富兰克林在格罗顿的表现也许并不引人注目，但他决心在哈佛大学里尽量克服这个不足之处。他以西奥多·罗斯福所特有的那种投身战斗的冲天干劲和热情闯进了哈佛的大门，成了校园里大名鼎鼎的人物。他积极参与社交、体育、政治和各种课外活动，最后当上了人人羡慕的校刊“红色哈佛报”的社长即主编。这种热情竟使那些现在左右着哈佛，以后还将从波士顿国家大街的董事室和律师事务所里对校务发号施令的懒惰成性的年轻人惴惴不安。
当1900年9月25日罗斯福从纽约来上学时，哈佛大学正处于黄金时代，当时的校长查尔斯·W·埃利奥特是在美国推行自由选修课程制度的创始人之一，他在哈佛大学已经当了30年校长，在他治理学校的最后十年内，这所学校就由一所小型的地方性大学变成了著名的高等学府。教员中有不少著名人士，例如乔赛亚·罗伊斯、威廉·詹姆斯、乔治·桑塔雅纳、弗雷德里克·杰克逊·特纳、爱德华·钱宁、乔治·皮尔斯·贝克、乔治·莱曼·基特里奇和查尔斯·汤森·科普兰等。在大约1750名大学生中，既有犹太人和西部人的贵族阶级的纨袴子弟，又有为哈佛大学争光的优秀的外地人。这是绕着不同轴心旋转的两个天地，二者仅在教室里或运动场上有所接触。
富兰克林因为是罗斯福家族的一个成员，立刻受到了比康山和坎布里奇女服务员们的青睐，有些人认为他是那位英俊飒爽、当时正与麦金利搭伙竞选副总统的西奥多·罗斯福的侄子。这个小伙子长得英俊迷人，就像是理查德·哈丁·戴维斯通俗小说中下巴方正的主人公，因此颇受“交际花们”的垂青。他自己备有一匹马和一辆汽车，没有一个周末他不去参加宴会、舞会和晚会。
西奥多·罗斯福这颗正在升起的明星也许已在召唤富兰克林来担任公职了，不知是有意还是无意，富兰克林选读了特别适合于政治生涯的课程。他在五花八门的课程中选择了历史和政治作为主修课，而把英文和演讲作为副修课。他也学习拉丁文、法文、地质学和经济学——虽然他后来这样说：“我在大学里学了四年经济学，但教给我的全部知识都是错误的。”正如后来《哈佛校友简报》所描写的那样，这个课程表“决不轻松”。但罗斯福不是个学究。他对一位无吸引力的、近视眼的英国史教授的讲课感到厌烦，于是跟着班上的同学一个个从窗口和太平门溜了出去，他拜过哈大的许多名流为师，但是谁也没有激起过他的求知欲望。事实上，乔赛亚·罗伊斯的哲学课他只听了三个礼拜就放弃不学了。
富兰克林·罗斯福的大部分功课的成绩介乎B减与C之间，对于富家子弟来说这已算是挺不错的成绩；尽管他是美国大学优秀生联谊会会员，但那是荣誉称号而已，这一点与西奥多·罗斯福迥然不同，后者是在1880年以优异成绩从哈佛大学结业的。罗斯福的功课很重，而且积极参与各种活动，因此他能取得目前这样的成绩已是难能可贵了。像西奥多·罗斯福一样，自此以后的几年里富兰克林也对自己在哈佛受到的教育感到不满，指责哈佛的教员未能对学生起到激励作用。他曾对莱恩罗普·布朗说过，他学的课程同哈佛大学以外的现实已经脱节，不少课程就“像是没有电线的电灯，你需要电灯是为了求得光明，如果你不能把电灯扭亮，那它就毫无用处了”。
罗斯福不想亲自把灯扭亮，因为他通常太忙于参加校外活动而无法旁顾自己的功课。但是，如果他对某门功课颇感兴趣，他也会聚精会神地攻读。美国历史就是这样一门课；他在大学二年级中就曾以《新阿姆斯特丹的罗斯福家族》作为论文的题目。他写信告诉母亲说，“我一直在图书馆里查阅旧档案，但并无多大收获，请你替我摘录那本旧的荷兰文圣经上的所有资料，并且邮寄给我……我必须尽快获得这些资料。”他在论文中谈到这个家族的“进步性和真正的民主精神”时说：
