清朝统治日益腐败，道光之后更是烂泥扶不上墙。终于，老百姓心中的不满爆发了，由农民军发起的太平天国运动大肆盛行，迅速吞并了半个中国。
在这一阶段，李鸿章办团练，进幕府，建淮军，灭天国，剿捻军立下赫赫战功，成为晚清的“中兴之臣”。
鸦片战争以后，清朝统治愈加腐朽，清政府被外国列强逼迫，不得不支付巨额赔款，可是碍于皇家用度开销过大，官家奢侈贪污，导致国库空虚，因此清政府只好加重赋税，加紧搜刮民脂民膏。不少贪官污吏和土豪劣绅趁火打劫，勒索平民百姓，这种腐败的封建统治和沉重的剥削彻底激化了当时的阶级矛盾。
外国列强的入侵给国民带来了新的灾难，而且从1846年到1850年，两广地区水、旱、虫灾等自然灾害十分严重，广大劳动人民陷入了饥饿困苦的境地。
正是在这种内忧外患的情况下，劳苦大众们开始起义了，官逼民反，揭竿而起。自古以来发生过大大小小无数次农民起义，在晚清时期，最大的一股农民起义势力便是太平军。太平天国运动是发生在19世纪中叶的一场大规模反清运动。1850年年末至1851年年初，由洪秀全、杨秀清、萧朝贵、冯云山、韦昌辉、石达开等人在广西金田村发动“金田起义”，后建国号“太平天国”。经过两年的时间，太平军从广西攻到长江流域，于1853年攻下金陵，改称天京（今南京），并定都于此，建立了一个与清朝分庭抗礼的政权，并开始北伐西征。
洪秀全早年就接受基督教教义的洗礼，树立了早期的民主思想，坚持公平公等的原则，在清朝残酷的压迫下，他主张改变现状，推翻封建统治。他本着救国必先灭国的原则，打败腐朽，创造新生。
这一点，李鸿章和和洪秀全有着本质的不同，虽然目的都是为了救国，但方式方法几乎背道而行，一个“顺主”，一个“逆主”，这注定两个天赋异秉的领袖人物今后会发生更多碰撞，两人之间少不了较量。
太平军的崛起让清政府惶恐不安，朝堂之上的官员们也议论纷纷，心神动荡，人心不齐，很多人无心朝政，暗中早已有了逃亡的准备。咸丰皇帝为了稳住民心，不得不软硬兼施，一方面要用高官厚禄诱惑牵制住文官武将，防止他们起异心，另一方面还要严厉地惩罚溃逃的绿营兵，绿营兵是清朝当时的主要支柱，后来军心溃散，腐败不堪。咸丰皇帝这样煞费苦心是为了巩固稳定摇摇欲坠的统治。
另外，咸丰皇帝还得争取汉族士绅的支持。经过一番商讨，最终决定效仿嘉庆年间地方团练镇压农民起义的先例，依靠地方武装的优势，捍卫大清统治。
地方官员接到朝廷的圣旨，纷纷动员自己管辖地区的经济、政治和宗族势力，兴办团练，搜查土匪，配合清军绿营兵合力镇压太平军。南方诸省兴办团练之地有十几个省，被朝廷先后任命的团练大臣也超过了四十人。
1852年，曾国藩被朝廷任命为湖南团练大臣。1853年，从武汉顺江东下的太平军占领了安庆，杀死了安庆巡抚蒋文庆。工部左侍郎吕贤基受命前往安徽办理团练防剿事宜。吕贤基和李鸿章是至交好友，他深知李鸿章的才学和实力，便上奏朝廷，以李鸿章是安徽籍人士，熟悉当地的风土民情为由，恳请李鸿章一同前往团练，从旁协助，一同奏调安徽团练的还有刑部员外郎孙家秦、主事朱麟祺、兵部给事郎袁甲三等人……
李鸿章得知消息，于1853年2月，受命来到安徽会馆，听闻安徽省城安庆早已被攻陷，巡抚因公殉职，家乡被太平军占领，这个消息让他心情低落，悲伤不已。
李鸿章对于当时局势曾有一段经典的分析，他说：“自广西洪匪发难以来，东南各城相继陷落，而朝廷所派琦善之流，作战不力，屡屡溃退，已将江南大半送与贼手；即便你我投军旅，也要跟随可力挽狂澜之一人，而非八旗之纨绔之辈，否则贻误时机，于事无补。”
跟随李鸿章一起回乡团练的还有他的四弟李鹤章，同年年底，其父李文安也奉命前往安徽帮办团练，剿杀太平军。
李氏父子都是进士出身，在乡里声名远播，声望颇高，经过一段时间招募，其团练队伍逐渐壮大，甚至超越了当时民间团练最大的三方势力，其中包括刘铭传、张树声和张树珊及周胜波和周盛传兄弟，后来他们纷纷投到李鸿章麾下，进一步增强了李氏团练的队伍，并为此后淮军的建立打下了深厚的基础。
此后的一两年，李鸿章领导的团练军在与太平军的几次交战中取得了重大胜利，面对骁勇善战的太平军，李鸿章运用聪明的头脑和策略与他们周旋，用小的代价换取大的胜利，颇有一代军师的气质，在太平军中也小有名气。
1853年冬，吕贤基战死，李鸿章失声痛哭。1855年，李文安卒于合肥军次，享年55岁，当时李鸿章和副都统忠泰攻打巢县，但是由于太过轻敌，久攻不下，听闻父亲去世的消息，李鸿章险些站立不稳。李氏兄弟都赶来哀悼守孝，李鸿章更是以泪洗面，悲痛欲绝，平时李文安和蔼可亲，平易近人，在军中享有很高的威望，他死后，军中将士无不哭声震天。李文安临死前手书“贼势独兹，民不聊生，吾辈努力以成吾志”。由此可见，李文安对清政府的忠心耿耿。同年，李鸿章的六弟李昭庆的长子李经方出生，后来过继给了李鸿章，这件事让他得到了一些慰藉。
