已达六七十萬，全国八道绝大部分地域皆被日军攻占。(“浃旬之间，三都失守，八方瓦解”。）
日本倾全国之力在短时间内控制朝鲜的意图已基本实现。朝鲜王子被俘，国王逃到中国边境，朝鲜政权机构已全面瓦解。侵朝日本各番队自釜山至平壤之间陈兵二十余万占据朝鲜从北到南诸路重镇。
小西行长、宗义智等一万八千人驻平壤；大友义统六千人守凤山；黑田长政五千人驻白川；加藤清正、锅岛直茂二万余人分驻元山、咸兴、会宁、吉州；户田胜隆三千九百人驻开城。
宇喜多秀家两万人驻汉城；胁坂安治一千五百人守龙仁；福岛正则四千八百人屯竹山；生驹亲正五千五百人驻阴城；蜂须贺家政七千二百人分驻忠州、清州；长宗我部元亲三千人分驻闻庆、咸昌，稻叶贞通四千人守尚州；宫部长房一千四百人驻善山；毛利吉成、岛津义弘一万七千人分驻原州、金华、鉄原、江陵；毛利辉元三万人驻开宁。
立花宗茂二千五百人、小早川秀包一千五百人、筑紫广门九百人及高桥统增八百人驻金山；南条元清一千五百人及木下重坚八百五十人守仁同；小早川隆景一万人屯锦山；斋村广英八百人及明石则实八百人守大邱；丰臣秀胜、伊达政宗、浅野长政、九鬼嘉隆、藤堂高虎等部四万余众屯驻釜山。
据《秀吉殿文禄の役朝鮮統治の事》所记载，丰臣秀吉在文禄元年(1592)七月，将朝鲜八道分封给诸将，汉城属備前宰相宇喜多秀家，黄国（平安道）为小西摂津守；白国（慶尚道）为安芸宰相毛利輝元；赤国（全羅道）为羽柴侍従小早川隆景；青国（忠清道）为蜂須賀阿波守；青国（京畿道）为戸田民部少輔；黄国（江原道）为毛利壱岐守；黒国（咸鏡道）为加藤主计守；緑国（黄海道）为黒田甲斐守。分驻于各地的日军负责弹压地面、恢复生产，征收赋税。这便是日本人宣称的“八道国割”。
朝鲜重臣，时任領议政（正一品）的柳成龙在其撰写的《惩毖录》里哀痛的写道：“三都失守，八道瓦解”。根据李氏朝鲜官方统计上报宗主国的记录表明，当时除平安道、全罗道、庆尚道的部分州县之外，包括三都在内的主要州郡府鎭皆被日军占据。
朝鲜史料称“恇怯守臣，聞聲而鼠竄，愚駭群姓，望風而波奔”。以致朝王李昖哀叹道：“士庶皆言国事必不复振，有识缙绅辈亦以为终必灭亡，朝臣扈从者百无一二，人心已去，不可尽责”。
李朝《宣祖實錄》也记载朝鲜全境已基本沦陷，国家陷入败亡的困局。（“平安道平壤府城、中和、祥原等郡，俱经焚荡占住。黄海道除延安府一城由守臣固守之外皆被敌攻占。京畿道除江华、乔桐二府县之外皆备日军占领。江原道则全部失陷。庆尙道庆州、巨济、釜山等重要府鎭几乎全被日军占领。只晋州一城，本鎭官固守拒贼，斩杀甚众，贼遂遁归。咸镜道与忠清道亦沦陷。全羅道珍山、錦山等郡；龍潭、茂朱等縣俱遭焚掠”。）
日军在占据各道后，在豢养的朝鲜伪军配合下，对朝鲜抵抗力量展开疯狂的镇压。因组织混乱、战力贫弱。庆州训鍊奉事金虎、前县监朱士豪；前沃川郡守权希仁、保宁县监李义精、忠义卫赵熊、前正言郑淑夏、礼安人前翰林金垓、前牧使南彦经、中和义兵长金进寿、高阳校生李山辉等大小数十路义兵武装皆被日军屠灭。（但生变之初，贼未至，先自恇怯，道内军器奔溃之时，或投诸水火，或弃于路；谷仓或自焚，或任民偸食，故军粮兵器俱空，义兵虽起，兵粮俱乏，人无固志，一闻贼变，随聚随散。李朝《宣祖實錄》）
日本人在摧毁抵抗力量的同时，也利用朝鲜庶民与奴隶对地主士大夫的仇视抵触，开始横加屠戮各地士族与文士阶层，意图对朝鲜社会基础群体进行毁灭性的破坏，已达逐渐消亡其种族的目的。因朝鲜军事上的全面失利，除了平安道、庆尚道、全罗道的部分州县尚有朝鲜军民在抵抗之外，朝鲜全境已经被日军严格控制，各道的日本占领军的工作重心转向殖民统治。（且安抚人民，给散米布，诱令降顺）。
由于小西行长占领汉城之时，将朝鲜掌隶院的奴婢名册烧毁，朝鲜的奴婢们视日军为解放者，纷纷投效日军，部分朝鲜人开始认同日本人的统治。（倭人曰:“我不杀汝辈，汝君虐民，故如此”。我民亦曰:‘倭亦人也，吾等何必弃家而避也”。李朝《宣祖實錄》）
加藤清正制订的「朝鲜国租税牒」经丰臣秀吉批准，也被推广实施，日军在占领区实施日式统治，以四公六民制强征赋税和军粮，拟征数字高达一千一百九十一万六千一百八十八石（相当于朝鲜八道一年贡赋收入）。
并着手在朝鲜半岛展开“日化”运动，强迫朝鲜民众按照日本的方式改姓名、剃发。私塾学馆已经开始为朝鲜儿童教授日语，
而朝鲜民众也逐渐抛弃政府转而帮助日本人。据路易斯?弗洛伊斯的记载，日本人正在逐渐完善其殖民统治，在占领区内，朝鲜人看见日军丝毫没有感到恐惧和不安，反而带着亲切和诚意向士兵们分发食物，打着手势问是否还缺乏什么。而当日军追击北逃的朝王李昖之时，素川庶民更向日军提供国王去向。（“大駕不去江界，去義州也”。李朝《宣祖實錄》）
以往锦衣玉食的朝鲜君臣在逃亡途中陷于饥寒交迫凄惨境遇，面对即将到来的亡国之祸，痛呼道“此賊萬世不可忘矣”！（關西路上困苦，臣民鼻酸，不忍聞。一日駐驆山谷，竟夕闕供，野婦泣進粟飯，上御之曰，此味勝八珍，粟之貴如此如此。一日雨大不得行，駐蹕道傍村舍，上御杵室，群臣扈駕者十餘雨伏，終日飢餒，痛矣哉，哀我小中華，介於東夷北狄之間變亂之作何代無之，然而淪陷之慘，播遷之辱，此賊萬世不可忘矣。李朝《宣祖實錄》）
此时的朝鲜军政体系已不复存在，绝大部分国土已牢牢地控制在日本人手中，并开始巩固成果。而明帝国也因廷议未决，边镇叛乱等问题，一直未能对朝鲜进行军事援助。当时的状况正如后人所说：“朝鲜正在沦亡，日本正在消化，明朝正在争论”。