“罗斯福家族之所以具有活力的主要原因就在于这种民主精神。他们从来都不认为自己出身高贵就可以游手好闲而取得成功。相反，他们觉得，正因为出身高贵，如果他们不能尽到自己对社会应尽的义务，他们就会得不到原宥。”
富兰克林通过对本家族“真正的民主精神”的强调为他自己跻身于政界提供理论依据。这种精神被认为是民主的，并不是指与群众打成一片或主张人类的根本平等。相反，它带有杰斐逊主义的味道，即要求富贵人家用自己的力量为“社会”谋求福利，而不光是为了赚钱。富兰克林就是这样开始形成自己对于精神遗产的看法；这样一种看法加上西奥多·罗斯福的模范和恩迪科特·皮博迪的教导，推动了富兰克林去担任公职。
罗斯福夫人埃莉诺说过，查尔斯·汤森·科普兰是坎布里奇那些名士中对他影响最大的一个人——特别是在演讲风格方面。她说她丈夫经常提到他和同班同学聚集在一起听尊敬的科普兰朗诵圣经和英文经典著作时的那种激情。科普兰的朗诵像演戏似的，“那样生动，那样忠实地传达原作，使得谁也难以忘怀”，与罗斯福同在哈佛学习的罗洛·布朗这样写道。科普兰也要求他的学生们朗读各自的论文。布朗补充说，虽然他们开头时总是一身冷汗，结果却发现自己的舌头灵活了，“以致能清晰明确地表达自己的思想，这是连他们自己都没有想到的”。这一类练习极为有助于提高罗斯福的朗读和公开演讲的能力。
罗斯福读到一年级时父亲去世，终年72岁。詹姆斯·罗斯福多年以来就害着心脏病，在1900年的一年内病情不断恶化，因此他的去世并不出人意料。12月初，正当詹姆斯同妻子住在纽约市西43街文艺复兴饭店时，他的心脏病再次严重发作。12月7日，富兰克林和异母哥哥一同被叫到床前同父亲诀别。第二天詹姆斯一早就死了。“2点20分，他在睡眠中去世了。当我写这一行字时，我不知道在他撇下我们后我今后该怎样生活”，伤心的萨拉在日记中倾吐着自己的心曲。詹姆斯给每个儿子留下了一笔12万美元的信用存款，每年约有六千美元的利息收入；斯普林伍德庄园及其余遗产归其遗孀所有；她在两年前当其父亲去世时已继承了将近130万美元的遗产。
富兰克林一回到哈佛大学，萨拉就感到斯普林伍德庄园一片寂静凄凉，苦闷异常。这时萨拉只有46岁，还得生活下去。她写道：“我想多干点事，但很难。我把富兰克林养的鸟儿全部放了出会……日复一日，日日如是。”20年来，我把自己的爱均分给詹姆斯和富兰克林，现在她把全部的爱都倾注在儿子身上。詹姆斯在遗嘱中要富兰克林“听从母亲管教”——于是她就承担起这个责任。萨拉把事务一安排就绪，就迁到波士顿，在靠近儿子的地方租下了一套房间——“它离大学不太远，以便在他需要我的时候我可就近加以照料，同时也不太近，以免有碍于他的大学生活。”
富兰克林有时在母亲的宅所举行联欢会，有时则又几乎忘记她的存在。她刚愎自用，总想控制自己周围的人们，包括富兰克林在内。姑娘们由于仰慕罗斯福家族的名望和富兰克林的容貌，争向这位英俊的哈佛大学学子靠拢，但她们都很讨厌他受母亲的控制。一些人认为他是“惟妈妈之命是从的孝子”，表面上的自信掩盖着永恒的稚气，并且说他的名字的首位字母“F·D·”是代表“羽毛掸子”〔feather dw sl er〕，或者说是轻量级。
但是，这完全是对这个年轻人性格的误解。富兰克林尽管深深地爱着他的母亲，总是对他百般体贴和温存，但他已经学会驾驭她了，仅在符合他的心意时他才服从她的指挥，如不称心则只管听着，不与争辩，实际上还是我行我素。萨拉·罗斯福从未窥见到富兰克林心灵深处的秘密，即使间或发现一些不顺心的事，她也丝毫不在意。另外，富兰克林也并不是时常被人错怪的轻薄少年。他对不如自己幸运的人们怀有强烈的责任感，这是他父母和皮博迪一向给他灌输的，而且被一种高贵者对不幸者的同情心所增强。富兰克林继续为圣安德鲁斯儿童俱乐部的贫苦孩童服务，他在哈佛为救济关在南非英国集中营的布尔族妇女儿童发起过募捐运动。这项募捐活动引起了波士顿报刊对他的注意，错误地认为他是总统的侄子。有家报纸说他具有“许多像他叔父那样的出类拔萃的品质”；但是谈论他的高贵、富有和民主作风的言词听来令人难受。他说：“我对这类评论腻烦透了。”
富兰克林·罗斯福因为在格罗顿时就学了大学课程，所以在三年中就进修完获得文学士学位的必修课程。但是为了在这一学期内当选为《红色哈佛报》主编，他必须继续在坎布里奇呆一个学年。因此在1903年9月他报名考进了研究生院，其目的不在于获得更高的学位，而只是为了争得主编的职位。“我的全部余暇都用在这份报纸上”，他后来说。“我在大学里为从事公职所做的准备也许就是……办《红色哈佛报》。”
当时的《红色哈佛报》是一张有四个专栏、四至八页的小报。社论由主编执笔，其观点保守，对学校当局尊重，自在意料之中。青年富兰克林初次获得担任领导的机会，但他并非是一个打破现状者，因此对报纸的观点和内容并未作任何改变。对入学的新生，他宣传服务的道理，说一个哈佛学生负有“对这座大学，对它的班级和对自身的责任——履行这个责任的惟一道路就是永远踊跃积极。可显身手的机会几乎是无限的。”他从体育运动一直讲到宗教活动，接着又补充说，“其他项目……定然有的是。”——甚至于包括学业在内。也许只有一篇社论是针对哈佛大门以外的那个天地的，这篇社论建议政治俱乐部勇敢地渡过查尔斯河，去考察茂密生长在波士顿的那片奇异的政治丛林。罗斯福写道：“由某个老手带一批人进去是不难做到的，这样在二天之内就可比听课获得更多的知识。”
但是，他写的许多社论却是专门谈论足球和爱校精神的。和他同住在一间房里的莱恩罗普是足球队队长，这可能是促使他选择这种题材的原因。罗斯福以其本家族所固有的奋发有为的精神号召体魄健全的学生出去锻炼，参加有组织的啦啦队去呐喊助威——在有一次比赛中他甚至担任了啦啦队队长，尽管当球队失利时他“感到自己像一个军事……教官……”似的对队员的“差劲表现”发起火来了。包括亨利·詹姆斯第二在内的一批读者对报纸的过分刻薄的批评感到不满，罗斯福于是就把社论的语气缓和了一些。
罗斯福写的最后一篇社论是针对哈佛校方的，他要求给哈佛大学的宿舍配备适当的消防设施。在社论发表后的第十三天，芝加哥的伊罗夸伊戏院失火，烧死了588人，其中大部分是妇女儿童。有一个人给主编寄来了一封不署名的信，暗示校方也同芝加哥的政府官员一样犯了渎职罪，罗斯福并未接受这个意见，大概是因为他深信只有改革者本身负起责任，改革才能取得成效。他以克制的措词继续要求给宿舍配备更多的消防设施。五月份这次活动终于获得了成功，更多的消防设施被安装起来了。
罗斯福曾在班长竞选中失败，但是他却能易如反掌地当选为班委会常任主席，因此，1904年举行毕业典礼时，他便同显要人物一起坐上了主席台。但是他更关心的是格罗顿的授奖典礼；因此他在毕业典礼结束后便立刻赶去参加。“你们已经得到了很多实惠，因此我们有权利期望你们作出更大的贡献”，西奥多·罗斯福对列队站在格罗顿草坪上的学生这样说。富兰克林·罗斯福带着异乎寻常的兴趣谛听这番话，因为他已经向总统的侄女埃莉诺·罗斯福求婚了。
